本署另一項主要職責，是保持香港的居住環境清潔衞生。有關服務包括清潔街道，收集廢物，管理公廁及旱廁、公眾街市、墳場、火葬場和靈灰安置所，以及管理小販。
清掃街道
本署及潔淨服務承辦商轄下共有約10,200名潔淨工人，提供多項潔淨服務，包括清掃和清洗街道、清理溝渠、收集廢物，以及管理公廁、旱廁和垃圾收集站。
清掃街道對保持市容整潔非常重要。視乎個別地區的需要，潔淨工人每天以人手清掃所有街道一至四次，行人眾多的地區或熱門旅遊點，則每天清掃多達八次。
除以人手清掃街道外，本署也會調配機械掃街車清掃公路、天橋、道路中央分隔欄和其他交通繁忙地點。如有需要，本署會調派特別潔淨隊清理衞生黑點。潔淨隊配備卸斗貨車，清理掃街工人無法處理的大件棄置物品和笨重廢物。遇有交通意外或天災，潔淨隊會負責緊急清理工作。
為方便市民，本署在全港各巴士站、主要路口、渡輪碼頭及公共運輸交匯處共設置約21,020個廢屑箱，視乎個別地區的需要，廢屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供約490個狗廁所和1,460個狗糞收集箱。
清洗街道
本署定期清洗公眾地方，包括行人道、里巷、小販認可區、垃圾收集站及衞生黑點。本署人員和潔淨服務承辦商員工組成110支洗街隊，人流頻繁的行人專用區和小販∕衞生黑點每星期至少清洗街道兩次，繁忙地區每星期至少清洗一次，而其他地區則視乎需要而定。至於交通繁忙的主幹道路，由於難以提供一般的清洗服務，潔淨工人會在非繁忙時間進行沖洗。
清理溝渠
路邊的溝渠每兩至四星期以人手清理一次。公路和天橋的集水溝氣隔則每六星期以機械清渠車清理一次，清理工作會在午夜後車輛較少時進行。
本署約75%的街道潔淨服務外判，並設立監察和懲處機制，確保承辦商提供符合要求的服務。
收集垃圾
本署在全港設有3,231個垃圾收集站，包括159個永久離街垃圾收集站、25個臨時垃圾收集站、681個鄉村式垃圾收集站，以及2,366個垃圾桶站。永久離街垃圾收集站的開放時間一般由上午7時至下午3時30分，繁忙地區則至晚上11時30分。垃圾收集站採用不同的設計，因地制宜，配合實際需要。垃圾收集站用作暫時存放街道垃圾和家居廢物，以待收集處理。只要情況許可，本署會對垃圾收集站作出改善，以盡量減少收集站對附近居民可能造成的環境滋擾。
垃圾收集站的廢物每天至少收集一次。本署每天收集約5,300公噸家居廢物，其中港島區佔1,060公噸，九龍區1,630公噸，新界和離島區2,610公噸。這些廢物會運往環境保護署轄下的廢物轉運站或堆填區處理。
本署大約72%的垃圾收集服務外判，並設立監察和懲處機制，確保廢物收集承辦商提供符合要求的服務。
減少廢物
為響應政府減少廢物的政策，本署提供可循環再造物料收集服務，為3,199個分別設於公眾地方、學校、診所及政府場地的回收點收集廢紙、金屬和塑膠物料。
年內，本署平均每月收集到的可循環再造物料，分別是廢紙47,740公斤、金屬1,305公斤和塑膠物料13,515公斤。
此外，本署的車隊盡量使用翻新輪胎。過去一年，使用新輪胎與翻新輪胎的比率為1比0.342。
公廁及旱廁
公廁主要設於旅遊點及繁忙地區，包括渡輪碼頭、巴士總站及郊遊地點。由本署管理的公廁合共580個，其中港島區有95個、九龍區62個、新界和離島區423個。此外，新界和離島區設有272個旱廁。
本署繼續進行公廁翻新∕改善計劃，年內共完成14項工程。本署致力使公廁更加衞生、安全和舒適，並已在多個公廁安裝新設施，例如紅外線自動感應水龍頭、乾手機、專為兒童而設的尿兜和洗手盆、嬰兒換尿片枱，以及廁格內供使用者放置個人物品的置物架。現時所有公廁均已裝設空氣清新設備，並免費供應廁紙。為確保公廁時刻保持清潔，本署在使用頻繁的公廁派駐廁所事務員，提供即時潔淨服務。
按照政府把性別觀點納入主流的政策，以及確保工程的設計顧及兩性的需要，本署把男女廁格的規劃比率一般定為1比2。
本署在二零一零年繼續進行旱廁改建計劃，以期在二零一三年或之前分階段把所有旱廁改建為沖水式廁所。本署於二零零八年十一月開始改建80個旱廁，計劃於二零一零年年中或之前完成。本署已於年內按上述計劃改建了工程中餘下的最後29個旱廁。本署已於二零零九年十一月開始改建另外90個旱廁，工程預計於二零一一年年中完成，其中13個旱廁已於年內改建為沖水式廁所。此外，本署正計劃展開最後一期工程，以改建另外145個旱廁，這期工程將於二零一三年或之前完成。
至於仍待改建或因工地限制而無法進行改善工程的旱廁，本署會使用微生物除味劑減輕臭味，並為使用者免費提供廁紙和梘液。此外，本署積極推行計劃，在全港旱廁加裝電動乾手機。
環境衞生滋擾
本署負責處理環境衞生滋擾問題(包括樓宇滲水、冷氣機滴水和垃圾堆積)，並會向有關人士發出勸誡信和法定妨擾事故通知，以確保滋擾問題獲得處理。二零一零年，本署處理上述三類環境滋擾投訴個案的數字分別約為25,700宗、18,500宗和5,300宗。
違反清潔法例的行為
本署的衞生督察、管工及小販管理職系人員均獲授權向干犯潔淨罪行的人發出傳票。除了日常執法工作外，本署亦會採取突擊行動，檢控亂拋垃圾者。年內，約有560宗違反清潔法例而被法庭定罪的個案。
《定額罰款(公眾地方潔淨罪行)條例》授權執法人員向干犯輕微潔淨罪行的人發出1,500元定額罰款通知書。輕微潔淨罪行包括在公眾地方亂拋垃圾、隨地吐痰、未經准許而展示招貼或海報，以及讓犬隻糞便弄污公眾地方。二零一零年，本署人員共發出約33,000份定額罰款通知書。
小販管理
當局一貫的政策，是妥善規管持牌擺賣活動，並對無牌小販採取執法行動。對於無牌售賣熟食或限制出售食物，或在主要通道、行人絡繹不絕的地方或市民經常投訴的地點擺賣活動，本署一律會依例執法。然而，如非上述情況，本署執法人員採取"先警告、後檢控"的方針行事。本署會繼續按上述方針監察街上擺賣活動。
持牌小販(包括固定攤位小販和流動小販)的數目逐年下降。截至二零一零年年底，本港共有7,171名持牌小販。當局就小販發牌政策檢討的建議徵詢持份者和立法會食物安全及環境衞生事務委員會的意見後，本署會重新簽發指定數目的特定類別的小販牌照予有意經營者。這些牌照包括61個新流動小販(冰凍甜點)牌照、就街上空置小販攤位發出的218個固定攤位(其他類別)小販牌照、八個固定攤位(擦鞋)小販牌照，以及八個售賣煙草和其他乾貨的固定攤位(其他類別)小販牌照。
此外，為保育屬於香港本土文化的大牌檔，本署在有關區議會的支持下，放寬中區十個大牌檔牌照的轉讓和桌椅數量等限制。
本署考慮有關小販的訴求後，將流動小販自願交回牌照計劃中領取30,000元特惠金和優先選租空置固定小販攤位方案的有效期延長兩年至二零一二年十二月三十一日止，而以特惠租金優先選租公眾街市空置攤檔的方案，則如期於二零一零年十二月三十一日終止。
本署設有191支由受訓人員組成的小販事務隊，成員總數約為2,100人，負責小販管理和管制工作。
小販管理人員定期巡視固定小販攤位，以及規管在街上擺賣的流動小販，確保小販遵守持牌條件和相關法例。此外，他們會採取執法行動，遏止持牌小販違例擺賣和取締非法擺賣活動。二零一零年，涉及擺賣而被法庭定罪的違例個案共有29,811宗。
年宵市場
本署於二零一零年二月八日至十四日期間，在12個地區舉辦共14個年宵市場，及在二月十四日至二十八日期間在兩個地區設立兩個新春市場。這些市場共設有約2,000個攤位，售賣時花和植物、傳統食品、節日布置用品、乾貨和快餐等，並提供占卜和解籤服務。年宵∕新春市場不僅為市民和遊客增添消閒購物好去處，更令農曆新年倍添節慶氣氛。
公眾街市及熟食中心／市場
公眾街市和熟食中心∕市場的重要功能，是滿足市民對新鮮糧食、熟食和乾貨的需求。本港共有78個公眾街市，設有13,534個攤檔，售賣新鮮食物以至家居用品等貨品。此外，還有39個熟食中心和25個獨立熟食市場，共設有1,047個攤檔。截至二零一零年年底，有12,267個攤檔租出，1,236個攤檔空置和1,078個攤檔因遷置安排和改善工程等原因而凍結。攤檔以競投方式出租，成功的投標者須與本署簽訂租約。
本署於二零一零年五月推出一次性租約轉讓安排，使公眾街市攤檔經營者的身分正規化。合資格人士可於二零一一年六月三十日或之前提交申請。
為了令公眾街市的服務更多元化，以及善用街市的空置攤檔，本署於二零一零年十月推行先導計劃，把空置八個月或以上的攤檔以優惠底價推出競投，以三個月短期租約出租。截至二零一零年年底，根據這計劃租出的攤檔共有11個。在處理出租率低而且沒有活化潛力的街市方面，本署得到有關區議會支持，於二零一零年三月關閉旺角街市，並分別於二零一零年六月和十二月，把燈籠洲街市和坪洲街市由兩層整合為一層。
年內，本署在公眾街市和熟食中心∕市場舉辦多項推廣活動，以廣招徠。這些活動包括在農曆新年、端午節、中秋節和聖誕節期間布置節日裝飾和舉辦慶祝活動；舉辦專題展覽、專題講座和烹飪示範；印製圖文並茂的小冊子，以多種語言介紹公眾街市常見的食品、用品和服務行業；以及加設"今日買乜餸"展示板，列出時令食譜。此外，本署亦印製公眾街市和熟食市場資料小冊子，並出版《街市通訊》季刊，廣泛派發予市民。
街市管理人員每天巡視街市，確保攤檔經營者遵守有關法例和租約條款。衞生督察定期巡查肉檔、家禽檔、魚檔和熟食檔，確保符合相關法例和衞生守則的規定，以及保持食物清潔衞生。如有需要，他們會採取執法行動，檢控違例者。二零一零年，本署檢控違例街市攤檔經營者的個案有1,056宗。此外，本署調查多宗懷疑分租個案，結果有兩份街市攤檔租約被本署終止，另有兩份租約由承租人自願退還。
加強預防禽流感的措施
為加強防範人類感染禽流感，本署自二零一零年四月起，增加巡查餘下133個活家禽零售點的次數，防止有人在零售處所存留活家禽過夜。在中秋節、冬至和農曆新年等中國主要傳統節日，零售點囤積活家禽的情況普遍，本署會進一步增加巡查次數。
加強預防人類豬型流感的措施
為防止人類豬型流感在社區蔓延，立法會財務委員會於二零零九年七月通過撥款9,900萬元，供本署推行一系列特別措施，改善環境衞生情況。本署已完成的改善措施包括徹底清理105個衞生黑點；為大約5,000幢沒有成立管理組織的私人唐樓提供一次過的公用地方清潔服務；在公眾街市、公廁、繁忙街道和持牌食物業處所附近的後巷進行加強清潔和消毒工作；以及加強有關保持個人、家居及環境衞生的宣傳及教育活動。
在宣傳及公眾教育計劃方面，本署舉辦了一系列抗流感活動，向公眾宣傳保持個人、家居及環境衞生的信息。這些活動包括於六個不同分區舉辦"保持衞生、健康人生"活動日；派發十萬本以多種語言編寫的個人及家居衞生小冊子；向非華語學童就讀的學校派發四萬個宣傳個人及環境衞生信息的書籤；於公眾街市舉辦有關抗流感措施和食療的展覽、攤位遊戲、講座和烹飪示範；以及向公眾街巿和熟食巿場的租戶及顧客和衞生教育展覽及資料中心的訪客派發逾12萬份清潔用品包。
墳場、火葬場及靈灰安置所
本署轄下有六個火葬場和11個公眾墳場，提供火葬及土葬服務。此外，本署根據《私營墳場規例》，監察28個私營墳場的運作。在公眾墳場土葬的遺骸須於安葬六年後撿拾骨殖，然後火化或重新安葬於金塔墳場。
政府的一貫政策是鼓勵以火葬取代土葬。年內，共有38,006具遺體(約佔89%)火化。本署正在和合石火葬場和歌連臣角火葬場進行工程，提升火葬設施，增加火化量及提高效率，以應付市民對火葬服務日益增加的需求。此外，本署亦不時引進符合環保規定的火葬設施。
為方便市民預訂六個公眾火葬場(即歌連臣角、鑽石山、富山、和合石、葵涌和長洲火葬場)的火化時段，本署在灣仔胡忠大廈和九龍長沙灣政府合署設有辦事處，市民可親自前往辦理預訂手續。
本署轄下的八個公眾靈灰安置所設有約167,900個價格相宜的靈灰龕位。本署積極推動可持續的埋葬及悼念方式。為提供更多其他處理骨灰的方法供市民選擇，政府鼓勵市民把先人骨灰撒在指定香港水域或本署轄下的八個紀念花園。二零一零年一月，本署推出先導計劃，逢星期六提供免費渡船服務，方便市民將先人骨灰撒海。二零一零年，本署處理了804宗骨灰撒海和1,171宗骨灰撒放紀念花園的申請，較二零零九年的申請(分別為279宗和650宗)為多。
二零一零年六月，本署推出網上追思服務，市民可隨時隨地在特設網頁(memorial.gov.hk)追思悼念逝去的摯愛親友 。