行政及发展部为本署提供各项管理及支援服务。
职系管理
卫生督察职系、小贩管理主任职系及管工职系是本署三个主要职系。两名职系经理分别负责管理卫生督察职系和小贩管理主任及管工职系人员，他们的工作涵盖人力策划、职业前途发展、职位调派、员工晋升及培训等范畴。
卫生督察负责执行有关环境卫生及食物安全的职务，例如处理环境滋扰个案、在食物业处所进行卫生巡查、发牌、检控、肉类检验、洁淨服务、服务外批、防治虫鼠、小贩管理、街市管理、坟场及火葬场管理、食物管制及卫生教育。
小贩管理主任负责规管街上摆卖活动、管理小贩认可区，以及对非法摆卖活动采取执法行动。他们也负责检控干犯洁淨罪行的人，例如乱抛垃圾和随地吐痰者。
管工主要负责督导前线人员执行街道洁淨、废物收集、防治虫鼠，以及坟场、火葬场和街市管理工作。他们也负责车辆事务，以及监察本署承办商的服务表现，同时对干犯洁淨罪行的人采取法律行动，予以检控。
员工培训
本署推行员工培训及发展工作，旨在提升个人和部门表现，为市民提供优质服务。这些培训及发展项目为员工提供发展领导才能的机会、配合部门新措施提供所需训练，以及发掘个人长处以令员工更专业地服务市民。此外，本署还提供加深员工认识职业安全及健康的培训及发展项目。
除了由署内人员担任导师外，本署会邀请不同范畴的专家提供培训，让员工掌握相关范畴的最新发展，与时并进。本署大部分培训课程于本地举办，也会提名员工到海外受训。
年内，本署共开办了621个课程，为11,749名人员提供合共34,334日的培训。有关课程包括为794名新聘人员而设的入职训练课程，使他们具备执行职务所需的知识与技能。此外，本署向五名人员提供资助，让他们在公余时间修读与职务相关的课程，并安排26名员工修读17个外地培训课程，这些课程为员工提供合共234日的培训。
管理参议
管理参议、调查及统计组的工作主要包括管理谘询和统计服务，协助部门提高公共服务水平、监察服务表现水准、制订提供服务及员工管理的政策。该组持续提供谘询服务，协助部门实施各项研究的建议，以及提供技术意见，协助部门进行统计调查和分析所得数据。年内，该组完成了四项管理研究和三项统计调查。
财务管理
财务及物料供应科负责处理所有开支和采购事宜，包括支付款项、提供财务意见和进行监管。
二零一七年，本署的开支总额为67.03亿元，其中薪金和津贴及与员工有关连的开支占35.07亿元，部门开支及其他费用占29.09亿元，而非经营及非经常开支则占2.87亿元。
按工作性质分类，本署大部分开支用于提供环境卫生服务（30.82亿元），其余依次为街市及小贩管理（17.95亿元）、食物安全及公共卫生（10.54亿元）、行政及发展（3.83亿元）、食物业监管（3.40亿元）、公众教育及市民参与计划（4,900万元）。
年内，本署的收入为8.05亿元，其中大部分来自本署辖下公众街市摊档的租金（4.38亿元），以及签发牌照和许可证的收费（1.24亿元）。其他收入来源包括坟场和火葬场服务收费（6,600万元）、法庭罚款和法定罚款（7,700万元）、屠房及其他特许经营权的收费（4,300万元）、肉类检验费（2,100万元），以及其他杂项服务收费（3,600万元）。
建设工程
在二零一七年政府基本工程计划资源分配工作中，与食物和环境卫生服务有关的建设工程所得的五年拨款估计54.99亿元。该笔拨款用以支付本署的工程开支。
垃圾收集站
为改善香港的居住环境，本署继续在设有现代化除臭装置的密封式建筑物提供离街垃圾收集设施，以取代路旁的临时垃圾收集站。
本署已于二零一七年把九龙城忠孝街的垃圾收集站重置至香港铁路有限公司何文田站，并会于二零一八年完成在港珠澳大桥香港口岸和启德发展区IJ4工地兴建两个新垃圾收集站的工程。本署会于二零一八年及二零二三年分别在深水埗一个住宅发展项目内原址重置营盘街临时垃圾收集站，以及在一个商业发展项目内原址重置永康街临时垃圾收集站。此外，本署会于二零二零年及二零二一年分别把上海街临时垃圾收集站重置至巧翔街，以及把协和街／同仁街临时垃圾收集站重置至协和街。
公厕
根据公厕翻新／改善计划，年内本署完成了七项工程，另有99项工程正在进行或在筹划阶段。五个新公厕（即龙鼓滩公厕、屯门公路巴士转乘站（往九龙方向）公厕、兆康公厕、天福路公厕及达运道公厕）的兴建工程已于二零一七年完成。
公众街市及熟食中心
食物及卫生局曾委讬顾问协助就改善本署辖下公众街市的营运环境制订建议方案，并在二零一五年公布有关的顾问报告。顾问就六个街市，分别是双凤街街市、骆克道街市、油麻地街市、荣芳街街市、荃湾街市和牛池湾街市，提出了具体的改善建议。当中双凤街街市和骆克道街市的改善工程会分别于二零一八年和二零一九年完成。本署会继续与有关方面联络，以推展其余四个街市的改善工程。
截至二零一七年年底，共有11个街市／熟食中心的租户支持加装空调系统，本署会作出跟进。
坟场、火葬场及骨灰安置所
政府现正探讨各种可行方法，以增加公众骨灰安置所设施，包括推动地区为本的骨灰安置所发展计划，并在现有坟场和骨灰安置所增设骨灰龛位。政府已在18区物色了24幅可供发展骨灰安置所的用地，本署已就其中14个项目取得相关区议会的支持，涉及新骨灰龛位数目约占规划总数的三分之二。政府会加快在上述选址发展公众骨灰安置所，以应付日益增加的需求。正在进行的工程包括黄泥涌道骨灰安置所设施工程（在二零一八年年尾提供约855个骨灰龛位）、和合石坟场兴建骨灰安置所设施工程第一期（在二零一九年年底提供约44,000个骨灰龛位）、曾咀骨灰安置所设施工程（在二零一九年提供约160,000个骨灰龛位），以及沙岭坟场骨灰安置所（由二零二四年起分阶段提供约200,000个骨灰龛位）的土地平整及相关基础设施工程。另外，本署正扩建长洲灵灰安置所（在二零一九年额外提供约1,400个骨灰龛位）和坪洲灵灰安置所（在二零一八年额外提供约360个骨灰龛位）。
外批服务
总计：152份合约，总值48.652亿元
截至二零一七年年底，本署与私人承办商签订了152份服务合约，总金额为48.652亿元。外批服务的目的，是提高服务的成本效益和灵活性。
批给私人承办商负责的服务包括街道洁淨、废物收集、机械清扫街道、机械清渠、回收可循环再造物料、街市管理、洁淨、防治虫鼠及相关服务、灭鼠、控蚊及其他防治虫鼠服务、市政大厦洁淨、提供保安员、收集动物尸体、坟场和骨灰安置所的洁淨及园艺保养、树木风险评估及树艺服务等。
本署的合约订明可量度的服务表现标准，确保承办商的服务质素良好，同时载有关于劳工保护和职业安全的条款，以保障非技术工人的权益和促进他们的福祉。本署人员除每天审阅相关记录外，还进行突击实地巡查，以确保承办商时刻遵守合约规定。
投诉管理
投诉管理组负责制订和检讨有关处理各类投诉的政策及程序。二零一七年，本署共收到219,650宗市民要求提供服务或作出投诉的个案。
服务质素检定
本署的其中一项首要工作是不断改善服务质素，确保为市民提供优质服务。
服务质素检定组的主要目标是监察和改善本署的服务质素。为达到这个目标，该组人员日常检查由本署及服务承办商提供的各项服务，如发现现行工作制度、程序及指引有不足之处，便会提出改善建议。为表扬表现优异、工作勤奋的前线人员，服务质素检定组会提名表现出色的员工领受服务质素检定奖和员工嘉许状。此外，该组以独立、客观和公正的方式，调查员工在工作上行为失当的个案和服务承办商违反雇佣规定的投诉。服务质素检定组又会进行审核检查和与雇佣规定有关的检查，以核实服务承办商有否履行与雇佣有关的承诺。
公众教育及宣传
公众教育在确保食物安全，改善环境卫生和推广绿色殡葬作为一种可持续方式去处理先人骨灰方面，是不可或缺的一环。为推行公众教育，本署举办宣传及教育活动，包括讲座、展览和外展计划，以提高市民对该些课题的认识。
本署在九龙公园内设立卫生教育展览及资料中心，为学校、老人中心、其他非政府机构及市民安排团体参观及导览活动，又定期举办讲座和外展活动。二零一七年三月，中心内的照片廊已经更新，展示今昔的清洁香港运动和宣传卡通人物。年内，参观中心的访客达93,724人次。中心为幼稚园及中小学举办了1,071场讲座和活动，而为老人中心和市民举办的讲座则分别有968场和336场。此外，流动教育中心（一辆宣传车）以外展形式推广卫生教育，往访学校、屋邨及公园达218次。
食物安全中心辖下设有传达资源小组，因应市民和食物业界的需要，向他们传达食物安全风险资讯。该小组的办事处设于花园街市政大厦，提供大量有关推广食物安全的资料，并附设配备视听设施的展览厅和资料角。小组接受学校、社区中心和有兴趣的市民预约参观或参加食物安全讲座，以及申请借用教材、展板和视听资料。除支援食物安全风险传达的工作和活动外，小组还定期举办多项教育活动。二零一七年，小组举办了335场研讨会、工作坊和不同类别的宣传活动，当中包括食物安全巡迴展览，对象是市民和选定的目标群体，包括食物处理人员、学生、长者和少数族裔人士。
年内，本署继续通过电视和电台政府宣传短片和声带、Facebook和YouTube等社交媒体、流动应用程式、横额、海报、小册子和单张，推行有关环境卫生、食物安全和绿色殡葬的宣传工作。为加强宣传清洁香港的信息，本署委任清洁龙阿德为清洁香港大使，并开设Facebook专页，透过在专页分享相片、影片和提供有关个人、家居及环境生的各类资讯，以及让清洁龙阿德在公众场合及社区活动中亮相，呼籲市民合作和支持清洁香港的工作。此外，本署又举办灭鼠运动和灭蚊运动，推动市民支持和参与防治虫鼠工作，同时协助非政府机构推行清洁活动／工作。
