本署另一項主要職責，是保持香港的居住環境清潔衞生。有關服務包括清潔街道，收集廢物，管理公廁及旱廁、公眾街市、墳場、火葬場和靈灰安置所，以及管理小販。
清掃街道
本署及潔淨服務承辦商轄下共有約10,300名潔淨工人，提供多項潔淨服務，包括清掃和清洗街道、清理溝渠、收集廢物，以及管理公廁、旱廁和垃圾收集站。
清掃街道對保持市容整潔非常重要。視乎個別地區的需要，潔淨工人每天以人手清掃所有街道一至四次，行人眾多的地區或熱門旅遊點，則每天清掃多達八次。
除以人手清掃街道外，本署也會調配機械掃街車清掃公路、天橋、道路中央分隔欄和其他交通繁忙地點。如有需要，本署會調派特別潔淨隊清理衞生黑點。潔淨隊配備卸斗貨車，清理掃街工人無法處理的大件棄置物品和笨重廢物。遇有交通意外或天災，潔淨隊會負責緊急清理工作。
為方便市民，本署在全港各巴士站、主要路口、渡輪碼頭及公共運輸交匯處共設置約21,330個廢屑箱，視乎個別地區的需要，廢屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供約450個狗廁所和1,560個狗糞收集箱。
清洗街道
本署定期清洗公眾地方，包括行人道、里巷、小販認可區、垃圾收集站及衞生黑點。本署人員和潔淨服務承辦商員工組成115支洗街隊，人流頻繁的行人專用區和小販∕衞生黑點每星期至少清洗街道兩次，繁忙地區每星期至少清洗一次，其他地區則視乎需要而定。由於難以在交通繁忙的主幹道路提供一般的清洗服務，潔淨工人會在非繁忙時間進行沖洗。
清理溝渠
路邊的溝渠每兩至四星期以人手清理一次。公路和天橋的集水溝氣隔每六星期以機械清渠車清理一次，清理工作會在午夜後車輛較少時進行。
本署把大約77% 的街道潔淨服務外判，並設立監察和懲處機制，確保承辦商提供的服務符合要求。
收集垃圾
本署在全港設有3,203個垃圾收集站，包括160個永久離街垃圾收集站、35個臨時垃圾收集站、705個鄉村式垃圾收集站，以及2,303個放置垃圾桶的地點。永久離街垃圾收集站的開放時間一般由上午7時至下午3時30分，繁忙地區則至晚上11時30分。垃圾收集站採用不同的設計，因地制宜，配合實際需要。垃圾收集站用作暫時存放街道垃圾和家居廢物，以待收集處理。只要情況許可，本署會對垃圾收集站作出改善，以盡量減少收集站對附近居民可能造成的環境滋擾。
垃圾收集站的廢物每天至少收集一次。本署每天收集約5,280公噸家居廢物，其中港島區佔1,030公噸，九龍區1,650公噸，新界和離島區2,600公噸。這些廢物會運往環境保護署轄下的廢物轉運站或堆填區處理。本署把大約73%的垃圾收集服務外判，並設立監察和懲處機制，確保廢物收集承辦商提供的服務符合要求。
減少廢物
為響應政府減少廢物的政策，本署提供可循環再造物料收集服務，為3,369個分別設於公眾地方、學校、診所及政府場地的回收點收集廢紙、金屬和塑膠物料。
年內，本署平均每月收集到的可循環再造物料，分別是43,775公斤廢紙、1,287公斤金屬和13,738公斤塑膠物料。
此外，本署的車隊盡量使用翻新輪胎。過去一年，使用新輪胎與翻新輪胎的比率為1比0.3。
公廁及旱廁
公廁主要設於旅遊點及繁忙地區，包括渡輪碼頭、巴士總站及郊遊地點。由本署管理的公廁合共698個，其中港島區有94個、九龍區62個、新界和離島區542個。此外，新界和離島區設有146個旱廁。
本署自二零零零年起推行公廁翻新計劃，改善公廁設計及設施，為公廁帶來新的面貌。本署繼續致力使公廁更加衞生、安全和舒適，並已在多個公廁安裝新設施，例如紅外線自動感應水龍頭、乾手機、專為兒童而設的尿兜和洗手盆、嬰兒換尿片枱，以及廁格內供使用者掛放個人物品的衣帽鉤和置物架。現時所有公廁均已裝設空氣清新設備、淨手消毒器及梘液器，並供應廁紙。為確保公廁時刻保持清潔，本署在使用頻繁的公廁派駐廁所事務員，提供即時潔淨服務。
按照政府把性別觀點納入主流的政策，以及確保工程的設計顧及兩性的需要，本署把男女廁格的規劃比率一般定為1比2。
本署自二零零五年起展開一項旱廁改建計劃，分階段把新界和離島區的旱廁改建為沖水式廁所。至於仍待改建或因地點限制而無法進行改善工程的旱廁，本署會使用微生物除味劑減輕臭味，並提供廁紙、梘液器、乾手機及淨手消毒器。
環境衞生滋擾
本署負責處理環境衞生滋擾問題（包括樓宇滲水、冷氣機滴水和垃圾堆積），並會向有關人士發出勸誡信和法定妨擾事故通知，以確保滋擾問題獲得處理。二零一二年，本署處理上述三類環境滋擾投訴個案的數目分別約為27,400宗、19,300宗和4 ,580宗。
違反清潔法例的行為
本署的衞生督察、管工及小販管理職系人員均獲授權向干犯潔淨罪行的人發出傳票。除了日常執法工作外，本署亦會採取突擊行動，檢控亂拋垃圾者。年內，違反清潔法例而被法庭定罪的個案約有610宗。
《定額罰款（公眾地方潔淨罪行）條例》授權執法人員向干犯輕微潔淨罪行的人發出1,500元定額罰款通知書。輕微潔淨罪行包括在公眾地方亂拋垃圾、隨地吐痰、未經准許而展示招貼或海報，以及讓犬隻糞便弄污公眾地方。二零一二年，本署人員共發出約35,500份定額罰款通知書。
小販管理
當局一貫的政策是妥善規管持牌擺賣活動，並對無牌小販採取執法行動。對於無牌售賣熟食或限制出售食物，或在主要通道、行人絡繹不絕的地方或市民經常投訴的地點擺賣，本署一律依例執法。然而，如非上述情況，本署執法人員採取"先警告、後檢控"的方針行事。本署會繼續按上述方針，監察街上擺賣活動。
持牌小販（包括固定攤位小販和流動小販）的數目逐年下降。截至二零一二年年底，本港共有6,739名持牌小販。當局就二零零八年和二零零九年小販發牌政策檢討提出的建議徵詢有關各方和立法會食物安全及環境衞生事務委員會的意見後，本署繼續落實有關建議。
本署設有191支受過訓練的小販事務隊，成員約為2,100人，負責小販管理和管制工作。
小販管理人員定期巡視固定小販攤位，以及規管在街上擺賣的流動小販，確保小販遵守持牌條件和相關法例。此外，他們會採取執法行動，遏止持牌小販違例擺賣和取締非法擺賣活動。二零一二年，涉及擺賣而被法庭定罪的違例個案共有30,490宗。
自二零一一年十一月花園街發生火災後，本署已採取措施，加強小販區的管理，特別是消防安全事宜。這些措施包括要求檔販遵守在營業及非營業時間攤檔範圍的規定，以及採取執法行動，打擊以易燃物料蓋搭攤檔簷篷及在攤檔批准範圍外存貨過夜的情況。本署已成立小販管理督導委員會，由食物環境衞生署署長擔任主席，專責制訂並監督落實具體的措施，以改善各小販區的管理及減低火警風險。本署又成立小販管理諮詢委員會，涵蓋所有小販區，以提供雙向的溝通平台，讓小販與本署人員商討小販區的日常管理、規管和安全事宜，並鼓勵小販自律，採取良好的作業方式。此外，本署於二零一二年十一月一日推行暫時吊銷∕取消小販牌照制度，懲處一再違規及觸犯嚴重罪行的小販。
為進一步減低排檔區的火警風險，政府於二零一二年九月宣布推出一項為期五年的資助計劃，為43個固定小販排檔區內約4,300名小販提供資助，以重建其攤檔至指定防火規格或搬遷位於樓宇逃生樓梯出口或阻礙緊急車輛通道的攤檔至其他攤位位置。此外，自願交回其牌照的小販可獲發放特惠金。有關計劃將於二零一三年六月實施。
年宵市場
本署於二零一二年一月十七日至二十三日期間，在12個地區舉辦共14個年宵市場，並於一月二十三日至二月六日期間，在兩個地區設立兩個新春市場。這些市場設有約2,000個攤位，售賣時花和植物、傳統食品、節日布置用品、乾貨和快餐等，並提供占卜和解籤服務。年宵∕新春市場不僅為市民和遊客增添消閒購物好去處，更令農曆新年倍添節慶氣氛。
公眾街市及熟食中心／市場
公眾街市和熟食中心∕市場具滿足市民對新鮮糧食、熟食和乾貨需求的重要功能。本港共有77個公眾街市，設有約13,400個攤檔，售賣新鮮食物以至家居用品等貨品。此外，還有39個熟食中心和25個獨立熟食市場，共設有約1,050個攤檔。截至二零一二年年底，有12,932個攤檔租出，667個攤檔空置和844個攤檔因遷置安排和改善工程等原因而被凍結。攤檔以競投方式出租，投得攤檔者須與本署簽訂租約。
為優化公眾街市的經營環境，本署於二零零九年年中開始在一些有空置攤檔的街市引入服務行業、小食和烘製包餅攤檔。截至二零一二年年底，已租出92個服務行業攤檔、六個小食攤檔和一個烘製包餅攤檔。
年內，本署在公眾街市和熟食中心／市場舉辦多項推廣活動，以廣招徠。這些活動包括在農曆新年、端午節、中秋節和聖誕節期間佈置節日裝飾和舉辦慶祝活動；舉辦專題展覽、專題講座和烹飪示範；以及以中文、英文、菲律賓文和印尼文展示"今日買乜餸"的內容。此外，本署亦印製公眾街市和熟食市場資料小冊子，並出版《街市通訊》季刊，廣泛派發予市民。
街市管理人員每天巡視街市，確保攤檔經營者遵守有關法例和租約條款。衞生督察定期巡查肉檔、家禽檔、魚檔和熟食檔，確保符合相關法例和衞生守則，以及保持食物清潔衞生。如有需要，他們會採取執法行動，檢控違例者。二零一二年，本署檢控違例街市攤檔經營者的個案有1,290宗。此外，本署調查多宗懷疑分租個案，結果有兩份街市攤檔租約被終止，另有四份租約則由租戶自願退租。
加強預防禽流感的措施
為加強防範人類感染禽流感，本署增加巡查餘下132個活家禽零售點的次數，防止有人在零售處所存留活家禽過夜。在中秋節、冬至和農曆新年等主要中國傳統節日期間，零售點囤積活家禽的情況普遍，本署會加強巡查。
墳場、火葬場及靈灰安置所
本署轄下有六個政府火葬場、11個公眾墳場及八個公眾靈灰安置所，提供火葬及土葬服務。此外，本署根據《私營墳場規例》，監察28個私營墳場的管理。在公眾墳場土葬的遺骸須於安葬六年後撿拾骨殖，然後火化或重新安葬於金塔墳場。
政府的一貫政策是鼓勵以火葬取代土葬。年內，共有39,494具遺體（約佔90%）火化。待和合石火葬場和歌連臣角火葬場（第一期）的重建工程完成後，本署會着手提升歌連臣角火葬場（第二期）的火葬設施，增加火化量及提高效率，以應付市民對火葬服務日益增加的需求。此外，本署亦不時引進符合環保規定的火葬設施。
為方便市民預訂六個公眾火葬場（即歌連臣角、鑽石山、富山、和合石、葵涌和長洲火葬場）的火化時段，本署在港島灣仔胡忠大廈和九龍長沙灣政府合署設有辦事處，市民可親自前往或經由持牌殮葬商辦理預訂手續。
本署轄下八個公眾靈灰安置所設有約213,300個靈灰龕位，當中包括和合石橋頭路靈灰安置所及鑽石山靈灰安置所的新靈灰龕位。此外，本署積極推動可持續的殯葬方式，鼓勵市民在轄下十個紀念花園或指定的香港水域撒放先人骨灰。二零一零年一月，本署推出先導計劃，提供免費渡船服務，方便家屬出海撒放先人骨灰。鑑於愈來愈多市民採用這個方式處理先人骨灰，本署於二零一二年一月中提升"海上撒灰渡輪服務"，使用載客量逾200人的較大型渡輪，免費接載市民進行骨灰撒海儀式。這樣除可令航程更安穩舒適，還可讓家屬和親友在較寬敞的地方為先人舉行悼念儀式。由於這項渡輪服務廣受市民歡迎，本署自二零一二年六月起增加渡輪的班次，由每月兩班增至三班，並會由二零一三年一月起再增至每月四班。二零一二年，本署處理了791宗海上撒灰和2,023宗紀念花園撒灰的申請。
二零一零年六月，本署推出網上追思服務，讓市民隨時隨地在特設網站（www.memorial.gov.hk）追思悼念逝去的摯愛親友。為進一步提升服務，本署更於二零一一年推出"無盡思念"網站流動版。截至二零一二年年底，該網站有逾4,500名登記用戶，設立了5,000多個紀念網頁。