本署另一項主要職責，是保持香港的居住環境清潔衞生。有關服務包括清潔街道，收集廢物，管理公廁及旱廁、公眾街市、墳場、火葬場和靈灰安置所，以及管理小販。
清掃街道
本署及潔淨服務承辦商轄下共有約10,100名潔淨工人，提供多項潔淨服務，包括清掃和清洗街道、清理溝渠、收集廢物，以及管理公廁、旱廁和垃圾收集站。
清掃街道對保持市容整潔非常重要。視乎個別地區的需要，潔淨工人每天以人手清掃所有街道一至四次，行人眾多的地區或熱門旅遊點，則每天清掃多達八次。
除以人手清掃街道外，本署也會調配機械掃街車清掃公路、天橋、道路中央分隔欄和其他交通繁忙地點。如有需要，本署會調派特別潔淨隊清理衞生黑點。潔淨隊配備卸斗貨車，清理掃街工人無法處理的大件棄置物品和笨重廢物。遇有交通意外或天災，潔淨隊會負責緊急清理工作。
為方便市民，本署在全港各巴士站、主要路口、渡輪碼頭及公共運輸交匯處共設置約20,940個廢屑箱，視乎個別地區的需要，廢屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供約480個狗廁所和1,510個狗糞收集箱。
清洗街道
本署定期清洗公眾地方，包括行人道、里巷、小販認可區、垃圾收集站及衞生黑點。本署人員和潔淨服務承辦商員工組成108支洗街隊，人流頻繁的行人專用區和小販∕衞生黑點每星期至少清洗街道兩次，繁忙地區每星期至少清洗一次，而其他地區則視乎需要而定。由於難以在交通繁忙的主幹道路提供一般的清洗服務，潔淨工人會在非繁忙時間進行沖洗。
清理溝渠
路邊的溝渠每兩至四星期以人手清理一次。公路和天橋的集水溝氣隔則每六星期以機械清渠車清理一次，清理工作會在午夜後車輛較少時進行。
本署把大約76% 的街道潔淨服務外判，並設立監察和懲處機制，確保承辦商提供符合要求的服務。
收集垃圾
本署在全港設有3,205個垃圾收集站，包括160個永久離街垃圾收集站、25個臨時垃圾收集站、701個鄉村式垃圾收集站，以及2,319個放置垃圾桶的地點。永久離街垃圾收集站的開放時間一般由上午7時至下午3時30分，繁忙地區則至晚上11時30分。垃圾收集站採用不同的設計，因地制宜，配合實際需要。垃圾收集站用作暫時存放街道垃圾和家居廢物，以待收集處理。只要情況許可，本署會對垃圾收集站作出改善，以盡量減少收集站對附近居民可能造成的環境滋擾。
垃圾收集站的廢物每天至少收集一次。本署每天收集約5,160公噸家居廢物，其中港島區佔1,050公噸，九龍區1,590公噸，新界和離島區2,520公噸。這些廢物會運往環境保護署轄下的廢物轉運站或堆填區處理。本署把大約74% 的垃圾收集服務外判，並設立監察和懲處機制，確保廢物收集承辦商提供符合要求的服務。
減少廢物
為響應政府減少廢物的政策，本署提供可循環再造物料收集服務，為3,303個分別設於公眾地方、學校、診所及政府場地的回收點收集廢紙、金屬和塑膠物料。
年內，本署平均每月收集到的可循環再造物料，分別是45,510公斤廢紙、1,330公斤金屬和14,210公斤塑膠物料。
此外，本署的車隊盡量使用翻新輪胎。過去一年，使用新輪胎與翻新輪胎的比率為1比0.3。
公廁及旱廁
公廁主要設於旅遊點及繁忙地區，包括渡輪碼頭、巴士總站及郊遊地點。由本署管理的公廁合共659個，其中港島區有94個、九龍區62個、新界和離島區503個。此外，新界和離島區設有187個旱廁。
本署繼續進行公廁翻新∕改善計劃，年內共完成13項工程。本署繼續致力使公廁更加衞生、安全和舒適，並已在多個公廁安裝新設施，例如紅外線自動感應水龍頭、乾手機、專為兒童而設的尿兜和洗手盆、嬰兒換尿片枱，以及廁格內供使用者掛放個人物品的衣帽鉤和置物架。現時所有公廁均已裝設空氣清新設備、淨手消毒器及梘液器，並供應廁紙。為確保公廁時刻保持清潔，本署在使用頻繁的公廁派駐廁所事務員，提供即時潔淨服務。
按照政府把性別觀點納入主流的政策，以及確保工程的設計顧及兩性的需要，本署把男女廁格的規劃比率一般定為1比2。
本署在二零一一年繼續進行旱廁改建計劃，以期在二零一三年或之前分階段把所有旱廁改建為沖水式廁所。本署於二零零九年十一月開始第六期改建工程，90個旱廁之中，其中89個已改建為沖水式廁所(包括年內改建的76個)，餘下的一個旱廁會於二零一二年第四季完成改建。此外，最後一期工程已於二零一一年二月展開，以改建另外145個旱廁，工程預計於二零一三年十二月或之前完成，其中三個旱廁已於年內改建為沖水式廁所。
至於仍待改建或因工地限制而無法進行改善工程的旱廁，本署會使用微生物除味劑減輕臭味，並提供廁紙、梘液器、乾手機及淨手消毒器。
環境衞生滋擾
本署負責處理環境衞生滋擾問題(包括樓宇滲水、冷氣機滴水和垃圾堆積)，並會向有關人士發出勸誡信和法定妨擾事故通知，以確保滋擾問題獲得處理。二零一一年，本署處理上述三類環境滋擾投訴個案的數字分別約為23,700宗、17,500宗和4,700宗。
違反清潔法例的行為
本署的衞生督察、管工及小販管理職系人員均獲授權向干犯潔淨罪行的人發出傳票。除了日常執法工作外，本署亦會採取突擊行動，檢控亂拋垃圾者。年內，違反清潔法例而被法庭定罪的個案約有660宗。
《定額罰款(公眾地方潔淨罪行)條例》授權執法人員向干犯輕微潔淨罪行的人發出1,500元定額罰款通知書。輕微潔淨罪行包括在公眾地方亂拋垃圾、隨地吐痰、未經准許而展示招貼或海報，以及讓犬隻糞便弄污公眾地方。二零一一年，本署人員共發出約35,100份定額罰款通知書。
小販管理
當局一貫的政策，是妥善規管持牌擺賣活動，並對無牌小販採取執法行動。對於無牌售賣熟食或限制出售食物，或在主要通道、行人絡繹不絕的地方或市民經常投訴的地點擺賣，本署一律依例執法。然而，如非上述情況，本署執法人員採取"先警告、後檢控"的方針行事。本署將繼續按上述方針，監察街上擺賣活動。
持牌小販(包括固定攤位小販和流動小販)的數目逐年下降。截至二零一一年年底，本港共有6,985名持牌小販。當局就小販發牌政策檢討的建議徵詢有關各方和立法會食物安全及環境衞生事務委員會的意見後，本署繼續落實有關建議，簽發特定類別的新小販牌照，包括61個流動小販(冰凍甜點)牌照，以及218個就街上空置小販攤位發出的固定攤位(其他類別)小販牌照。此外，本署放寬了中區九個大牌檔牌照的轉讓和桌椅數量等限制，以保育屬於香港本土文化的大牌檔。
本署設有191支受過訓練的小販事務隊，成員約為2,100人，負責小販管理和管制工作。
小販管理人員定期巡視固定小販攤位，以及規管在街上擺賣的流動小販，確保小販遵守持牌條件和相關法例。此外，他們會採取執法行動，遏止持牌小販違例擺賣和取締非法擺賣活動。二零一一年，涉及擺賣而被法庭定罪的違例個案共有30,217宗。
旺角花園街於二零一一年十一月三十日發生四級火警，在毗鄰樓宇內不幸造成眾多傷亡。由於全港有不少攤檔位於人口密集和靠近民居的街道，政府當局認為應引入多項短、中及長期措施以改善固定小販攤檔的管理，從而減低對附近居民的火警風險。短期措施包括持續和加強執法，並建議推行引入取消小販牌照制度。根據該建議，若任何持牌小販在三個月內涉及六次違反《小販規例》（第132AI章）的有關條文及被定罪，食環署署長可考慮取消有關持牌人的牌照。建議的諮詢期於二零一一年十二月十三日開始，並在二零一二年三月三十一日結束。此外，食環署亦就多項中及長期的可行方案進行分析，其中包括"留架不留貨"、"朝行晚拆"、遷置小販區等。
年宵市場
本署於二零一一年一月二十八日至二月三日期間，在12個地區舉辦共14個年宵市場，在二月三日至十七日期間在兩個地區設立兩個新春市場。這些市場設有約2,000個攤位，售賣時花和植物、傳統食品、節日布置用品、乾貨和快餐等，並提供占卜和解籤服務。年宵∕新春市場不僅為市民和遊客增添消閒購物好去處，更令農曆新年倍添節慶氣氛。
公眾街市及熟食中心／市場
公眾街市和熟食中心∕市場具滿足市民對新鮮糧食、熟食和乾貨需求的重要功能。本港共有77個公眾街市，設有約13,400個攤檔，售賣新鮮食物以至家居用品等貨品。此外，還有39個熟食中心和25個獨立熟食市場，共設有約1,050個攤檔。截至二零一一年年底，有12,660個攤檔租出，901個攤檔空置和891個攤檔因遷置安排和改善工程等原因而被凍結。攤檔以競投方式出租，投得攤檔者須與本署簽訂租約。
本署於二零一零年五月推出一次性的街市租約轉讓安排，讓公眾街市攤檔的經營者可正式成為租戶，至二零一一年六月三十日截止接受申請，本署收到約1,600宗申請。
為優化公眾街市經營環境，本署於二零零九年年中開始在一些有空置攤檔的街市引入服務行業、小食和烘製包餅攤檔。截至二零一一年年底，已租出67個服務行業攤檔、七個小食攤檔和一個烘製包餅攤檔。
在處理出租率低而且沒有活化潛力的街市方面，本署得到屯門區議會支持，於二零一一年四月一日關閉廣財街市。
自二零一一年二月起，街市攤檔租戶退租時，可無須拆除攤檔內仍可使用的固定裝置，例如捲閘及檔頂保護網等，以便新租戶可繼續使用。這項安排既可減少廢物，又可避免拆卸及建造工程產生噪音及其他滋擾。
二零一一年，本署在公眾街市和熟食中心∕市場舉辦多項推廣活動，以廣招徠。這些活動包括在農曆新年、端午節、中秋節和聖誕節期間布置節日裝飾和舉辦慶祝活動；舉辦專題展覽、專題講座和烹飪示範；以及加設"今日買乜餸"展示板，以中文、英文、菲律賓文和印尼文介紹時令食譜。此外，本署亦印製公眾街市和熟食市場資料小冊子，並出版《街市通訊》季刊，廣泛派發予市民。
街市管理人員每天巡視街市，確保攤檔經營者遵守有關法例和租約條款。衞生督察定期巡查肉檔、家禽檔、魚檔和熟食檔，確保符合相關法例和衞生守則，以及保持食物清潔衞生。如有需要，他們會採取執法行動，檢控違例者。二零一一年，本署檢控違例街市攤檔經營者的個案有1,220宗。此外，本署調查多宗懷疑分租個案，結果有一份街市攤檔租約被終止，另有一份租約則由租戶自願退租。
加強預防禽流感的措施
為加強防範人類感染禽流感，本署增加巡查餘下132個活家禽零售點的次數，防止有人在零售處所存留活家禽過夜。在中秋節、冬至和農曆新年等主要中國傳統節日期間，零售點囤積活家禽的情況普遍，本署會加強巡查。
墳場、火葬場及靈灰安置所
本署轄下有六個政府火葬場、11個公眾墳場及八個公眾靈灰安置所，提供火葬及土葬服務。此外，本署根據《私營墳場規例》，監察28個私營墳場的管理。在公眾墳場土葬的遺骸須於安葬六年後撿拾骨殖，然後火化或重新安葬於金塔墳場。
政府的一貫政策是鼓勵以火葬取代土葬。年內，共有37,916具遺體(約佔89%)火化。本署正在和合石火葬場和歌連臣角火葬場進行工程，提升火葬設施，增加火化量及提高效率，以應付市民對火葬服務日益增加的需求。此外，本署亦不時引進符合環保規定的火葬設施。
為方便市民預訂六個公眾火葬場(即歌連臣角、鑽石山、富山、和合石、葵涌和長洲火葬場)的火化時段，本署在灣仔胡忠大廈和九龍長沙灣政府合署設有辦事處，市民可親自前往或經由持牌殮葬商辦理預訂手續。
本署轄下八個公眾靈灰安置所設有約167,900個靈灰龕位。此外，本署積極推動可持續的殯葬方式，鼓勵市民把先人骨灰撒在轄下的八個紀念花園或指定的香港水域。二零一零年一月，本署推出先導計劃，提供免費渡船服務，方便家屬把先人骨灰撒海。鑑於愈來愈多市民採用這個方式處理先人骨灰，本署將於二零一二年一月中開始，提升"海上撒灰渡輪服務"，使用載客量逾200人的較大型渡輪，免費接載市民進行骨灰撒海儀式。這樣除可為市民提供較安穩舒適的航程，還可讓家屬和親友在較寬敞的地方進行悼念儀式。二零一一年，本署處理了662宗骨灰撒海和1,648宗骨灰撒放紀念花園的申請。
二零一零年六月，本署推出網上追思服務，讓市民隨時隨地在特設網站(www.memorial.gov.hk)追思悼念逝去的摯愛親友。二零一一年九月推出"無盡思念"網站流動版(m.memorial.gov.hk)，進一步提升服務。