本署另一項主要職責，是保持香港的居住環境清潔衞生。有關服務包括清潔街道，收集廢物，管理公廁、公眾街市、墳場、火葬場及骨灰安置所，以及管理小販。
打擊衞生黑點
在＂政府打擊衞生黑點計劃＂下，本署與各部門合力打擊全港衞生黑點。在二零二三年，食環署已在其主責的約240個衞生黑點進行超過20 000次特別清潔行動，同時加強巡查及執管，現時超過九成的衞生黑點已獲消除。本署會繼續監察及清理街道和後巷的衞生黑點，以期達到二零二三年《施政報告》所訂，在二零二四年底前將其尚未清除的環境衞生黑點較二零二三年年底減少六成的工作指標。
清掃街道
本署及潔淨服務承辦商轄下共有約13,200名潔淨工人，提供多項公眾潔淨服務，包括清掃和清洗街道、清理溝渠、收集廢物，以及管理公廁和垃圾收集站。本署把大約82%的街道潔淨服務外判，並設立監察和懲處機制，確保承辦商提供的服務符合要求。
清掃街道對保持市容整潔非常重要。潔淨工人每天以人手清掃所有街道一至四次，以切合個別地區的特定需要。行人眾多的地區或熱門旅遊點，則每天清掃多達八次。
除了以人手清掃街道外，本署也會調配機動掃街車清掃快速公路和天橋。如有需要，本署會調派特別潔淨隊清理棄置垃圾黑點。潔淨隊配備貨車，用以清理掃街工人無法處理的大件棄置物品和笨重廢物。遇有交通意外，潔淨隊亦會負責緊急清理工作。
本署在多處公眾地方（包括巴士站、主要路口及公共運輸交匯處）設置了大約11,200個廢屑箱，方便行人丟棄垃圾。視乎個別地區的需要，廢屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供約430個狗廁所和1,900個狗糞收集箱。
清洗街道
本署定期清洗公眾地方，包括行人道、里巷、小販密集地區和衞生黑點。本署人員與街道潔淨服務承辦商員工組成151隊洗街隊，提供日間和晚間清洗街道服務，清洗次數會視乎個別地區的需要，由按需要而定至每天清洗不等。我們更引入高速清洗盤清潔街道，以便迅速清理頑固污漬。至於交通繁忙的主幹道路，由於難以提供一般的清洗服務，潔淨工人會在非繁忙時間進行沖洗。
清理溝渠
路邊的溝渠每兩至四星期以人手清理一次。快速公路和天橋的集水溝氣隔每六星期以機械清渠車清理一次，清理工作會在午夜後車輛較少時進行。
收集垃圾
全港設有3,393個垃圾收集站，包括163個永久離街垃圾收集站、8個臨時垃圾收集站、901個鄉村式／臨時構築垃圾收集站，以及2,321個放置垃圾桶的地點，每天收集約5,820公噸家居和街道廢物，運往廢物轉運站或堆填區處理。本署把大約80%的垃圾收集服務外判，並設立監察和懲處機制，確保廢物收集承辦商提供的服務符合要求。
為提升鄉郊地區垃圾收集服務的成效，並改善環境衞生，本署在現有服務地點積極更新並配置廢物收集設施，包括具備自動化功能的太陽能鋁質垃圾收集站、太陽能垃圾壓縮機和廢物壓縮箱。
清潔公廁
公廁主要設於旅遊點及繁忙地區。由本署管理的公廁合共810個，港島區有91個、九龍區60個、新界和離島區659個。此外，新界和離島區設有33個旱廁。
為保持公廁清潔，除了定期進行深層清潔外，本署會在位於人流暢旺地區及旅遊景點的公廁安排廁所事務員值勤，提供即時潔淨服務。本署與機電工程署（機電署）合作開發的＂智能公廁系統＂原型已進一步推展至白石角和荔枝窩兩個新落成的公廁。本署會繼續與機電署合作，檢討和優化＂智能公廁系統＂。
環境衞生滋擾
本署負責處理環境衞生滋擾問題，包括冷氣機滴水和垃圾堆積問題，並與屋宇署組成聯合辦事處處理樓宇滲水個案。本署會向有關人士發出勸諭信和法定妨擾事故通知，以確保問題獲得處理。二零二三年，本署處理上述三類環境滋擾投訴個案的數目分別約為31,100宗、7,900宗和45,000宗。
為有效推廣有關樓宇滲水的知識，年內，聯合辦事處轄下的顧客服務小組在各區為市民和物業管理公司舉辦共75個教育及宣傳活動，包括設置宣傳攤位和舉行研討會，以提高公眾對滲水事宜的認知、釐清相關業主的維修和管理責任，以及重點介紹政府在處理樓宇滲水方面的工作。
本署於二零二二年七月一日在私人屋苑推行簡化的＂物業管理公司協助處理住宅樓宇滲水計劃＂。根據計劃，參與的物業管理公司職員負責找出樓宇單位的滲水源頭，並通過協調和向居民提出建議，促使有關問題以調解或民事訴訟方式解決。自計劃推行至二零二三年十二月三十一日，34間參與計劃的物業管理公司合共接獲逾2,400宗滲水個案，當中超過1,500宗已通過協調、調解、改善工程或維修屋苑公用地方等方式解決。
冷氣機滴水引致的妨擾個案主要集中在夏季發生，為應付該段期間大幅增加的工作量，自二零一七年起，本署聘請合約員工組成專責小組，針對冷氣機滴水問題嚴重的樓宇加強巡查、勸喻和教育工作，以及採取執法行動。截至二零二三年，本署設有9隊有關專責隊伍，務求能更有效處理冷氣機滴水的問題。
違反清潔法例的行為及公眾地方潔淨
經修訂的《定額罰款（公眾地方潔淨及阻礙）條例》於二零二三年十月二十二日生效。該條例授權本署的衞生督察、管工及小販管理職系人員向干犯指定潔淨罪行（包括在公眾地方亂拋垃圾、隨地吐痰、未經准許而展示招貼或海報，以及讓犬隻糞便弄污公眾地方）的人發出3,000元定額罰款通知書，以及向非法擺放廢物的人發出6,000元定額罰款通知書。二零二三年，本署人員就這些違反清潔法例的行為共發出約44,400張定額罰款通知書。上述執法人員亦獲授權向干犯潔淨罪行的人發出傳票。除了日常執法工作外，也會採取突擊行動，檢控亂拋垃圾者。年內，違反清潔法例而被法庭定罪的個案約有1,890宗。
個別地區的非法棄置垃圾黑點經常有人棄置垃圾和廢物，引致環境衞生問題。為此，本署在非法棄置垃圾黑點安裝網絡攝錄機，以遏止違例棄置垃圾的情況。本署設立了52隊專責執法小隊，一方面利用錄像資料協助調查個案和制訂行動策略，另一方面派發單張和警告告示，向市民傳遞環境衞生信息。
小販管理
政府的一貫政策是妥善規管持牌擺賣活動，並對無牌小販採取執法行動。對於無牌售賣熟食或限制出售食物，或在主要通道、行人絡繹不絕的地方或市民經常投訴的地點擺賣，本署一律依例執法。如非上述情況，本署執法人員一般採取＂先警告、後檢控＂的方針行事。我們會繼續按照上述方針，監察街上擺賣活動。
截至二零二三年年底，本港共有5,053名持牌固定攤位小販和270名持牌流動小販。
本署約有170隊受過訓練的小販事務隊小隊，成員約為2,400人，負責小販管理和管制工作。
小販管理人員定期巡視固定小販攤位，並規管在街上擺賣的流動小販，確保小販遵守持牌條件和相關法例。此外，人員亦會採取執法行動，遏止持牌小販違例擺賣和取締非法擺賣活動。二零二三年，涉及擺賣而被法庭定罪的違例個案共有4,679宗。
店鋪阻街問題
店鋪非法擴展營業範圍屬街道管理事宜，涉及多個政府部門的職權範圍，不同部門各司其職。本署優先就阻塞街道致妨礙清掃工作、違例販賣或食物業非法擴展營業範圍等個案採取執法行動，並致力參與打擊店鋪阻街的跨部門工作。二零二三年，當局就店鋪阻街分別提出約3,070宗檢控和發出7,713張定額罰款通知書。
為更有效處理店鋪擴展營業範圍以致阻塞公眾地方的問題，本署聯同警方以新策略執法，除加強檢控違例的店鋪經營者外，亦會移除未有在警方指定期限內清除的阻礙物，藉此增加店鋪經營者違規阻街的代價，增強阻嚇作用。二零二三年，本署與警方進行共1,612次新模式的聯合執法行動，多區的店鋪阻街問題已顯著改善。
《定額罰款（公眾地方潔淨及阻礙）條例》（第570章）於二零二三年修訂後，店鋪阻街罪行的定額罰款金額已由1,500元提高至6,000元。
年宵市場
在二零二三年一月十六日至二十二日期間，本署於13個地區設立15個年宵市場，並在一月十九日至二月五日期間設立沙田車公誕市場，以及在一月二十二日至二月五日期間設立大埔林村放馬莆新春市場。這些市場合共設有約970個攤位，售賣時花植物，供市民選購年花，迎接新歲。
公眾街市及熟食場地
本署管有74個濕貨街市，設有約12,500個攤檔，售賣新鮮食物以至家居用品等貨品。此外，還有38個熟食中心和22個獨立熟食市場，設有約930個攤檔。截至二零二三年年底，有11,468個攤檔租出、１,022個攤檔空置，而1,092個攤檔則因為遷置安排和翻新工程等原因而被凍結。攤檔一般以競投方式出租。
在二零二三年，本署透過舉辦多項推廣活動，增加公眾街市的人流，包括在重要節日期間加設裝飾和舉辦慶祝活動，以及舉辦攤位遊戲、工作坊和紀念品換領活動。
衞生督察和街市人員定期巡視街市，確保攤檔經營者遵守法例、衞生守則和租約條款。在二零二三年，本署檢控違例街市攤檔經營者的個案有1,000宗。
為保持街市潔淨，本署的街市服務承辦商自二零二三年七月起增加清潔街市的次數，本署亦分階段處理檔戶的違規問題。首階段優先處理嚴重違規（包括非法佔用公用地方、阻礙無障礙設施和干擾公共設施正常使用）及／或影響消防安全的情況。在二零二三年，本署就嚴重違規事項發出360次口頭警告、42封警告信和237張傳票。此外，本署於二零二三至二四年度至二零二六至二七年度期間，在約40個分別設於約30個公眾街市和熟食市場內的廁所（每個均設有男廁、女廁及／或暢通易達而無分性別的洗手間）進行優化工程。
墳場、火葬場及骨灰安置所
本署轄下有六個政府火葬場、十個公眾墳場、12個公眾骨灰安置所、兩個流產胎安放設施和一個流產胎火化設施，為市民提供火葬及土葬服務。其中，哥連臣角新廈靈灰安置所於二零二三年七月十九日啟用，提供25,340個新建的可續期骨灰龕位。此外，本署根據《私營墳場規例》，監察27個私營墳場的管理。
政府的一貫政策是鼓勵以火葬取代土葬，年內共有52,795名逝者（約佔死亡人數的93.0%）的遺體被火化。為方便市民預訂火化時段，本署在港島灣仔胡忠大廈和九龍長沙灣政府合署分別設有辦事處，市民可親自前往該兩個辦事處或由持牌殮葬商代為辦理預訂手續，亦可透過互聯網預訂。
現時，公眾骨灰龕位供應充裕，除了恆常的周年編配之外，本署亦安排曾咀靈灰安置所全年接受申請和每月進行一輪編配。二零二三年所有合資格申請人皆獲編配新龕位，無需輪候。
私營骨灰安置所
根據《私營骨灰安置所條例》（第630章）（條例），任何人士必須領有指明文書（即牌照、豁免書或暫免法律責任書），才可營辦、維持、管理或以任何其他方式控制私營骨灰安置所。
私營骨灰安置所發牌委員會（發牌委員會）是負責規管私營骨灰安置所的營辦和管理的法定組織。截至二零二三年年底，私營骨灰安置所發牌委員會已就所有截算前骨灰安置所達致某種決定，包括年內批出的四項牌照和豁免書申請。
私營骨灰安置所事務辦事處為發牌委員會提供行政支援和處理與實施條例相關的事務。除處理指明文書申請外，該辦事處也進行巡查工作和採取執法行動，以打擊非法營辦的私營骨灰安置所。年內，該辦事處的人員實地巡查370次，並對23宗涉嫌違反條例的個案進行調查。
綠色殯葬
二零二三年，採用綠色殯葬方式處理骨灰的宗數共有9,381宗，佔同年死亡總人數的16.5%，是迄今綠色殯葬使用率最高的一年。十月舉行的＂綠色殯葬推廣啟動禮＂為一連串主題為＂綠色殯葬 愛在延續＂的推廣活動揭開序幕，進一步鼓勵公眾採用綠色殯葬，作為令環境得以持續、令愛可以延續的選擇。市民可以在本署13個紀念花園或指定的香港海域撒放先人骨灰。本署提供免費渡輪服務，方便家屬出海撒放先人骨灰。二零二三年，本署處理了1,144宗海上撒灰和7,465宗紀念花園撒灰的申請。除免費渡輪撒灰服務外，本署亦有安排紀念航程，於清明節和重陽節期間接載市民到撒放先人骨灰的海域追思逝者。截至二零二三年，逾3,600個家庭合共超過8,700名市民參加了紀念航程。
本署提供的＂無盡思念＂網上追思服務讓市民隨時隨地在特設網站（www.memorial.gov.hk）悼念逝去的摯愛親友，並備有流動版（m.memorial.gov.hk）和流動應用程式。截至二零二三年年底，該網站有大約36,000名登記用戶，共設立約27,000個紀念網頁。此外，本署於二零一九年一月推出綠色殯葬中央登記名冊，鼓勵市民預早規劃，讓家人知悉自己選擇綠色殯葬的心願。截至二零二三年年底，已有11,838名市民登記。
二零二三年，本署就＂綠色殯葬服務及推廣＂展開設計思維顧問研究，目的是更深入了解服務使用者的需要和感受，從而制訂更有效的措施，提高公眾對綠色殯葬的認識及接受程度，同時優化綠色殯葬服務。根據研究結果，本署現正致力整合電子服務以方便市民申請，並會改善服務，令使用者有更佳體驗。
防治蟲鼠
食環署是政府的防治蟲鼠顧問，負責處理影響公眾衞生的蟲鼠問題。在防治蟲鼠的工作上，本署多管齊下，一方面持續改善環境衞生，另一方面善用除害劑，同時參照世衞的最新建議，不斷優化防治蟲鼠的方法和技術。此外，本署與防治蟲鼠業界緊密合作，交流意見，共同維持業界防治蟲鼠工作的專業水平。
蚊患的風險評估及監察
本署於全港64個監察地區設置誘蚊器監察病媒蚊子，每月公布誘蚊器指數（即發現白紋伊蚊的活動地點的百份比）和密度指數（即每個有白紋伊蚊的誘蚊器內平均收集到的成蚊數目），以便有關政府部門、市民和物業管理公司適時採取防蚊措施。二零二三年，社區的平均誘蚊器指數和平均密度指數分別為5.４%和1.３。二零二三年的跨部門滅蚊運動分三期進行，於各區的公眾街巿、住宅樓宇、街道和後巷、建築地盤、空置土地及路旁工地等位置進行一連串的清除積水及防治蚊患行動。此外，本署針對傳播瘧疾的蚊子，在約600條溪澗進行防治工作。二零二三年，防治工作取得滿意成果，本港並無瘧疾傳播。
年內，本署進行了800,789次巡查，發現及清除76,855個蚊子滋生地方，並發出46封警告信及163張傳票。對於任由蚊子在其處所滋生的人士，本署亦採取法律行動予以檢控。
鼠患的風險評估及監察
本署由二零零零年開始進行鼠患調查，以掌握鼠患情況。鑑於該調查方法有其限制，本署於二零二三年開始試用熱能探測攝錄機配以人工智能技術進行鼠隻活動調查，訂出更科學和更具代表性的＂無鼠百分比＂，以取代原來的鼠患調查和鼠患參考指數。預計新方法可於二零二四年全面使用。
除了例行的防治鼠患工作外，本署每年都會舉辦跨部門全港滅鼠運動和全力支持由環境及生態局牽頭的＂各界攜手，全港滅鼠行動＂。二零二三年，本署針對全港108個鼠患主要黑點進行策略性滅鼠行動，清除了約百分之六十的鼠患主要黑點（共70個），達到《二零二二年施政報告》訂下的績效指標。年內，本署在各區共處理了11,075宗鼠患個案、發出90封警告信、捕獲63,344隻活鼠及收集34,496隻死鼠，並堵塞18,485個鼠洞。
此外，本署持續進行鼠蚤調查，以評估鼠疫傳染給人類的風險。二零二三年，各海旁區及口岸區整體鼠蚤指數為0.17，熟食市場和食品批發市場的整體鼠蚤指數為0.21，顯示鼠疫傳染給人類的風險屬低。
監控媒傳疾病
香港需要提防瘧疾、登革熱、寨卡病毒感染、日本腦炎、基孔肯雅熱、鼠疫、叢林斑疹傷寒、蚤傳斑疹傷寒、斑疹熱及漢坦病毒感染等媒傳疾病。本署與多個政府部門（如衞生署、房屋署、康樂及文化事務署、漁農自然護理署和民政事務總署等）合作，採取適當的病媒防控措施，並會在接到媒傳疾病的報告後立即展開調查。按照國際衞生規例的規定，本署特別在機場設立多個監測站。二零二三年，本署進行約900次蚊患調查，港口每月白紋伊蚊誘蚊器指數持續低於1.0%，而鼠蚤調查錄得的鼠蚤指數則為零。
另外，粤港澳三地專家亦保持定期溝通，就港珠澳大橋交換監察結果，以更了解在各自管轄範圍內的病媒分布情況。