食物环境卫生署是香港食物业及一些行业的发牌当局。
发牌工作
食肆、食物制造厂、新鲜粮食店、烘制麪包饼食店、工厂食堂、烧味及卤味店、冰冻甜点制造厂、奶品厂和冻房均须向本署申领牌照。此外，本署又签发许可证给某些店铺，以供售卖限制出售的食物，如冰冻甜点、奶类、非瓶装饮料、凉茶、切开售卖的水果、寿司及刺身、不经烹煮而食用的蠔和肉类，以及经售卖机出售的食物等。卡拉OK场所的许可证亦是由本署签发。
食物业处所须符合法例订明的安全及卫生标准，才会获发牌照。
剧院、戏院和娱乐游戏机中心等公众娱乐场所，以及商营浴室、私家泳池、殡仪馆、殓葬商、屠房和厌恶性行业均须申领行业牌照。
暂准牌照
为方便食物业尽早开业，本署推行暂准牌照制度。根据这个制度，本署会向已符合卫生、楼宇安全和消防安全等重要规定的处所签发暂准食物业牌照。暂准牌照的有效期为六个月，在这段期间，持牌人须履行所有尚未遵行的规定，才可获发正式牌照。
年内，本署共接获2,309宗暂准食物业牌照的申请，并发出1,758个暂准牌照。由二零零一年开始，若牌照申请人已符合所有发牌规定，牌照申请人可在一个工作天内在食物业暂准牌照签发处的柜台领取暂准牌照。
已处理的牌照申请及签发的牌照
年内，本署共接获和处理2,587宗食物业牌照(包括1,306宗食肆牌照)申请、1,149宗售卖限制出售食物许可证申请、825宗公众娱乐场所牌照申请及58宗其他行业牌照申请。负责处理牌照申请的三个牌照办事处，分别设于港岛、九龙和新界。
本署亦发牌予两间戏院、十间娱乐游戏机中心、四间商营浴室、37个私家泳池和九名殓葬商。
签发酒牌
酒牌局于二零零零年一月一日成立，是独立的法定机构。拟售卖酒类饮品的人士，须先向该局申领酒牌。
酒牌局通常每两星期举行两次会议，处理有争议的申请个案。该局行使法例赋予的权力，定期检讨与发牌和监管领有酒牌处所有关的政策。酒牌局的行政及文书服务，由本署人员提供。
至于没有争议的新领酒牌、酒牌续期、转让及修订等申请，酒牌局把批准申请的权力，转授予本署署长、副署长(环境卫生)、助理署长(行动)及酒牌局秘书。
年内，酒牌局接获817宗酒牌及会社酒牌申请，并签发了741个新牌照。此外，共有4,230个酒牌及会社酒牌获准续期。
酒牌局定期举办酒牌事务研讨会，让申请人和持牌人知悉有关的法律责任和妥善管理其处所的责任。年内，该局为559名酒牌申请人及持牌人举办了11个研讨会。
巡查工作
为确保持牌食物业处所遵守发牌及持牌条件，并符合法例订明的卫生标准，卫生督察定期巡视和检查这些处所。卫生督察除日常巡查外，亦进行突击巡查和正式巡查。至于戏院、商营浴室及私家泳池等获发行业牌照的处所，卫生督察也会定期巡查。
自二零零三年二月十日起，本署采用"以风险评估为本"的巡查制度；巡查次数会有不同，目的是集中资源，更频密巡查风险较高、卫生水平较低的持牌食物业处所。此外，巡查工作的重点除了一般的卫生检查外，更着重食物安全检查，以及即场提供卫生教育。
执法工作
食物业经营者如违反公众卫生法例会被检控。根据本署推行的违例记分制，他们如屡犯不改，牌照可能会被暂时吊销或取消；如多次违反持牌条件，也会被暂时吊销或取消牌照。此外，本署严厉对付无牌食物业处所，措施包括检控违例者、即时拘捕屡犯者，以及申请封闭他们经营的处所。而《2002年公众卫生及市政(修订)条例》亦提供有效的机制，俾能封闭对市民健康构成即时危害的食物业处所。
本署在五个处所抽取的鱼缸水样本中发现致病的霍乱弧菌，另有四个处所涉及集体食物中毒事故，本署署长于是行使法例赋予的权力，向该等处所发出九份封闭令。
二零零四年对持牌及无牌食物业处所采取执法行动的统计数字
| 持牌食物业处所 | |
|---|---|
| 持牌食物业处所数目 | 19,167 |
| 巡查次数 | 243,401 |
| 检控宗数 | 3,296 |
| 被暂时吊销牌照数目 | 165 |
| 被取消牌照数目 | 2 |
| 无牌食物业处所 | |
| 检控宗数 | 1,558 |
| 即时拘控 | |
| 扫荡次数 | 420 |
| 被捕人数 | 91 |
| 其间发出封闭令数目 | 9 |
卫生经理／卫生督导员计划
为使食物业处所加强监督食物安全，本署计划由二零零五年五月起推行"卫生经理／卫生督导员计划"，规定所有大型食店／食物工场及制造高风险食物的食店／食物工场均须委任卫生经理／卫生督导员各一名，而其他食店／食物工场则须委任一名卫生经理或卫生督导员。多间院校／职业训练中心提供获本署认可的卫生经理／卫生督导员课程。此外，自二零零一年十二月起，本署亦为持牌食物业处所负责督导的员工免费提供卫生督导员培训课程。卫生经理的培训课程约需16至20小时，培训卫生督导员的课程则约需四至六小时。截至二零零四年年底，本署举办了754个卫生督导员课程，培训了27,834名卫生督导员，而院校／职业训练中心则培训了大约6,354名卫生经理。
屠房
香港的鲜肉(即牛肉、猪肉和羊肉)是由上水屠房、荃湾屠房及长洲屠房三间私营屠房供应。除监管持牌屠房的运作，确保其环境及卫生标准符合规定外，本署还打击非法屠宰活动。
为保障市民健康，在持牌屠房屠宰的牲口在屠宰前和屠宰后均须接受检验，以确保市场售卖的肉类适合供人食用。年内，本署对非法屠房采取了402次扫荡行动和监察巡查，检控了五人，并检获约1,200公斤猪肉和猪只屠体。本署亦对新鲜粮食店和街市肉档进行了23,809次突击巡查，以查核所售卖的肉类是否由未经核准的来源提供，结果检控了一人。
本署也密切监察把进口冰鲜肉类当作新鲜肉类出售的违规活动。