本署另一项主要职责，是保持香港的居住环境清洁卫生。有关服务包括清洁街道，收集废物，管理公厕、公众街市、坟场、火葬场及骨灰安置所，以及管理小贩。
清扫街道
本署及洁淨服务承办商辖下共有约13,000名洁淨工人，提供多项洁淨服务，包括清扫和清洗街道、清理沟渠、收集废物，以及管理公厕和垃圾收集站。本署把大约81%的街道洁淨服务外判，并设立监察和惩处机制，确保承办商提供的服务符合要求。
清扫街道对保持市容整洁非常重要。视乎个别地区的需要，洁淨工人每天以人手清扫所有街道一至四次。行人众多的地区或热门旅游点，则每天清扫多达八次。
除了以人手清扫街道外，本署也会调配机动扫街车清扫快速公路、天桥和道路中央分隔栏，并在大埔及元朗试用小型机动扫街车清扫交通流量低的道路。如有需要，本署会调派特别洁淨队清理弃置垃圾黑点。洁淨队配备货车，用以清理扫街工人无法处理的大件弃置物品和笨重废物。遇有交通意外，洁淨队亦会负责紧急清理工作。
本署在多处公众地方（包括巴士站、主要路口、渡轮码头及公共运输交汇处）设置了大约11,700个废屑箱，方便行人丢弃垃圾。视乎个别地区的需要，废屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供约440个狗厕所和1,900个狗粪收集箱。
清洗街道
本署定期清洗公众地方，包括行人道、里巷、小贩认可区、垃圾收集站及卫生黑点。本署人员和洁淨服务承办商员工组成160支洗街队，提供日间和晚间清洗街道服务，清洗次数由按需要而定至每天清洗。我们更引入高速清洗盘清洁街道，以便迅速清理顽固污渍。至于交通繁忙的主干道路，由于难以提供一般的清洗服务，洁淨工人会在非繁忙时间进行冲洗。
清理沟渠
路边的沟渠每两至四星期以人手清理一次。公路和天桥的集水沟气隔每六星期以机械清渠车清理一次，清理工作会在午夜后车辆较少时进行。
收集垃圾
全港设有3,008个垃圾收集站，包括164个永久离街垃圾收集站、8个临时垃圾收集站、876个乡村式／临时构筑垃圾收集站，以及1,960个放置垃圾桶的地点，每天收集约6,130公吨家居和街道废物，运往环境保护署辖下的废物转运站或堆填区处理。本署把大约79%的垃圾收集服务外判，并设立监察和惩处机制，确保废物收集承办商提供的服务符合要求。
公厕
公厕主要设于旅游点及繁忙地区。由本署管理的冲水公厕合共807个，其中港岛区有90个、九龙区60个、新界和离岛区657个。此外，新界和离岛区设有35个旱厕。
为确保公厕时刻保持清洁，除了定期进行深层清洁外，本署也会在高使用率或位于旅游景点的公厕派驻厕所事务员，提供即时洁淨服务。另外，本署亦积极研究引进新科技装置，以改善公厕的卫生情况。本署正开发「智能公厕系统」，该系统自二零二一年五月起在两所本署公厕试行。
环境卫生滋扰
本署负责处理环境卫生滋扰问题（包括楼宇渗水、冷气机滴水和垃圾堆积问题），并会向有关人士发出劝谕信和法定妨扰事故通知，以确保问题获得处理。二零二一年，本署处理上述三类环境滋扰投诉个案的数目分别约为43,200宗、30,800宗和9,500宗。
违反清洁法例的行为及公众地方洁淨
本署的卫生督察、管工及小贩管理职系人员获授权向干犯洁淨罪行的人发出传票。除了日常执法工作外，也会采取突击行动，检控乱抛垃圾者。年内，违反清洁法例而被法庭定罪的个案约有3,730宗。
《定额罚款（公众地方洁淨及阻碍）条例》授权执法人员向干犯轻微洁淨罪行的人发出1,500元定额罚款通知书。轻微洁淨罪行包括在公众地方乱抛垃圾、随地吐痰、未经准许而展示招贴或海报，以及让犬只粪便弄污公众地方。二零二一年，本署人员就这些违反清洁法例的行为共发出约50,900张定额罚款通知书。
个别地区的非法弃置垃圾黑点经常有人弃置垃圾和废物，引致环境卫生问题。为此，本署在全港各非法弃置垃圾黑点安装网络摄录机，以遏止违例弃置垃圾的情况。截至二零二一年年底，本署已设立了40队专责执法小队，一方面利用录像资料协助调查个案和制订行动策略，另一方面派发单张和警告告示，向市民传递环境卫生信息。
小贩管理
政府的一贯政策是妥善规管持牌摆卖活动，并对无牌小贩采取执法行动。对于无牌售卖熟食或限制出售食物，或在主要通道、行人络绎不绝的地方或市民经常投诉的地点摆卖，本署一律依例执法。然而，如非上述情况，本署执法人员一般采取“先警告、后检控＂的方针行事。我们会继续按上述方针，监察街上摆卖活动。
截至二零二一年年底，本港共有5,268名持牌固定摊位小贩和330名持牌流动小贩。
本署约有190支受过训练的小贩事务队小队，成员约为2,300人，负责小贩管理和管制工作。
小贩管理人员定期巡视固定小贩摊位，并规管在街上摆卖的流动小贩，确保小贩遵守持牌条件和相关法例。此外，人员会采取执法行动，遏止持牌小贩违例摆卖和取缔非法摆卖活动。二零二一年，涉及摆卖而被法庭定罪的违例个案共有5,883宗。
随着“为固定小贩排档区小贩推行的资助计划＂完结而腾出的空置小贩摊位，加上小贩排档区内外由于其他原因而空置的小贩摊位，本署识别了当中435个摊位适合用作重新编配和签发新牌照，并于二零一九年九月底让有兴趣从事小贩行业并符合申请条件的人士申请。全数435个空置小贩摊位已于二零二一年七月中完成编配。符合资格但是次未获编配摊位的申请人士名单会由二零一九年十一月起计保留三年，以便在该段期间如有空置小贩摊位可供编配时使用。
店铺阻街问题
店铺非法扩展营业范围属街道管理事宜，涉及多个政府部门的职权范围，不同部门各司其职。本署亦致力参与打击店铺阻街的跨部门工作，并采取严厉的执法行动。对于屡犯不改者会直接作出检控；视乎情况，亦会在行动中把所涉货物检走，以提升阻吓力。本署共成立了五支店铺扩展管制特遣队，在全港各店铺阻街黑点加强执法行动。
二零二一年，当局就店铺阻街提出约3,700宗检控和发出14,766份定额罚款通知书。
近年，市民日益关注店铺扩展营业范围至行车道的问题。为应对这类阻街问题，本署与警方自二零二一年第三季起推行试验计划，在九龙城、观塘和荃湾持续采取联合行动，以解决上述问题。警方要求货物拥有人清除造成阻碍的货物或物品，如阻碍物没有被自愿清除，本署将之清除。该等货物或物品的拥有人不但会被检控，更须承担清除费用。
年宵市场
受2019冠状病毒病影响，二零二一年没有举办年宵市场。取而代之的是本署于二月六日至十一日期间，在15个原先预备举办年宵市场的场地设立年花销售点提供545个摊档，供市民选购年花和植物。本署亦于二月九日至二十六日期间，在沙田翠田街足球场设立共有32个干货摊档的销售点，配合车公庙的开放时间营运。
公众街市及熟食场地
本署管有的74个湿货街市设有约13,560个摊档，售卖新鲜食物以至家居用品等货品；此外，还有39个熟食中心和23个独立熟食市场，共设约960个摊档。截至二零二一年年底，有11,881个摊档租出、455个摊档空置，而1,219个摊档则因为迁置安排和翻新工程等原因而被冻结。摊档一般以竞投方式出租。
在二零二一年，本署透过举办多项推广活动，增加公众街市的人流，包括在农历新年、端午节、中秋节和圣诞节／元旦期间布置节日装饰和举办庆祝活动、举办专题活动，以及展示和印制载有最新街市资讯并以多种语言编制的海报／小册子。
政府透过＂防疫抗疫基金＂，推出在公众街市推广非接触式付款的第二轮资助计划，并扩大受惠对象以涵盖持牌小贩。申请于二零二一年六月三十日截止，本署合共收到2,969宗申请。
卫生督察和街市管理人员定期巡视街市，确保摊档经营者遵守法例、卫生守则和租约条款。在二零二一年，本署检控违例街市摊档经营者的个案有1,343宗。
坟场、火葬场及骨灰安置所
本署辖下有6个政府火葬场、10个公众坟场和11个公众骨灰安置所，分别为市民提供火葬及土葬服务。其中，大屿山梅窝的礼智园灵灰安置所、屯门曾咀纪念花园及歌连臣⻆灵灰安置所内的永爱园分别于二零二一年一月一日、三月一日及八月十九日落成启用。礼智园灵灰安置所为合资格离岛区居民提供790个标准可续期骨灰龛位；曾咀纪念花园占地四千八百平方米，可供市民撒放先人骨灰；歌连臣⻆灵灰安置所内的永爱园提供四百个流产胎安放位置。此外，本署根据《私营坟场规例》，监察27个私营坟场的管理。
政府的一贯政策是鼓励以火葬取代土葬，年内共有48,106具遗体（约占93.34%）火化。
为方便市民预约六个公众火葬场（即哥连臣角、钻石山、富山、和合石、葵涌和长洲火葬场）的火化时段，本署在港岛湾仔胡忠大厦和九龙长沙湾政府合署分别设有办事处，市民可选择亲身前往该两个办事处或由持牌殓葬商代为办理预约手续，或透过互联网预约。现时，本署辖下11个公众骨灰安置所内约290,000个骨灰龛位已在使用。
私营骨灰安置所
根据《私营骨灰安置所条例》（第630章）（条例），任何人士必须领有指明文书（即牌照、豁免书或暂免法律责任书），才可营办、维持、管理或以任何其他方式控制私营骨灰安置所。
私营骨灰安置所发牌委员会（发牌委员会）是负责规管私营骨灰安置所的营办和管理的法定组织。年内，发牌委员会批准了两项牌照申请，原则上同意另一项牌照申请和22项暂免法律责任书申请，以及拒绝了由三间私营骨灰安置所提交的指明文书申请。截至二零二一年年底，发牌委员会正处理由92间私营骨灰安置所提交的223份指明文书申请。
私营骨灰安置所事务办事处为发牌委员会提供行政支援和处理与实施条例相关的事务。除处理指明文书申请外，该办事处也进行巡查工作和采取执法行动，以打击非法营办的私营骨灰安置所。年内，该办事处的人员实地巡查约390次，并调查约60宗涉嫌违反条例的个案，结果就两宗个案采取了拘捕行动及向其中一间骨灰安置所的营办人提出检控。
绿色殡葬
本署积极推动可持续的殡葬方式，鼓励市民在13个纪念花园或指定的香港海域撒放先人骨灰。二零一零年一月，本署开始提供免费渡轮服务，方便家属出海撒放先人骨灰。二零二一年，本署处理了906宗海上撒灰和6,544宗纪念花园撒灰的申请。除免费渡轮撒灰服务外，本署亦有安排纪念航程，于清明节和重阳节期间接载市民到撒放先人骨灰的海域追思逝者。截至二零二一年，约2,700个家庭合共超过6,800名市民参加了纪念航程。
本署提供的“无尽思念＂网上追思服务让市民随时随地在特设网站（www.memorial.gov.hk）悼念逝去的挚爱亲友，并备有流动版（m.memorial.gov.hk）和流动应用程式。截至二零二一年年底，该网站有大约24,000名登记用户，共设立了约21,000个纪念网页。此外，本署于二零一九年一月推出绿色殡葬中央登记名册，鼓励市民预早规划，让家人得知自己选择绿色殡葬的心愿。截至二零二一年年底，已有8,080名市民登记。