本署其中一項主要職責，是保持香港市民的居住環境清潔衞生。本署在這方面提供的服務，包括清潔街道、收集垃圾、提供公廁、公眾街市、墳場、火葬場和靈灰安置所，以及管理小販。
清潔街道
本署約有3,600名潔淨工人，他們每天都清掃和清洗街道、收集垃圾，以及管理公廁、公共浴室和垃圾收集站等工作。
清掃街道對保持市容整潔非常重要。清掃工人從早到晚不停工作。清掃街道的次數由每天一次至八次不等，不分晝夜，視乎個別地區的需要而定。在主要的商業區和旅遊地點，每天清掃街道的次數約為四次至八次。
由二零零一年十一月起，本署針對地區的環境問題，推行多項嶄新的清潔措施，包括調派長駐街道清潔值勤員在繁忙地點即時清理街上垃圾、清除非法張貼的招貼或海報，以及派遣流動潔淨隊清理衞生黑點。二零零三年年初，嚴重急性呼吸系統綜合症爆發後，公眾對保持環境清潔衞生的意識不斷提高。為配合全城清潔策劃小組報告提出的改善香港環境衞生措施，本署提供了以下各項加強清潔和與潔淨有關的服務︰
- 加強清潔和清洗公眾地方及環境衞生黑點；
- 清潔和清洗私人小巷、舊式唐樓的公用地方，以及在該等地方進行小型維修工程和掃灰水；
- 加強防治鼠患和蚊患工作；以及
- 更頻密清洗街市、熟食中心和小販擺賣地點，以及增加清理街上袋裝垃圾的次數。
除以人手清掃街道外，本署的承辦商還用機動掃街車清潔公路、天橋、道路中央分隔欄和其他交通繁忙地區。如有需要，本署會派出特別潔淨隊清理衞生黑點。他們配備貨車和客貨車，積極參與大規模行動，清理掃街工人無法處理的大件棄置物品和笨重物件。如發生交通意外或天災，特別潔淨隊亦負責緊急清理工作。
為使行人道、里巷、小販密集地區、垃圾收集站及衞生黑點保持清潔，本署定期提供清洗街道服務。九十多隊由本署人員和潔淨服務承辦商組成的洗街隊，在日間和晚上清洗街道。潔淨問題嚴重地點╱衞生黑點每周至少清洗兩次，繁忙地點每周至少清洗一次，其他地點則按情況需要清洗。主幹道路由於交通繁忙，本署難以提供一般的洗街服務，但會在非繁忙時間以沖洗街道代替。
路邊的溝渠通常每兩星期以人手清理一次，以及每星期加入滅蚊油，以防蚊蟲滋生。至於高速公路和天橋上的集水溝氣隔，則使用特別設備每六星期清理一次。現時，本署調配署內的八輛機械清渠車和承辦商的七輛機械清渠車來提供服務，並通常在午夜後車輛較少時才進行工作。
本署已把大約63%的街道潔淨服務外判，並已設立監察和懲處機制，以確保潔淨承辦商提供的服務令人滿意。
收集垃圾
為方便市民，本署幾乎在全港各巴士站、主要路口、渡輪碼頭大堂及公共運輸交匯處都設有廢屑箱。廢屑箱的清倒次數視乎收集量而定，由每天四次至八次不等。本署共設置約18,000個廢屑箱。此外，本署亦設置約470個狗廁和792個狗糞收集箱，方便養狗人士。
為鼓勵市民監察本署及潔淨服務承辦商員工的工作表現，本署在廢屑箱上列明清倒次數。另外，所有新設的廢屑箱均印上熱線號碼2868 0000，方便市民查詢和投訴。
本署在全港各處共設有2,937個垃圾收集站，包括158個永久離街垃圾收集站，這些收集站通常由上午7時開放至下午3時30分，繁忙地區的收集站更會開放至晚上11時30分。本署還有124個臨時垃圾收集站、813個鄉村式垃圾收集站，以及1,842個垃圾桶放置處。各垃圾收集站都有不同的設計，以配合實際需要和土地供應。垃圾收集站是用作暫時貯存街道廢物和家居廢物，以待收集處理。只要情況許可，本署會改善現有廢物收集服務，務求盡量減少對附近居民可能造成的環境滋擾。
本署人員和廢物收集承辦商從垃圾收集站收集家居廢物，每天至少一次。本署每天收集到大約5,516公噸家居廢物，其中港島佔1,181公噸，九龍佔1,712公噸，新界和離島則佔2,623公噸。本署的垃圾收集車會把這些廢物運往環境保護署轄下的廢物轉運站或堆填區處理。
本署已把大約52%的廢物收集服務外判。與外判街道潔淨服務一樣，本署已設立監察和懲處機制，以確保廢物收集承辦商提供的服務令人滿意。
減少廢物
為響應政府的減少廢物綱要計劃(1998-2007)，本署為設於公眾地方、學校、診所及政府轄下場地的1,932個廢物回收站，提供收集廢紙、鋁罐和膠樽服務。
年內，每月收集到可循環再造物料的平均重量，分別是廢紙45,777公斤、鋁罐1,689公斤和膠樽13,144公斤。
為配合政府推行減少廢物和保護環境的政策，本署參與採用翻新輪胎的試驗計劃。這項計劃目的是減少棄置舊輪胎的數目和減輕車輛的維修成本，更能達到減少廢物的目的。本署初期只選擇垃圾收集車試用翻新輪胎，如試驗成功，便會把這項計劃推廣至其他類別的車輛。
公廁及鄉村旱廁
公廁主要設於渡輪碼頭、巴士總站、郊遊地點、旅遊點及其他繁忙地區。由本署管理的公廁共有318個，其中93個在港島、61個在九龍、164個在新界和離島。此外，新界和離島共設有540個鄉村旱廁。 本署已展開公廁翻新計劃，改善舊公廁的設施。年內，本署改善了18個公廁及鄉村旱廁的設施，並會繼續致力令公廁更加衞生、安全和舒適。很多本署管理的公廁已安裝新設施，例如紅外線感應自動開關水龍頭、乾手機、專供兒童使用的尿兜和洗手盆、嬰兒衞生檯，以及廁格內供放置個人物品的置物架。除了改善公廁的通風系統以保持地方乾爽外，現時所有公廁均已裝設空氣清新設備及免費供應廁紙，以營造方便舒適的環境供市民使用。為確保公廁時刻保持清潔，本署在使用率高的公廁派駐廁所事務員，隨時提供潔淨服務。
此外，為了落實政府把性別觀點納入主流的政策，確保工程在設計過程中考慮兩性的需要和觀點，本署已把男女廁格的規劃比率由1:1.5調高至1:2。
至於在偏僻地區的鄉村旱廁，本署已展開廁所改建計劃，在三年內分兩個階段把100個位處熱門旅遊地點或使用率較高的鄉村旱廁改建為沖水式廁所。整個計劃預計可於二零零七年年底竣工。
本署在二零零四年四月至五月進行的意見統計調查發現，在4,000名回應人士中，約有76%對公廁的設施和服務感到滿意或非常滿意，只有1%的人表示不滿或非常不滿。
環境衞生滋擾
本署負責處理環境衞生滋擾問題，包括冷氣機滴水、垃圾堆積、排水管損壞和建築物滲水等問題，並會向有關人士發出勸誡信和法定通知。
違反清潔法例的行為
本署所有衞生督察、管工及小販管理職系人員，均獲授權向違反清潔法例的人發出傳票。除了日常的執法行動外，本署亦會採取特別行動檢舉垃圾蟲。年內，逾900名接獲違反清潔法例傳票的人士被定罪，罰款總額超過140萬元。
《定額罰款(公眾地方潔淨罪行)條例》(第570章)授權執法人員向犯了輕微潔淨罪行的人發出1,500元定額罰款通知書。輕微潔淨罪行包括在公眾地方亂拋垃圾、隨地吐痰、未經准許而展示招貼或海報，以及讓犬隻糞便弄污公眾地方。二零零四年，本署共發出超過20,000張定額罰款通知書。
小販管理
為貫徹執行減少街頭販賣活動的政策，本署已停止簽發新的小販牌照，並把合資格的持牌小販遷置到公眾街市和熟食中心／市場經營。此外，本署又向小販提供優惠，鼓勵他們放棄牌照或遷入上述場所經營。這些措施實施後，持牌小販(包括固定攤位小販和流動小販)人數在二零零四年年底已減至8,048名。
年內，共有62名流動小販自願交回牌照，以換取三萬元特惠金或一個空置的固定攤位經營權，或以優惠租金租用一個街市檔位。此外，13名熟食檔經營者根據本署持續推行的購回小販牌照計劃自願交回牌照，以換取六萬元特惠金。
本署設有191支小販事務隊，屬下有大約2,200名受過訓練的人員，負責管理和管制小販的任務。支援設施包括控制中心和檢獲貨品倉庫。如有需要，警署內會設立小販處理中心，方便辦理檢控被捕小販的手續。
環境衞生人員定期巡視固定攤位，確保小販遵守持牌條件和相關法例。他們又負責管理在街上販賣的流動小販，如有需要會採取執法行動，遏止持牌固定攤位小販和流動小販的違例情況。年內，涉案人士被定罪的個案共有2,150宗。
公眾街市及熟食中心／市場
公眾街市及熟食中心／市場的設立，有助改善香港的整體環境衞生。本港現時有79個公眾街市，共設有14,471個檔位，售賣各種貨品，由新鮮食物以至家居用品都有。此外，本港還有38個熟食中心和25個獨立熟食市場，共設有1,049個檔位。目前大約有11,720個檔位經已租出，另有3,800個空置檔位(包括因遷徙安排，改善工程等特殊原因而被凍結的1,510個檔位)。另有四個街市╱小賣亭現正興建或籌劃興建。
所有公眾街市攤檔均以競投方式出租，檔戶須與本署簽訂租約。
本署已在選定的街市推行街市經理試驗計劃，聘請資歷較高並在專業管理方面有豐富經驗的人士，專責管理街市。此外，本署自二零零四年三月一日起，把九龍城區四個街市的管理工作外判予一間管理公司。
本署以試驗形式在總部成立街市推廣小組，為選定街市制訂推廣計劃和舉辦活動，並已推出多項推廣街市的新措施，包括印製街市通訊，透過本署網站和其他媒介(例如橫額、海報，以及報章和火車站的廣告等)宣傳各項推廣活動。為了推廣於二零零四年九月啟用的大埔墟街市，本署舉辦了抽獎和餐單比賽。
其他考慮推行的措施包括改善設施，以客為本(例如提供大型電子顯示屏、改良指示牌等)。在與街市管理諮詢委員會討論後，本署便會在選定街市設立這些設施。
本署管理街市的人員每天巡視街市的所有檔位，確保檔戶遵守租約條文及有關法例。衞生督察則會定期巡查肉檔、家禽檔、魚檔和熟食檔，確保食物衞生，以及檔戶遵守相關的衞生守則和法例，保持食物清潔衞生。如有需要，他們會向違例者採取執法行動。年內，涉案人士被定罪的個案共1,234宗。
鼓勵人們減少與活家禽接觸的特惠計劃
為了盡量減少接觸活家禽，以進一步減低人類感染禽流感的風險，本署在二零零四年七月十三日展開一項為期一年的特惠計劃，鼓勵活家禽零售商自願退還牌照或終止租約。
根據特惠計劃：
- 選擇退還新鮮糧食店牌照或放棄牌照上售賣活家禽的批准或終止街市家禽檔位租約的活家禽零售商，獲發放特惠補助金；
- 因僱主參與特惠計劃而結業的受影響活家禽零售業工人，獲提供再培訓課程和一筆過補助金，以協助他們轉業；以及
- 選擇繼續經營的售賣活家禽新鮮糧食店持牌人獲提供貸款，以改善其設施的衞生情況。
截至二零零四年十二月三十一日，已發放的特惠補助金共5,010萬元。
墳場及火葬場
本署轄下的六個火葬場和11個公眾墳場，提供有效率和莊嚴得體的火葬及土葬服務。此外，本署還監察28個私營墳場的運作。政府的一貫政策是鼓勵市民採用火葬而非土葬。年內，本署為31,332具遺體(佔總數約84%)提供火葬服務。八個靈灰安置所設有138,149個靈灰龕，本署以合理價格售予市民安放骨灰。
在公眾墳場土葬的遺骸，必須於六年後撿拾，然後火化或重葬於金塔墳場。
由於本港人口老化，以及市民對火葬服務的需求不斷增加，本署現正計劃改善火葬設施。
火葬場新設施
富山火葬場的新設施已於二零零四年十月中投入服務；鑽石山火葬場的新設施，預定於二零零六年年中啟用。
為盡量減少火葬設施對環境的影響，只要情況許可，本署會興建火化量較大、效率更高但不會影響環境的火葬設施。本署現正籌劃更換和合石火葬場的舊火化爐。
本署轄下設有六個公眾火葬場，即歌連臣角火葬場、鑽石山火葬場、富山火葬場、和合石火葬場、葵涌火葬場和長洲火葬場。為方便市民預訂上述火葬場的火化時段，本署在灣仔胡忠大廈和九龍長沙灣政府合署設有辦事處，市民可親自前往辦理預訂手續。