本署另一項主要職責，是保持香港的居住環境清潔衞生。有關服務包括清潔街道，收集廢物，管理公廁、公眾街市、墳場、火葬場及骨灰安置所，以及管理小販。
清掃街道
本署及潔淨服務承辦商轄下共有約13,200名潔淨工人，提供多項潔淨服務，包括清掃和清洗街道、清理溝渠、收集廢物，以及管理公廁和垃圾收集站。本署把大約81%的街道潔淨服務外判，並設立監察和懲處機制，確保承辦商提供的服務符合要求。
清掃街道對保持市容整潔非常重要。視乎個別地區的需要，潔淨工人每天以人手清掃所有街道一至四次。行人眾多的地區或熱門旅遊點，則每天清掃多達八次。
除了以人手清掃街道外，本署也會調配機動掃街車清掃快速公路、天橋和道路中央分隔欄。如有需要，本署會調派特別潔淨隊清理棄置垃圾黑點。潔淨隊配備貨車，用以清理掃街工人無法處理的大件棄置物品和笨重廢物。遇有交通意外，潔淨隊亦會負責緊急清理工作。
本署在多處公眾地方（包括巴士站、主要路口、渡輪碼頭及公共運輸交匯處）設置了大約11,400個廢屑箱，方便行人丟棄垃圾。視乎個別地區的需要，廢屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供約430個狗廁所和1,900個狗糞收集箱。
清洗街道
本署定期清洗公眾地方，包括行人道、里巷、小販認可區、垃圾收集站和衞生黑點。本署人員與潔淨服務承辦商員工組成151支洗街隊，提供日間和晚間清洗街道服務，清洗次數由按需要而定至每天清洗。我們更引入高速清洗盤清潔街道，以便迅速清理頑固污漬。至於交通繁忙的主幹道路，由於難以提供一般的清洗服務，潔淨工人會在非繁忙時間進行沖洗。
清理溝渠
路邊的溝渠每兩至四星期以人手清理一次。公路和天橋的集水溝氣隔每六星期以機械清渠車清理一次，清理工作會在午夜後車輛較少時進行。
收集垃圾
全港設有3,021個垃圾收集站，包括164個永久離街垃圾收集站、8個臨時垃圾收集站、888個鄉村式／臨時構築垃圾收集站，以及1,961個放置垃圾桶的地點，每天收集約6,120公噸家居和街道廢物，運往環境保護署轄下的廢物轉運站或堆填區處理。本署把大約79%的垃圾收集服務外判，並設立監察和懲處機制，確保廢物收集承辦商提供的服務符合要求。
為提升鄉郊地區垃圾收集服務的成效，並改善環境衞生，本署積極在現有服務地點逐步應用太陽能廢物收集設施，包括具備自動化功能的鋁質垃圾收集站、流動垃圾壓縮機和廢物壓縮箱。
公廁
公廁主要設於旅遊點及繁忙地區。由本署管理的沖水公廁合共805個，港島區有91個、九龍區59個、新界和離島區655個。此外，新界和離島區設有34個旱廁。
為確保公廁時刻保持清潔，除了定期進行深層清潔外，本署會在使用率高或位於旅遊景點的公廁派駐廁所事務員，提供即時潔淨服務。本署亦積極研究引進新科技裝置，以改善公廁的衞生情況。本署與機電工程署合作開發的＂智能公廁系統＂原型已自二零二一年五月起在兩個本署管理的公廁試行。本署會持續進行評估系統的效益，直至計劃於二零二三年七月三十一日結束為止。我們亦獲機電工程署撥款資助，於二零二二年八月一日推出為期一年的＂智慧廁所試驗計劃＂，涵蓋十個本署管理的公廁。
環境衞生滋擾
本署負責處理環境衞生滋擾問題，包括冷氣機滴水和垃圾堆積問題，並與屋宇署組成聯合辦事處處理樓宇滲水個案。本署會向有關人士發出勸諭信和法定妨擾事故通知，以確保問題獲得處理。二零二二年，本署處理上述三類環境滋擾投訴個案的數目分別約為25,800宗、7,300宗和39,500宗。
為推廣公眾對渗水及相關事宜的認識，本署於二零二二年四月二十五日於深水埗設立渗水事宜資源中心。中心內設有視頻、相片及宣傳單張，以供公眾参閱。
冷氣機滴水引致的妨擾個案主要集中在夏季發生，為應付該段期間大幅增加的工作量，自二零一七年起，本署聘請合約員工組成專責小組，針對冷氣機滴水問題嚴重的大廈加強巡查、勸諭和教育工作，以及採取執法行動。在二零二二年，本署成立9支有關專責隊伍，務求能更有效處理冷氣機滴水的問題。
違反清潔法例的行為及公眾地方潔淨
本署的衞生督察、管工及小販管理職系人員獲授權向干犯潔淨罪行的人發出傳票。除了日常執法工作外，也會採取突擊行動，檢控亂拋垃圾者。年內，違反清潔法例而被法庭定罪的個案約有2,410宗。
《定額罰款（公眾地方潔淨及阻礙）條例》授權執法人員向干犯輕微潔淨罪行的人發出1,500元定額罰款通知書。輕微潔淨罪行包括在公眾地方亂拋垃圾、隨地吐痰、未經准許而展示招貼或海報，以及讓犬隻糞便弄污公眾地方。二零二二年，本署人員就這些違反清潔法例的行為共發出約46,500張定額罰款通知書。
個別地區的非法棄置垃圾黑點經常有人棄置垃圾和廢物，引致環境衞生問題。為此，本署在全港各非法棄置垃圾黑點安裝網絡攝錄機，以遏止違例棄置垃圾的情況。截至二零二二年年底，本署已設立了52隊專責執法小隊，一方面利用錄像資料協助調查個案和制訂行動策略，另一方面派發單張和警告告示，向市民傳遞環境衞生信息。
小販管理
政府的一貫政策是妥善規管持牌擺賣活動，並對無牌小販採取執法行動。對於無牌售賣熟食或限制出售食物，或在主要通道、行人絡繹不絕的地方或市民經常投訴的地點擺賣，本署一律依例執法。然而，如非上述情況，本署執法人員一般採取＂先警告、後檢控＂的方針行事。我們會繼續按照上述方針，監察街上擺賣活動。
截至二零二二年年底，本港共有5,200名持牌固定攤位小販和304名持牌流動小販。
本署約有180支受過訓練的小販事務隊小隊，成員約為2,300人，負責小販管理和管制工作。
小販管理人員定期巡視固定小販攤位，並規管在街上擺賣的流動小販，確保小販遵守持牌條件和相關法例。此外，人員亦會採取執法行動，遏止持牌小販違例擺賣和取締非法擺賣活動。二零二二年，涉及擺賣而被法庭定罪的違例個案共有5,980宗。
在二零二二年年中，有105個空置小販攤位適合重新編配，本署邀請候備名單中合資格的申請人揀選這些空置小販攤位，並於十一月完成有關工作，截至二零二二年年底，本署向成功揀選攤位的申請人簽發了84個小販牌照。
店鋪阻街問題
店鋪非法擴展營業範圍屬街道管理事宜，涉及多個政府部門的職權範圍，不同部門各司其職。本署優先就阻塞街道致妨礙清掃工作、違例販賣或食物業非法擴展營業範圍等個案採取執法行動，並致力參與打擊店鋪阻街的跨部門工作。二零二二年，當局就店鋪阻街提出約5,800宗檢控，並發出15,788份定額罰款通知書。
為更有效處理店鋪擴展營業範圍以致阻塞公眾地方的問題，本署與警方陸續在全港各區透過新執法策略採取聯合行動。除加強檢控違例的店鋪經營者外，亦會移除未有在警方指定期限內清除的阻礙物，藉此增加店鋪經營者違規阻街的代價，增強阻嚇作用。二零二二年，本署與警方進行了662次新模式的聯合執法行動，多區的店鋪阻街問題已顯著改善。
年宵市場
年宵市場原定於二零二二年一月底至二月初舉行。然而，考慮到2019冠狀病毒病的疫情發展，特區政府決定取消舉行年宵市場，以保障場內檔主和市民的健康，減低疾病傳播的風險。除了按照特許協議向投得攤位的檔主全數退還攤位使用費外，本署亦在第五輪＂防疫抗疫基金＂下向他們額外發放特惠金，金額相等於攤位使用費百分之五十。
公眾街市及熟食場地
本署管有的73個濕貨街市設有約13,500個攤檔，售賣新鮮食物以至家居用品等貨品；此外，還有39個熟食中心和23個獨立熟食市場，共設約940個攤檔。截至二零二二年年底，有11,605個攤檔租出、713個攤檔空置，而1,136個攤檔則因為遷置安排和翻新工程等原因而被凍結。攤檔一般以競投方式出租。
在二零二二年，本署透過舉辦多項推廣活動，增加公眾街市的人流，包括在農曆新年、端午節、中秋節和聖誕節／元旦期間布置節日裝飾和舉辦慶祝活動，以及舉辦攤位遊戲、工作坊和紀念品換領活動。
透過＂防疫抗疫基金＂在公眾街市和小販攤位推廣非接觸式付款的第二輪資助計劃於二零二二年一月完結，有2,169名合資格申請人合共獲發1,084.5萬元資助。
衞生督察和街市管理人員定期巡視街市，確保攤檔經營者遵守法例、衞生守則和租約條款。在二零二二年，本署檢控違例街市攤檔經營者的個案有1,182宗。
墳場、火葬場及骨灰安置所
本署轄下有六個政府火葬場、十個公眾墳場、11個公眾骨灰安置所、兩個流產胎安放設施和一個流產胎火化設施，為市民提供火葬及土葬服務。其中，＂永愛堂＂是本港首個火化未滿24周離世胎兒的設施，於二零二二年九月二十六日啟用。此外，本署根據《私營墳場規例》，監察27個私營墳場的管理。
政府的一貫政策是鼓勵以火葬取代土葬，年內共有59,685具遺體（約佔97.0%）火化。由於2019冠狀病毒病第五波疫情爆發，令火化服務需求突然大幅上升，本署馬上作出緊急應變，相應地增加火化時段，而和合石火葬場兩個新火化爐亦提前於四月上旬投入服務。除使用量非常低的長洲火葬場外，其餘的火葬場均24小時運作，所有火葬場更於清明節當日破例提供服務。各項措施確保一直有足夠的火化時段供市民預約。
私營骨灰安置所
根據《私營骨灰安置所條例》（第630章）（條例），任何人士必須領有指明文書（即牌照、豁免書或暫免法律責任書），才可營辦、維持、管理或以任何其他方式控制私營骨灰安置所。
私營骨灰安置所發牌委員會（發牌委員會）是負責規管私營骨灰安置所的營辦和管理的法定組織。年內，發牌委員會批准了一項牌照申請和一項豁免書申請，原則上同意另外兩項牌照申請、兩項豁免書申請和42項暫免法律責任書申請，以及拒絕了由三間私營骨灰安置所提交的指明文書申請。截至二零二二年年底，發牌委員會正處理由87間私營骨灰安置所提交的205項指明文書申請。
私營骨灰安置所事務辦事處為發牌委員會提供行政支援和處理與實施條例相關的事務。除處理指明文書申請外，該辦事處也進行巡查工作和採取執法行動，以打擊非法營辦的私營骨灰安置所。年內，該辦事處的人員實地巡查約350次，調查約50宗涉嫌違反條例的個案，結果向四間骨灰安置所的營辦人提出檢控。
綠色殯葬
本署積極推動更環保及可持續的殯葬方式，鼓勵採用綠色殯葬，市民在13個紀念花園或指定的香港海域撒放先人骨灰。二零一零年一月，本署開始提供免費渡輪服務，方便家屬出海撒放先人骨灰。二零二二年，本署處理了1,012宗海上撒灰和7,695宗紀念花園撒灰的申請。除免費渡輪撒灰服務外，本署亦有安排紀念航程，於清明節和重陽節期間接載市民到撒放先人骨灰的海域追思逝者。截至二零二二年，逾2,900個家庭合共超過7,200名市民參加了紀念航程。
本署提供的＂無盡思念＂網上追思服務讓市民隨時隨地在特設網站（www.memorial.gov.hk）悼念逝去的摯愛親友，並備有流動版（m.memorial.gov.hk）和流動應用程式。截至二零二二年年底，該網站有大約27,000名登記用戶，共設立了約24,000個紀念網頁。此外，本署於二零一九年一月推出綠色殯葬中央登記名冊，鼓勵市民預早規劃，讓家人得知自己選擇綠色殯葬的心願。截至二零二二年年底，已有9,572名市民登記其心願。