二零二一年，食物环境卫生署继续坚持不懈，致力保障食物安全，并为香港市民提供清洁卫生的环境。
抗疫工作
二零二一年，本署继续站在抗击2019冠状病毒病疫情的前方，积极参与抗疫工作，并推出多项防疫措施。
为预防2019冠状病毒病传播，本署加强辖下设施（包括公众街市、熟食中心、熟食街市、小贩市场、公厕和垃圾收集站）的清洁消毒及防治虫鼠工作，又提升公众地方的街道洁淨、垃圾收集及防治虫鼠服务。此外，本署亦加强了针对洁淨罪行的巡查及执法工作。
本署在指明＂受限区域＂内的公众地方提供额外的垃圾收集、清洗街道及流动厕所（如需要）服务，亦为确诊者的住所进行消毒，以及加强清扫和清洗其附近范围的公众地方。
本署依据《预防及控制疾病条例》(第599章)及其附属法例，加紧巡查餐饮处所及表列处所和辖下设施，并持续采取严厉的执法行动。此外，本署委任在提供堂食食肆实施换气量或空气淨化设备规定工作小组，就顺利实施有关规定向政府提供建议，协助业界提升餐饮处所的防疫能力。
为向受新冠疫情影响的行业（包括餐饮业务、表列处所负责人和持牌小贩）提供财政支援，本署在四轮＂防疫抗疫基金＂下推出多项资助计划。为减低在付款时传播病毒的风险，本署透过＂防疫抗疫基金＂推出第二轮资助计划，在公众街市推广非接触式付款，并扩大受惠对象以涵盖持牌小贩。此外，本署亦协助实施政府豁免／宽减政府的牌照收费和街市租金措施。
本署继续协助提供为餐饮处所、街市、上水屠房和冻房的从业员及小贩而设的2019冠状病毒病检测服务，并鼓励他们接种疫苗。
为配合政府预防2019冠状病毒透过进口冷藏食品传入的整体策略，自二零二零年年中起，食物安全中心（食安中心）在进口层面抽取各类冷藏食品及其包装样本，进行预防性2019冠状病毒病检测。截至二零二一年年底，已检测了超过25,000个来自60个国家／地区的冷藏食品及其包装样本。
环境卫生
公众街市及熟食中心
为让市民在购买新鲜粮食时有更多选择，本署联同相关部门正在天水围、东涌市中心、将军澳、东涌新市镇扩展区、古洞北新发展区和洪水桥／厦村新发展区兴建六个新公众街市，项目处于不同的规划阶段。由于永久街市兴建需时，本署已在天水围开设天幕街市，至今营运情况理想；本署亦会在港铁东涌站附近的富东街设立临时街市，预计在二零二二年第四季落成启用。
同时，本署正全力推展街市现代化计划下首个项目──香港仔街市全面翻新工程。工程在二零二一年下半年展开，全面翻新后的香港仔街市预计在二零二三年年初启用。本署亦为街市现代化计划下的其他全面翻新或重建项目进行准备和谘询工作，并在部分街市进行小型翻新或改善工程。
小贩管理
二零二一年七月中，435个供重新编配的空置小贩摊位已全数分配给合资格申请人士。
公厕
政府拨款约六亿元，在二零一九至二零年度起计的五年内，分阶段为本署管理的大约240个公厕展开全面翻新或优化工程，以改善设备及提升公厕的卫生水平。工程在首三个财政年度(即2019-20至2021-22年度)和其后财政年度（即2022-23至2023-24年度）分别在超过140所和超过110所公厕开展。
为确保公厕时刻保持清洁，除了定期进行深层清洁外，本署会在高使用率或位于旅游景点的公厕派驻厕所事务员，提供即时洁淨服务。另外，本署亦推出多项试验计划，例如智能公厕系统、纳米空气淨化技术、氧聚解空气处理技术及臭氧技术，改善公厕的卫生情况，并提升管理及服务质素。
防治鼠患
本署推行两期全港灭鼠运动，又在目标小区进行两轮灭鼠行动，以增强地区防治鼠患工作的成效。二零二一年，本署共堵塞超过17,840个鼠洞、收集67,182只死鼠（捕获33,846只和毒杀33,336只），以及处理11,102宗鼠患投诉。
本署在深水埗、湾仔及元朗试行加强版目标小区灭鼠行动，扩大防控工作及加大灭鼠范围，在一些更容易受鼠患影响的地方，包括公众街市和市政大厦、小贩市场、邻近食肆的后巷等进行大规模和针对性的灭鼠行动。各项防治鼠患的特别行动均取得成果。
防治蚊患
本署由二零二一年四月十二日起进行全城防蚊及灭蚊行动，直至雨季结束，以清除潜在蚊子滋生地及减低成蚊密度。另外，二零二一年的跨部门灭蚊运动分三期进行。
由二零二一年一月开始，登革热病媒监察计划复盖的地点已增至64个。
坟场及火葬场服务、绿色殡葬和私营骨灰安置所
截至二零二一年年底，已有逾8,080名市民于绿色殡葬中央登记名册登记。
二零二一年一月一日，大屿山梅窝的礼智园灵灰安置所落成启用，为离岛区原居民或已在离岛区连续居住不少于七年的真正居民，或他们的未成年子女提供790个标准可续期的骨灰龛位。另外，屯门曾咀纪念花园于二零二一年三月一日启用，可供市民撒放先人骨灰。在歌连臣⻆灵灰安置所供放置流产胎的永爱园在二零二一年八月十九日启用。
年内，私营骨灰安置所发牌委员会批出了两个牌照，原则上同意另一项牌照申请和22项暂免法律责任书申请，以及拒绝了三间私营骨灰安置所的指明文书申请。截至二零二一年年底，发牌委员会正在处理由92间私营骨灰安置所提交的223份指明文书申请。
食物安全
食物监测和风险评估
食安中心于食物供应流程的每个阶段（即进口、制造以至批发和零售）都会抽取样本进行检测。二零二一年，食安中心完成约66,300个食物样本测试，整体合格率为99.9%，与近年情况相若。本港的食物安全一直维持在高水平。
食安中心公布了多项风险评估研究的结果，包括＂食物中的六溴环十二烷＂、＂食物中的麦角生物碱＂、＂烧味长时间室温存放下的微生物质素＂，以及一项与消费者委员会合作的研究＂本地素菜的钠、糖、脂肪含量及能量值＂。
食物安全标准
《2021年食物内有害物质（修订）规例》（《修订规例》）已于六月十一日刊宪，并于七月十四日获立法会通过。《修订规例》加强规管食物中三类霉菌毒素，即黄曲霉毒素、脱氧雪腐镰刀菌烯醇（又称呕吐毒素）及棒曲霉素；以及订定或更新五种其他有害物质，即苯并[a]芘、缩水甘油脂肪酸酯、三聚氰胺、氯丙二醇及芥酸在食用油脂、调味品和拟供婴儿食用的配方产品中的最高含量。《修订规例》亦把部分氢化油（即工业生产的反式脂肪酸的主要来源）列为食物中的违禁物质。有关部分氢化油的条文将于二零二三年十二月一日生效；而订明在食物中其他有害物质的最高含量的相关条文，则一律于二零二三年六月一日生效。
与上述《修订规例》一并提出的《2021年食物及药物（成分组合及标籤）（修订）规例》亦已于六月十一日刊宪，并于七月获立法会通过。这条规例将于二零二三年十二月一日生效，规定预先包装食物如含有氢化油（例如完全氢化油），必须在其配料表中作出相应标示。
风险传达
为响应世界食品安全日，食安中心于二零二一年六月初以＂‘生冷’食物查清楚 高危人士咪漏咗＂为主题，展开为期一年的食物安全日活动。
食物贸易商入门网站
二零二一年五月，入门网站的功能扩展至可供进口商在网上申请蛋类进口准许、就蛋类、肉类、家禽、野味批次和其他空运进口的食物批次抵港作出申报，以及处理食物批次的放行事宜。