本署另一項主要職責，是保持香港的居住環境清潔衞生。有關服務包括清潔街道，收集廢物，管理公廁、公眾街市、墳場、火葬場及骨灰安置所，以及管理小販。
清掃街道
本署及潔淨服務承辦商轄下共有約13,000名潔淨工人，提供多項潔淨服務，包括清掃和清洗街道、清理溝渠、收集廢物，以及管理公廁和垃圾收集站。本署把大約81%的街道潔淨服務外判，並設立監察和懲處機制，確保承辦商提供的服務符合要求。
清掃街道對保持市容整潔非常重要。視乎個別地區的需要，潔淨工人每天以人手清掃所有街道一至四次。行人眾多的地區或熱門旅遊點，則每天清掃多達八次。
除了以人手清掃街道外，本署也會調配機動掃街車清掃快速公路、天橋和道路中央分隔欄，並在大埔及元朗試用小型機動掃街車清掃交通流量低的道路。如有需要，本署會調派特別潔淨隊清理棄置垃圾黑點。潔淨隊配備貨車，用以清理掃街工人無法處理的大件棄置物品和笨重廢物。遇有交通意外，潔淨隊亦會負責緊急清理工作。
本署在多處公眾地方（包括巴士站、主要路口、渡輪碼頭及公共運輸交匯處）設置了大約11,700個廢屑箱，方便行人丟棄垃圾。視乎個別地區的需要，廢屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供約440個狗廁所和1,900個狗糞收集箱。
清洗街道
本署定期清洗公眾地方，包括行人道、里巷、小販認可區、垃圾收集站及衞生黑點。本署人員和潔淨服務承辦商員工組成160支洗街隊，提供日間和晚間清洗街道服務，清洗次數由按需要而定至每天清洗。我們更引入高速清洗盤清潔街道，以便迅速清理頑固污漬。至於交通繁忙的主幹道路，由於難以提供一般的清洗服務，潔淨工人會在非繁忙時間進行沖洗。
清理溝渠
路邊的溝渠每兩至四星期以人手清理一次。公路和天橋的集水溝氣隔每六星期以機械清渠車清理一次，清理工作會在午夜後車輛較少時進行。
收集垃圾
全港設有3,008個垃圾收集站，包括164個永久離街垃圾收集站、8個臨時垃圾收集站、876個鄉村式／臨時構築垃圾收集站，以及1,960個放置垃圾桶的地點，每天收集約6,130公噸家居和街道廢物，運往環境保護署轄下的廢物轉運站或堆填區處理。本署把大約79%的垃圾收集服務外判，並設立監察和懲處機制，確保廢物收集承辦商提供的服務符合要求。
公廁
公廁主要設於旅遊點及繁忙地區。由本署管理的沖水公廁合共807個，其中港島區有90個、九龍區60個、新界和離島區657個。此外，新界和離島區設有35個旱廁。
為確保公廁時刻保持清潔，除了定期進行深層清潔外，本署也會在高使用率或位於旅遊景點的公廁派駐廁所事務員，提供即時潔淨服務。另外，本署亦積極研究引進新科技裝置，以改善公廁的衞生情況。本署正開發「智能公廁系統」，該系統自二零二一年五月起在兩所本署公廁試行。
環境衞生滋擾
本署負責處理環境衞生滋擾問題（包括樓宇滲水、冷氣機滴水和垃圾堆積問題），並會向有關人士發出勸諭信和法定妨擾事故通知，以確保問題獲得處理。二零二一年，本署處理上述三類環境滋擾投訴個案的數目分別約為43,200宗、30,800宗和9,500宗。
違反清潔法例的行為及公眾地方潔淨
本署的衞生督察、管工及小販管理職系人員獲授權向干犯潔淨罪行的人發出傳票。除了日常執法工作外，也會採取突擊行動，檢控亂拋垃圾者。年內，違反清潔法例而被法庭定罪的個案約有3,730宗。
《定額罰款（公眾地方潔淨及阻礙）條例》授權執法人員向干犯輕微潔淨罪行的人發出1,500元定額罰款通知書。輕微潔淨罪行包括在公眾地方亂拋垃圾、隨地吐痰、未經准許而展示招貼或海報，以及讓犬隻糞便弄污公眾地方。二零二一年，本署人員就這些違反清潔法例的行為共發出約50,900張定額罰款通知書。
個別地區的非法棄置垃圾黑點經常有人棄置垃圾和廢物，引致環境衞生問題。為此，本署在全港各非法棄置垃圾黑點安裝網絡攝錄機，以遏止違例棄置垃圾的情況。截至二零二一年年底，本署已設立了40隊專責執法小隊，一方面利用錄像資料協助調查個案和制訂行動策略，另一方面派發單張和警告告示，向市民傳遞環境衞生信息。
小販管理
政府的一貫政策是妥善規管持牌擺賣活動，並對無牌小販採取執法行動。對於無牌售賣熟食或限制出售食物，或在主要通道、行人絡繹不絕的地方或市民經常投訴的地點擺賣，本署一律依例執法。然而，如非上述情況，本署執法人員一般採取“先警告、後檢控＂的方針行事。我們會繼續按上述方針，監察街上擺賣活動。
截至二零二一年年底，本港共有5,268名持牌固定攤位小販和330名持牌流動小販。
本署約有190支受過訓練的小販事務隊小隊，成員約為2,300人，負責小販管理和管制工作。
小販管理人員定期巡視固定小販攤位，並規管在街上擺賣的流動小販，確保小販遵守持牌條件和相關法例。此外，人員會採取執法行動，遏止持牌小販違例擺賣和取締非法擺賣活動。二零二一年，涉及擺賣而被法庭定罪的違例個案共有5,883宗。
隨着“為固定小販排檔區小販推行的資助計劃＂完結而騰出的空置小販攤位，加上小販排檔區內外由於其他原因而空置的小販攤位，本署識別了當中435個攤位適合用作重新編配和簽發新牌照，並於二零一九年九月底讓有興趣從事小販行業並符合申請條件的人士申請。全數435個空置小販攤位已於二零二一年七月中完成編配。符合資格但是次未獲編配攤位的申請人士名單會由二零一九年十一月起計保留三年，以便在該段期間如有空置小販攤位可供編配時使用。
店鋪阻街問題
店鋪非法擴展營業範圍屬街道管理事宜，涉及多個政府部門的職權範圍，不同部門各司其職。本署亦致力參與打擊店鋪阻街的跨部門工作，並採取嚴厲的執法行動。對於屢犯不改者會直接作出檢控；視乎情況，亦會在行動中把所涉貨物檢走，以提升阻嚇力。本署共成立了五支店鋪擴展管制特遣隊，在全港各店鋪阻街黑點加強執法行動。
二零二一年，當局就店鋪阻街提出約3,700宗檢控和發出14,766份定額罰款通知書。
近年，市民日益關注店鋪擴展營業範圍至行車道的問題。為應對這類阻街問題，本署與警方自二零二一年第三季起推行試驗計劃，在九龍城、觀塘和荃灣持續採取聯合行動，以解決上述問題。警方要求貨物擁有人清除造成阻礙的貨物或物品，如阻礙物沒有被自願清除，本署將之清除。該等貨物或物品的擁有人不但會被檢控，更須承擔清除費用。
年宵市場
受2019冠狀病毒病影響，二零二一年沒有舉辦年宵市場。取而代之的是本署於二月六日至十一日期間，在15個原先預備舉辦年宵市場的場地設立年花銷售點提供545個攤檔，供市民選購年花和植物。本署亦於二月九日至二十六日期間，在沙田翠田街足球場設立共有32個乾貨攤檔的銷售點，配合車公廟的開放時間營運。
公眾街市及熟食場地
本署管有的74個濕貨街市設有約13,560個攤檔，售賣新鮮食物以至家居用品等貨品；此外，還有39個熟食中心和23個獨立熟食市場，共設約960個攤檔。截至二零二一年年底，有11,881個攤檔租出、455個攤檔空置，而1,219個攤檔則因為遷置安排和翻新工程等原因而被凍結。攤檔一般以競投方式出租。
在二零二一年，本署透過舉辦多項推廣活動，增加公眾街市的人流，包括在農曆新年、端午節、中秋節和聖誕節／元旦期間布置節日裝飾和舉辦慶祝活動、舉辦專題活動，以及展示和印製載有最新街市資訊並以多種語言編製的海報／小冊子。
政府透過＂防疫抗疫基金＂，推出在公眾街市推廣非接觸式付款的第二輪資助計劃，並擴大受惠對象以涵蓋持牌小販。申請於二零二一年六月三十日截止，本署合共收到2,969宗申請。
衞生督察和街市管理人員定期巡視街市，確保攤檔經營者遵守法例、衞生守則和租約條款。在二零二一年，本署檢控違例街市攤檔經營者的個案有1,343宗。
墳場、火葬場及骨灰安置所
本署轄下有6個政府火葬場、10個公眾墳場和11個公眾骨灰安置所，分別為市民提供火葬及土葬服務。其中，大嶼山梅窩的禮智園靈灰安置所、屯門曾咀紀念花園及歌連臣⻆靈灰安置所內的永愛園分別於二零二一年一月一日、三月一日及八月十九日落成啓用。禮智園靈灰安置所為合資格離島區居民提供790個標準可續期骨灰龕位；曾咀紀念花園佔地四千八百平方米，可供市民撒放先人骨灰；歌連臣⻆靈灰安置所內的永愛園提供四百個流產胎安放位置。此外，本署根據《私營墳場規例》，監察27個私營墳場的管理。
政府的一貫政策是鼓勵以火葬取代土葬，年內共有48,106具遺體（約佔93.34%）火化。
為方便市民預約六個公眾火葬場（即哥連臣角、鑽石山、富山、和合石、葵涌和長洲火葬場）的火化時段，本署在港島灣仔胡忠大廈和九龍長沙灣政府合署分別設有辦事處，市民可選擇親身前往該兩個辦事處或由持牌殮葬商代為辦理預約手續，或透過互聯網預約。現時，本署轄下11個公眾骨灰安置所內約290,000個骨灰龕位已在使用。
私營骨灰安置所
根據《私營骨灰安置所條例》（第630章）（條例），任何人士必須領有指明文書（即牌照、豁免書或暫免法律責任書），才可營辦、維持、管理或以任何其他方式控制私營骨灰安置所。
私營骨灰安置所發牌委員會（發牌委員會）是負責規管私營骨灰安置所的營辦和管理的法定組織。年內，發牌委員會批准了兩項牌照申請，原則上同意另一項牌照申請和22項暫免法律責任書申請，以及拒絕了由三間私營骨灰安置所提交的指明文書申請。截至二零二一年年底，發牌委員會正處理由92間私營骨灰安置所提交的223份指明文書申請。
私營骨灰安置所事務辦事處為發牌委員會提供行政支援和處理與實施條例相關的事務。除處理指明文書申請外，該辦事處也進行巡查工作和採取執法行動，以打擊非法營辦的私營骨灰安置所。年內，該辦事處的人員實地巡查約390次，並調查約60宗涉嫌違反條例的個案，結果就兩宗個案採取了拘捕行動及向其中一間骨灰安置所的營辦人提出檢控。
綠色殯葬
本署積極推動可持續的殯葬方式，鼓勵市民在13個紀念花園或指定的香港海域撒放先人骨灰。二零一零年一月，本署開始提供免費渡輪服務，方便家屬出海撒放先人骨灰。二零二一年，本署處理了906宗海上撒灰和6,544宗紀念花園撒灰的申請。除免費渡輪撒灰服務外，本署亦有安排紀念航程，於清明節和重陽節期間接載市民到撒放先人骨灰的海域追思逝者。截至二零二一年，約2,700個家庭合共超過6,800名市民參加了紀念航程。
本署提供的“無盡思念＂網上追思服務讓市民隨時隨地在特設網站（www.memorial.gov.hk）悼念逝去的摯愛親友，並備有流動版（m.memorial.gov.hk）和流動應用程式。截至二零二一年年底，該網站有大約24,000名登記用戶，共設立了約21,000個紀念網頁。此外，本署於二零一九年一月推出綠色殯葬中央登記名冊，鼓勵市民預早規劃，讓家人得知自己選擇綠色殯葬的心願。截至二零二一年年底，已有8,080名市民登記。