行政及發展部為部門提供各種管理及支援服務。
職系管理
衞生督察職系、小販管理主任職系及管工職系是本署三個主要職系。兩名職系經理分別負責管理衞生督察職系和小販管理主任及管工職系人員，處理人力策劃、職業前途發展、職位調派、員工晉升及培訓等事宜。
衞生督察負責執行有關環境衞生及食物安全的職務，例如處理環境滋擾個案、在食物業處所進行衞生巡查、發牌、檢控、肉類檢驗、潔淨服務、服務外批、防治蟲鼠、小販管理、街市管理、墳場及火葬場管理、食物管制及衞生教育。
小販管理主任負責規管街上擺賣活動，管理小販認可區，以及對非法擺賣活動採取執法行動。他們亦負責檢控據報干犯潔淨罪行的人，例如亂拋垃圾和隨地吐痰者。
管工主要負責督導前線人員執行街道潔淨、廢物收集、防治蟲鼠，以及墳場、火葬場和街市管理工作。他們亦負責車輛事務，以及監察本署承辦商的服務表現。他們亦會對干犯潔淨罪行的人採取法律行動。
員工培訓
本署推行員工培訓及發展工作，以提升員工的整體工作能力和專業水平，使他們配合部門的措施，為市民提供最佳服務，同時加深他們對職業安全及健康的認識，並在部門內推廣高度誠信的操守標準。本署舉辦多項培訓課程，主要包括職業訓練、管理、資訊科技、職業安全和傳意等。本署大部分的培訓課程於本地舉辦，但亦會提名員工到海外受訓。
年內，本署共開辦了872個課程，受訓學員有10,544人次，受訓日數合共30,835天。有關課程包括為269名新聘人員而設的入職訓練課程，使他們具備執行職務所需的知識與技能。此外，本署向19名人員提供資助，讓他們在公餘時間修讀與職務相關的課程；並安排54名員工修讀33個外地培訓課程，受訓日數合共339天。
管理參議
管理參議、調查及統計組的工作主要包括管理諮詢和統計服務，協助部門提高公共服務水平，監察服務表現水準，制訂提供服務及員工管理的政策。該組繼續提供諮詢服務，協助部門實施各項研究的建議，以及提供技術意見，協助部門進行統計調查和分析所得數據。
年內，管理參議、調查及統計組完成了五項管理研究。此外，該組又進行多項統計調查，包括了解營養資料標籤制度所帶來的影響，以及市民對本署印製的衞生教育刊物的意見。
財務管理
財務及物料供應科負責處理所有開支和採購事宜，包括支付款項、提供財務意見和進行監管。
二零一二年，本署的開支總額為49.68億元，薪酬和津貼及與員工有關連的開支佔26.81億元，部門開支及其他費用佔22.2億元，資本及非經常開支則佔6,700萬元。
按工作性質分類，本署大部分開支用於提供環境衞生服務（22.58億元），其餘依次為街市及小販管理（13.61億元）、食物安全及公共衞生（7.88億元）、行政及發展（3.1億元）、食物業監管（2.29億元）、公眾教育及市民參與計劃（2,200萬元）。
年內，本署的收入為9.33億元，其中大部分來自本署轄下公眾街市攤檔的租金（4.1億元）及簽發牌照和許可證的收費（2.73億元）。其他收入來源包括墳場和火葬場服務收費（7,200萬元）、法庭罰款和法定罰款（5,500萬元）、屠房及其他特許經營權的收費（7,100萬元）、肉類檢驗費（2,200萬元）及其他雜項服務收費（3,000萬元）。
建設工程
在二零一二年政府基本工程計劃資源分配工作中，與食物和環境衞生服務有關的建設工程所得的五年撥款估計為18.42億元。該筆撥款用以支付食環署的工程開支。
街市
年內，深井臨時街市和洪水橋臨時街市的改善工程正在進行。此外，安靜道生花市場的消防裝置改善工程於二零一一年十一月展開，預計於二零一三年年初完成。
垃圾收集站
為改善香港的居住環境，本署繼續在設有現代化除臭裝置的密封式建築物提供離街垃圾收集設施，以取代路旁的臨時垃圾收集站。百德新街垃圾收集站的重置工程於二零一二年六月完成。配合西鐵荃灣西站發展的荃灣運輸大樓垃圾收集站重置工程正在籌劃階段，預計於二零一三年年底或之前完成。
公廁
根據公廁翻新∕改善計劃，年內本署共完成六項工程，另有89項工程正在進行或在籌劃階段。
本署在二零一二年繼續進行旱廁改建計劃，以期在二零一三年或之前分階段把所有旱廁改建為沖水式廁所。第六期90個旱廁於二零零九年十一月展開工程，已全部改建為沖水式廁所，其中一個於年內完成改建。最後一期145個旱廁已於二零一一年二月展開工程，預計於二零一三年十二月或之前完成，其中42個旱廁已改建為沖水式廁所（包括39個於年內完成改建），餘下103個旱廁的改建工程正在進行或在籌劃階段，但其中約20個基於種種原因，包括受工程∕實際環境限制、未能獲得當區支持、當區要求將旱廁拆卸及地點偏遠∕使用率低等，已經或將會在原址翻新或拆卸。
墳場及火葬場
和合石火葬場重建工程於二零零九年七月展開，將於二零一三年年初完成。歌連臣角火葬場重建工程亦於二零一零年六月展開，將於二零一五年年底完成。鑽石山火葬場新紀念花園已於二零一二年七月開放，供市民使用。和合石橋頭路新靈灰安置所及紀念花園的建造工程已於二零一二年中完成。
政府現正考慮各種可行方法，以增加公眾靈灰安置所設施，包括推動地區為本的靈灰安置所發展計劃及在現有墳場增建靈灰龕位。當局已於18地區物色合共24個選址，研究作發展靈灰安置所設施。本署會就合適的選址展開進一步的規劃工作。上述其中一個選址是黃大仙鑽石山靈灰安置所，在仰念堂增建1,540個靈灰龕位，工程已於二零一二年四月完成。另一個選址則是長洲墳場，在墳場增建1,000個靈灰龕位，工程將於二零一三年第二季展開，預計於二零一三年第四季完成。
外批服務
總計：128份合約，總值34.75億元
截至二零一二年年底，本署與私人承辦商簽訂的服務合約共有128份，總金額為34.75億元。外批服務的目的，是提高服務的成本效益和效率。批給私人承辦商負責的服務，包括街道潔淨、廢物收集、機械清掃街道、機械清渠、回收可循環再造物料、街市∕小販市場潔淨、街市管理及相關服務、防治蟲鼠、市政大廈潔淨、保安員服務、動物屍體收集、墳場和靈灰安置所的潔淨及園藝保養等。
本署批出的合約訂明可量度的服務表現標準，以確保承辦商的服務質素。此外，本署的標書載明保障非技術工人權益的條款。本署人員除每天巡查外，還進行監察查核，確保承辦商遵守合約條款。
投訴管理
投訴管理組負責制訂和檢討有關處理各類投訴的政策及程序。二零一二年，本署共收到196,750宗市民要求提供服務或作出投訴的個案。
服務質素檢定
本署的其中一項首要工作是不斷改善服務質素，確保為市民提供優質服務。
服務質素檢定組的主要目標是監察和改善本署的服務質素。為達到這個目標，服務質素檢定組每天巡查由本署及服務承辦商提供的各項服務，如發現現行工作制度、程序及指引有不足之處，便會提出改善建議。該組亦會提名表現出色的員工領受服務質素檢定獎和員工嘉許狀，以激勵表現優異、工作勤奮的前線人員。此外，該組負責以獨立、客觀和公正的方式，調查員工在工作上行為失當的個案和服務承辦商違反僱傭規定的投訴。服務質素檢定組亦會進行審核檢查和與僱傭規定有關的檢查，以核實服務承辦商有否履行與僱傭有關的承諾。
公眾教育及宣傳
公眾教育是確保食物安全和改善環境衞生不可或缺的一環。為推行公眾教育，本署進行宣傳及教育活動，包括講座、展覽和外展計劃，以提高市民對食物安全和環境衞生的認識。
本署在九龍公園內設立衞生教育展覽及資料中心（中心）為市民服務。中心為學校、老人中心、兒童及青少年中心、殘疾人士團體及市民安排團體參觀及導覽活動，又定期舉辦講座和外展活動。年內，中心的參觀人數達137,774人次。中心為幼稚園及中小學舉辦1,074次講座和活動，為老人中心和市民舉辦的講座則分別有990次和303次。另外，中心的流動教育中心（一輛宣傳車）亦以外展形式推廣衞生教育，到訪學校、屋邨及公園的活動達220次。中心的迷你影院翻新後，配備大型顯示屏幕和觸感控制板，供市民選看不同的衞生教育影片。
食物安全中心轄下設有傳達資源小組，以應付市民和食物業界對食物安全風險傳達的需要。該小組設於花園街市政大廈，提供大量有關推廣食物安全的資源材料，內容涵蓋食物安全五要點、食物安全重點控制系統、風險認知，以及其他食物安全措施和新規例。小組附設展覽區和資料角，配備視聽設施。小組亦接受學校、社區中心和有興趣的市民申請預約參觀或舉行食物安全講座、借用教材、展板、視聽資料等。除了支援食物安全風險傳達的工作和活動外，小組在年內舉辦多項定期的教育活動。二零一二年，小組舉辦了314個研討會、工作坊和不同類別的宣傳活動，當中包括巡迴展覽。展覽資料圍繞食物安全，對象是市民和選定的目標羣體，例如食物處理人員、學生、長者和少數族裔人士。
年內，本署繼續舉辦宣傳活動，在電視和電台播放宣傳短片和聲帶，製作橫額、海報、小冊子和單張，傳遞環境衞生信息。此外，本署舉辦滅鼠運動和滅蚊運動，推動市民支持和參與防治蟲鼠工作。本署亦協助非政府機構推行清潔活動∕工作。