行政及发展部为本署提供各项管理及支援服务。
职系管理
卫生督察职系、小贩管理主任职系及管工职系是本署三个主要职系。
卫生督察负责执行有关环境卫生及食物安全的职务，例如处理环境滋扰个案、在食物业处所进行卫生巡查、发牌、检控、肉类检验、洁淨服务、服务外批、防治虫鼠、小贩管理、街市管理、坟场及火葬场管理、规管私营骨灰安置所、食物管制及卫生教育。
小贩管理主任负责规管街上摆卖活动、管理小贩认可区，以及对非法摆卖活动采取执法行动。他们也负责检控干犯洁淨罪行的人，例如乱抛垃圾和随地吐痰者。
管工主要负责督导前线人员执行街道洁淨、废物收集、防治虫鼠，以及坟场、火葬场和街市管理工作。他们也负责车辆事务，以及监察本署承办商的服务表现，同时对干犯洁淨罪行的人采取法律行动，予以检控。
员工培训
本署重视员工培训及发展，力求提升个人和部门表现，为市民提供优质服务。这些培训及发展项目为员工提供发展领导才能的机会，配合部门的新措施提供所需训练，并发掘个人长处以令员工更专业地服务市民。此外，本署还提供加深员工安全意识的职业安全及健康的培训及发展项目。
除了由署内人员担任导师外，我们亦会邀请不同范畴的专家提供培训，让员工掌握相关范畴的最新发展，与时并进。本署的培训课程主要在本地举办，另外也会提名员工到海外受训。然而，由于疫情关系，二零二一年所有培训课程均在本地举行。
二零二一年，本署开办了609个课程，为11,393名人员提供合共36,329日培训，包括为549名新聘人员举办入职训练课程，使他们具备执行职务所需的知识与技能。本署又批准14项资助申请，让员工在公余时间修读与职务相关的课程。
管理参议
管理参议、调查及统计组的工作主要包括管理顾问和统计服务，协助部门提高公共服务水平、监察服务表现水准、制订提供服务及员工管理的政策。该组持续提供顾问服务，协助部门实施各项研究的建议，以及提供技术意见，协助部门进行统计调查和分析所得数据。年内，该组完成了四项顾问研究／项目和一项统计调查。
财务管理
财务及物料供应科负责处理所有开支和采购事宜，包括支付款项、提供财务意见和进行监管。
二零二一年，本署的开支总额为97.64亿元，其中薪金和津贴及与员工有关连的开支占43.13亿元，部门开支及其他费用占52.47亿元，而非经营及非经常开支则占2.04亿元。
按工作性质分类，大部分开支用于提供环境卫生服务（51.33亿元），其余依次为街市及小贩管理（21.87亿元）、食物安全及公共卫生（14.49亿元）、行政及发展（4.83亿元）、食物业监管（4.44亿元）、公众教育及市民参与计划（6,800万元）。
年内，本署的收入为4.54亿元，其中大部分来自坟场及火葬场服务收费（1.42亿元），以及辖下公众街市摊档的租金（1.11亿元）。其他收入来源包括法庭罚款和法定罚款（1.05亿元）、屠房及其他特许经营权的收费（5,200万元）、签发牌照和许可证的收费（1,700万元）、讨回损失（1,200万元），以及其他杂项服务收费（1,500万元）。
建设工程
食物和环境卫生服务建设工程由二零二二至二三年度至二零二六至二七年度五年间的拨款估计为38.94亿元，用以支付各类工程项目的开支。
垃圾收集站
为改善香港的居住环境，本署继续在设有现代化除臭装置的密封式建筑物提供离街垃圾收集设施，以取代路旁的临时垃圾收集站。
本署于二零二一年把上海街临时垃圾收集站重置往巧翔街，并把协和街临时垃圾收集站重建为永久垃圾收集站。
公厕
二零一九至二零年度的《财政预算案》公布政府会预留约六亿元，在二零一九至二零年度至二零二三至二四年度分阶段为约240个本署管理的公厕展开翻新或优化工程，以改善公厕的设施和提高公厕的清洁和卫生水平。年内，57个公厕完成翻新／优化工程，包括六个位于主要旅游景点的公厕。另外有137项工程正在进行或处于筹划阶段。
公众街市及熟食中心
政府正在天水围、东涌市中心、将军澳、东涌新市镇扩展区、古洞北新发展区和洪水桥／厦村新发展区兴建六个新公众街市，为市民购买新鲜粮食提供更多选择，各项目处于不同的规划阶段。此外，政府现正在港铁东涌站附近的富东街兴建临时街市，预计在二零二二年第四季落成启用。
除了兴建新公众街市之外，本署正全力推展街市现代化计划（现代化计划）下首个项目──香港仔街市全面翻新工程。翻新工程在二零二一年十一月正式展开，街市预计在二零二三年年初重开。本署亦正为杨屋道街市、牛头角街市及九龙城街市的拟议全面翻新或重建工程进行准备和谘询工作。此外，在现代化计划下，本署在二零二一年完成了9个街市的小型翻新或改善工程，另有2个街市的工程或相关筹备工作正在进行中。
此外，政府一直推展措施以改善公众街市的经营环境，包括在适当情况下更换老化的升降机和扶手电梯、改善通风与照明系统和消防设备，以及翻新外墙和厕所等。我们已预留5.34亿元，分阶段为37个公众街市更换67部升降机和155道扶手电梯。
坟场、火葬场及骨灰安置所
政府一直探讨各种可行方法，以增加公众骨灰安置所设施，包括推动地区为本的骨灰安置所发展计划，并在现有坟场和骨灰安置所增设骨灰龛位。在政府已物色可供发展骨灰安置所的选址中，其中14个项目已取得相关区议会的支持，涉及约600,000个新骨灰龛位，约占规划总数的三分之二。政府会加快在上述选址发展公众骨灰安置所，以应付日益增加的需求。
歌连臣角道25,000个骨灰龛位及石门40,000个骨灰龛位的建造工程正在进行，预计工程项目将分别在二零二二年年底和二零二四年年中落成。
为应付市民对火化服务的需求，本署正在和合石火葬场增建两个遗体火化炉和一个礼堂，预计工程将分别在二零二二年四月及二零二二第三季完成。
外批服务
外批服务的目的是提高服务的成本效益和灵活性。截至二零二一年年底，本署与私人承办商签订了173份服务合约，总金额约为114.8亿元，分项数字如下：
| 外批服务种类 | 合约数目（份） | 合约金额（元） | 占外批服务合约总值 |
|---|---|---|---|
| 街道洁淨（包括公厕洁淨） | 38 | 64.375亿 | 56.08% |
| 废物收集 | 16 | 12.04亿 | 10.49% |
| 街市／小贩市场洁淨 | 7 | 2.85亿 | 2.48% |
| 街市管理及有关服务 | 15 | 6.683亿 | 5.82% |
| 市政大厦洁淨 | 9 | 7,590万 | 0.66% |
| 保安员 | 22 | 3.262亿 | 2.84% |
| 防治虫鼠 | 25 | 13.951亿 | 12.15% |
| 其他 | 41 | 10.881亿 | 9.48% |
批给私人承办商负责的服务包括街道洁淨、废物收集、街市／小贩市场洁淨、街市管理及有关服务、市政大厦洁淨、提供保安员、防治虫鼠、机械清扫街道、机械清洗街道、机械清渠、收集动物尸体、坟场和骨灰安置所的洁淨及园艺保养、树木风险评估及树艺服务等。
本署的合约订明可量度的服务表现标准，确保承办商的服务质素良好，同时载有关于劳工保护和职业安全的条款，以保障非技术工人的权益和促进他们的福祉。本署人员除每天审阅相关记录外，亦会进行突击实地巡查，以确保承办商时刻遵守合约规定。
投诉管理
投诉管理组负责制订和检讨有关处理各类投诉的政策及程序。二零二一年，本署共收到247,774宗市民要求提供服务或作出投诉的个案。
服务质素检定
本署的其中一项首要工作是不断改善服务质素，确保为市民提供优质服务。
服务质素检定组的主要目标是监察和改善本署的服务质素。为达到这个目标，该组人员日常检查由本署及服务承办商提供的机械洁淨服务，如发现现行工作制度、程序及指引有不足之处，便会提出改善建议。为表扬表现优异、工作勤奋的前线人员，服务质素检定组会进行专题巡查，以提名表现出色的员工领受服务质素检定奖和员工嘉许状。此外，该组以独立、客观和公正的方式，调查员工在工作上行为失当的个案和服务承办商违反有关非技术工人雇佣规定的投诉。服务质素检定组又会进行审核检查和与雇佣规定有关的检查，以核实服务承办商有否履行与雇佣有关的承诺。
公众教育及宣传
公众教育在确保食物安全、改善环境卫生和推广绿色殡葬作为一种可持续方式处理先人骨灰方面，都是不可或缺的一环。为推行公众教育，本署举办宣传及教育活动，包括讲座、展览和外展计划，以提高市民对该些课题的认识。
本署在九龙公园内设立卫生教育展览及资料中心，为学校、长者中心、其他非政府机构及市民安排团体参观及导览活动，还定期举办讲座和外展活动。为维持中心对公众的吸引力及增加访客人数，本署不时改善中心的设施和更新展板。二零二一年，本署翻新了中心的“防治虫鼠”展览角和“清洁香港”宣传人物模型。年内，参观中心的访客达32,512人次。中心为幼稚园及中小学举办了171场讲座和活动，而为市民举办的讲座则有621场。此外，流动教育中心（一辆宣传车）以外展形式，往访学校和屋邨推广卫生教育。中心在疫情下暂停服务期间，分别向幼稚园和小学学生派发了两本健康生活手册，鼓励他们从小培养良好的卫生习惯。另外，中心亦向长者中心和安老院发放录像材料和资讯，提醒长者注意食物安全和个人卫生。
二零二一年，本署继续通过电视宣传短片和电台宣传声带、Facebook、Instagram和YouTube等社交媒体、流动应用程式、横额、海报、小册子和单张，进行有关环境卫生、食物安全和绿色殡葬的宣传工作。本署透过清洁龙阿德的Facebook和Instagram专页，以及让清洁龙阿德在公众场合及社区活动中亮相，宣传个人、家居和环境卫生的信息，并呼籲市民合作和支持清洁香港的工作。此外，本署亦举办灭鼠运动和灭蚊运动，推动市民支持和参与防治虫鼠工作。