行政及發展部為本署提供各項管理及支援服務。
職系管理
衞生督察職系、小販管理主任職系及管工職系是本署三個主要職系。
衞生督察負責執行有關環境衞生及食物安全的職務，例如處理環境滋擾個案、在食物業處所進行衞生巡查、發牌、檢控、肉類檢驗、潔淨服務、服務外批、防治蟲鼠、小販管理、街市管理、墳場及火葬場管理、規管私營骨灰安置所、食物管制及衞生教育。
小販管理主任負責規管街上擺賣活動、管理小販認可區，以及對非法擺賣活動採取執法行動。他們也負責檢控干犯潔淨罪行的人，例如亂拋垃圾和隨地吐痰者。
管工主要負責督導前線人員執行街道潔淨、廢物收集、防治蟲鼠，以及墳場、火葬場和街市管理工作。他們也負責車輛事務，以及監察本署承辦商的服務表現，同時對干犯潔淨罪行的人採取法律行動，予以檢控。
員工培訓
本署重視員工培訓及發展，力求提升個人和部門表現，為市民提供優質服務。這些培訓及發展項目為員工提供發展領導才能的機會，配合部門的新措施提供所需訓練，並發掘個人長處以令員工更專業地服務市民。此外，本署還提供加深員工安全意識的職業安全及健康的培訓及發展項目。
除了由署內人員擔任導師外，我們亦會邀請不同範疇的專家提供培訓，讓員工掌握相關範疇的最新發展，與時並進。本署的培訓課程主要在本地舉辦，另外也會提名員工到海外受訓。然而，由於疫情關係，二零二一年所有培訓課程均在本地舉行。
二零二一年，本署開辦了609個課程，為11,393名人員提供合共36,329日培訓，包括為549名新聘人員舉辦入職訓練課程，使他們具備執行職務所需的知識與技能。本署又批准14項資助申請，讓員工在公餘時間修讀與職務相關的課程。
管理參議
管理參議、調查及統計組的工作主要包括管理顧問和統計服務，協助部門提高公共服務水平、監察服務表現水準、制訂提供服務及員工管理的政策。該組持續提供顧問服務，協助部門實施各項研究的建議，以及提供技術意見，協助部門進行統計調查和分析所得數據。年內，該組完成了四項顧問研究／項目和一項統計調查。
財務管理
財務及物料供應科負責處理所有開支和採購事宜，包括支付款項、提供財務意見和進行監管。
二零二一年，本署的開支總額為97.64億元，其中薪金和津貼及與員工有關連的開支佔43.13億元，部門開支及其他費用佔52.47億元，而非經營及非經常開支則佔2.04億元。
按工作性質分類，大部分開支用於提供環境衞生服務（51.33億元），其餘依次為街市及小販管理（21.87億元）、食物安全及公共衞生（14.49億元）、行政及發展（4.83億元）、食物業監管（4.44億元）、公眾教育及市民參與計劃（6,800萬元）。
年內，本署的收入為4.54億元，其中大部分來自墳場及火葬場服務收費（1.42億元），以及轄下公眾街市攤檔的租金（1.11億元）。其他收入來源包括法庭罰款和法定罰款（1.05億元）、屠房及其他特許經營權的收費（5,200萬元）、簽發牌照和許可證的收費（1,700萬元）、討回損失（1,200萬元），以及其他雜項服務收費（1,500萬元）。
建設工程
食物和環境衞生服務建設工程由二零二二至二三年度至二零二六至二七年度五年間的撥款估計為38.94億元，用以支付各類工程項目的開支。
垃圾收集站
為改善香港的居住環境，本署繼續在設有現代化除臭裝置的密封式建築物提供離街垃圾收集設施，以取代路旁的臨時垃圾收集站。
本署於二零二一年把上海街臨時垃圾收集站重置往巧翔街，並把協和街臨時垃圾收集站重建為永久垃圾收集站。
公廁
二零一九至二零年度的《財政預算案》公布政府會預留約六億元，在二零一九至二零年度至二零二三至二四年度分階段為約240個本署管理的公廁展開翻新或優化工程，以改善公廁的設施和提高公廁的清潔和衞生水平。年內，57個公廁完成翻新／優化工程，包括六個位於主要旅遊景點的公廁。另外有137項工程正在進行或處於籌劃階段。
公眾街市及熟食中心
政府正在天水圍、東涌市中心、將軍澳、東涌新市鎮擴展區、古洞北新發展區和洪水橋／厦村新發展區興建六個新公眾街市，為市民購買新鮮糧食提供更多選擇，各項目處於不同的規劃階段。此外，政府現正在港鐵東涌站附近的富東街興建臨時街市，預計在二零二二年第四季落成啓用。
除了興建新公眾街市之外，本署正全力推展街市現代化計劃（現代化計劃）下首個項目──香港仔街市全面翻新工程。翻新工程在二零二一年十一月正式展開，街市預計在二零二三年年初重開。本署亦正為楊屋道街市、牛頭角街市及九龍城街市的擬議全面翻新或重建工程進行準備和諮詢工作。此外，在現代化計劃下，本署在二零二一年完成了9個街市的小型翻新或改善工程，另有2個街市的工程或相關籌備工作正在進行中。
此外，政府一直推展措施以改善公眾街市的經營環境，包括在適當情況下更換老化的升降機和扶手電梯、改善通風與照明系統和消防設備，以及翻新外牆和廁所等。我們已預留5.34億元，分階段為37個公眾街市更換67部升降機和155道扶手電梯。
墳場、火葬場及骨灰安置所
政府一直探討各種可行方法，以增加公眾骨灰安置所設施，包括推動地區為本的骨灰安置所發展計劃，並在現有墳場和骨灰安置所增設骨灰龕位。在政府已物色可供發展骨灰安置所的選址中，其中14個項目已取得相關區議會的支持，涉及約600,000個新骨灰龕位，約佔規劃總數的三分之二。政府會加快在上述選址發展公眾骨灰安置所，以應付日益增加的需求。
歌連臣角道25,000個骨灰龕位及石門40,000個骨灰龕位的建造工程正在進行，預計工程項目將分別在二零二二年年底和二零二四年年中落成。
為應付市民對火化服務的需求，本署正在和合石火葬場增建兩個遺體火化爐和一個禮堂，預計工程將分別在二零二二年四月及二零二二第三季完成。
外批服務
外批服務的目的是提高服務的成本效益和靈活性。截至二零二一年年底，本署與私人承辦商簽訂了173份服務合約，總金額約為114.8億元，分項數字如下：
| 外批服務種類 | 合約數目（份） | 合約金額（元） | 佔外批服務合約總值 |
|---|---|---|---|
| 街道潔淨（包括公廁潔淨） | 38 | 64.375億 | 56.08% |
| 廢物收集 | 16 | 12.04億 | 10.49% |
| 街市／小販市場潔淨 | 7 | 2.85億 | 2.48% |
| 街市管理及有關服務 | 15 | 6.683億 | 5.82% |
| 市政大廈潔淨 | 9 | 7,590萬 | 0.66% |
| 保安員 | 22 | 3.262億 | 2.84% |
| 防治蟲鼠 | 25 | 13.951億 | 12.15% |
| 其他 | 41 | 10.881億 | 9.48% |
批給私人承辦商負責的服務包括街道潔淨、廢物收集、街市／小販市場潔淨、街市管理及有關服務、市政大廈潔淨、提供保安員、防治蟲鼠、機械清掃街道、機械清洗街道、機械清渠、收集動物屍體、墳場和骨灰安置所的潔淨及園藝保養、樹木風險評估及樹藝服務等。
本署的合約訂明可量度的服務表現標準，確保承辦商的服務質素良好，同時載有關於勞工保護和職業安全的條款，以保障非技術工人的權益和促進他們的福祉。本署人員除每天審閱相關記錄外，亦會進行突擊實地巡查，以確保承辦商時刻遵守合約規定。
投訴管理
投訴管理組負責制訂和檢討有關處理各類投訴的政策及程序。二零二一年，本署共收到247,774宗市民要求提供服務或作出投訴的個案。
服務質素檢定
本署的其中一項首要工作是不斷改善服務質素，確保為市民提供優質服務。
服務質素檢定組的主要目標是監察和改善本署的服務質素。為達到這個目標，該組人員日常檢查由本署及服務承辦商提供的機械潔淨服務，如發現現行工作制度、程序及指引有不足之處，便會提出改善建議。為表揚表現優異、工作勤奮的前線人員，服務質素檢定組會進行專題巡查，以提名表現出色的員工領受服務質素檢定獎和員工嘉許狀。此外，該組以獨立、客觀和公正的方式，調查員工在工作上行為失當的個案和服務承辦商違反有關非技術工人僱傭規定的投訴。服務質素檢定組又會進行審核檢查和與僱傭規定有關的檢查，以核實服務承辦商有否履行與僱傭有關的承諾。
公眾教育及宣傳
公眾教育在確保食物安全、改善環境衞生和推廣綠色殯葬作為一種可持續方式處理先人骨灰方面，都是不可或缺的一環。為推行公眾教育，本署舉辦宣傳及教育活動，包括講座、展覽和外展計劃，以提高市民對該些課題的認識。
本署在九龍公園內設立衞生教育展覽及資料中心，為學校、長者中心、其他非政府機構及市民安排團體參觀及導覽活動，還定期舉辦講座和外展活動。為維持中心對公眾的吸引力及增加訪客人數，本署不時改善中心的設施和更新展板。二零二一年，本署翻新了中心的“防治蟲鼠”展覽角和“清潔香港”宣傳人物模型。年內，參觀中心的訪客達32,512人次。中心為幼稚園及中小學舉辦了171場講座和活動，而為市民舉辦的講座則有621場。此外，流動教育中心（一輛宣傳車）以外展形式，往訪學校和屋邨推廣衞生教育。中心在疫情下暫停服務期間，分別向幼稚園和小學學生派發了兩本健康生活手冊，鼓勵他們從小培養良好的衞生習慣。另外，中心亦向長者中心和安老院發放錄像材料和資訊，提醒長者注意食物安全和個人衞生。
二零二一年，本署繼續通過電視宣傳短片和電台宣傳聲帶、Facebook、Instagram和YouTube等社交媒體、流動應用程式、橫額、海報、小冊子和單張，進行有關環境衞生、食物安全和綠色殯葬的宣傳工作。本署透過清潔龍阿德的Facebook和Instagram專頁，以及讓清潔龍阿德在公眾場合及社區活動中亮相，宣傳個人、家居和環境衞生的信息，並呼籲市民合作和支持清潔香港的工作。此外，本署亦舉辦滅鼠運動和滅蚊運動，推動市民支持和參與防治蟲鼠工作。