本署其中一项主要职责，是保持香港市民的居住环境清洁卫生。本署在这方面提供的服务，包括清洁街道、收集垃圾、提供公厕、公众街市、坟场、火葬场和灵灰安置所，以及管理小贩。
清洁街道
本署约有3,600名洁淨工人，他们每天都清扫和清洗街道、收集垃圾，以及管理公厕、公共浴室和垃圾收集站等工作。
清扫街道对保持市容整洁非常重要。清扫工人从早到晚不停工作。清扫街道的次数由每天一次至八次不等，不分昼夜，视乎个别地区的需要而定。在主要的商业区和旅游地点，每天清扫街道的次数约为四次至八次。
由二零零一年十一月起，本署针对地区的环境问题，推行多项崭新的清洁措施，包括调派长驻街道清洁值勤员在繁忙地点即时清理街上垃圾、清除非法张贴的招贴或海报，以及派遣流动洁淨队清理卫生黑点。二零零三年年初，严重急性呼吸系统综合症爆发后，公众对保持环境清洁卫生的意识不断提高。为配合全城清洁策划小组报告提出的改善香港环境卫生措施，本署提供了以下各项加强清洁和与洁淨有关的服务︰
- 加强清洁和清洗公众地方及环境卫生黑点；
- 清洁和清洗私人小巷、旧式唐楼的公用地方，以及在该等地方进行小型维修工程和扫灰水；
- 加强防治鼠患和蚊患工作；以及
- 更频密清洗街市、熟食中心和小贩摆卖地点，以及增加清理街上袋装垃圾的次数。
除以人手清扫街道外，本署的承办商还用机动扫街车清洁公路、天桥、道路中央分隔栏和其他交通繁忙地区。如有需要，本署会派出特别洁淨队清理卫生黑点。他们配备货车和客货车，积极参与大规模行动，清理扫街工人无法处理的大件弃置物品和笨重物件。如发生交通意外或天灾，特别洁淨队亦负责紧急清理工作。
为使行人道、里巷、小贩密集地区、垃圾收集站及卫生黑点保持清洁，本署定期提供清洗街道服务。九十多队由本署人员和洁淨服务承办商组成的洗街队，在日间和晚上清洗街道。洁淨问题严重地点╱卫生黑点每周至少清洗两次，繁忙地点每周至少清洗一次，其他地点则按情况需要清洗。主干道路由于交通繁忙，本署难以提供一般的洗街服务，但会在非繁忙时间以冲洗街道代替。
路边的沟渠通常每两星期以人手清理一次，以及每星期加入灭蚊油，以防蚊虫滋生。至于高速公路和天桥上的集水沟气隔，则使用特别设备每六星期清理一次。现时，本署调配署内的八辆机械清渠车和承办商的七辆机械清渠车来提供服务，并通常在午夜后车辆较少时才进行工作。
本署已把大约63%的街道洁淨服务外判，并已设立监察和惩处机制，以确保洁淨承办商提供的服务令人满意。
收集垃圾
为方便市民，本署几乎在全港各巴士站、主要路口、渡轮码头大堂及公共运输交汇处都设有废屑箱。废屑箱的清倒次数视乎收集量而定，由每天四次至八次不等。本署共设置约18,000个废屑箱。此外，本署亦设置约470个狗厕和792个狗粪收集箱，方便养狗人士。
为鼓励市民监察本署及洁淨服务承办商员工的工作表现，本署在废屑箱上列明清倒次数。另外，所有新设的废屑箱均印上热线号码2868 0000，方便市民查询和投诉。
本署在全港各处共设有2,937个垃圾收集站，包括158个永久离街垃圾收集站，这些收集站通常由上午7时开放至下午3时30分，繁忙地区的收集站更会开放至晚上11时30分。本署还有124个临时垃圾收集站、813个乡村式垃圾收集站，以及1,842个垃圾桶放置处。各垃圾收集站都有不同的设计，以配合实际需要和土地供应。垃圾收集站是用作暂时贮存街道废物和家居废物，以待收集处理。只要情况许可，本署会改善现有废物收集服务，务求尽量减少对附近居民可能造成的环境滋扰。
本署人员和废物收集承办商从垃圾收集站收集家居废物，每天至少一次。本署每天收集到大约5,516公吨家居废物，其中港岛占1,181公吨，九龙占1,712公吨，新界和离岛则占2,623公吨。本署的垃圾收集车会把这些废物运往环境保护署辖下的废物转运站或堆填区处理。
本署已把大约52%的废物收集服务外判。与外判街道洁淨服务一样，本署已设立监察和惩处机制，以确保废物收集承办商提供的服务令人满意。
减少废物
为响应政府的减少废物纲要计划(1998-2007)，本署为设于公众地方、学校、诊所及政府辖下场地的1,932个废物回收站，提供收集废纸、铝罐和胶樽服务。
年内，每月收集到可循环再造物料的平均重量，分别是废纸45,777公斤、铝罐1,689公斤和胶樽13,144公斤。
为配合政府推行减少废物和保护环境的政策，本署参与采用翻新轮胎的试验计划。这项计划目的是减少弃置旧轮胎的数目和减轻车辆的维修成本，更能达到减少废物的目的。本署初期只选择垃圾收集车试用翻新轮胎，如试验成功，便会把这项计划推广至其他类别的车辆。
公厕及乡村旱厕
公厕主要设于渡轮码头、巴士总站、郊游地点、旅游点及其他繁忙地区。由本署管理的公厕共有318个，其中93个在港岛、61个在九龙、164个在新界和离岛。此外，新界和离岛共设有540个乡村旱厕。 本署已展开公厕翻新计划，改善旧公厕的设施。年内，本署改善了18个公厕及乡村旱厕的设施，并会继续致力令公厕更加卫生、安全和舒适。很多本署管理的公厕已安装新设施，例如红外线感应自动开关水龙头、干手机、专供儿童使用的尿兜和洗手盆、婴儿卫生台，以及厕格内供放置个人物品的置物架。除了改善公厕的通风系统以保持地方干爽外，现时所有公厕均已装设空气清新设备及免费供应厕纸，以营造方便舒适的环境供市民使用。为确保公厕时刻保持清洁，本署在使用率高的公厕派驻厕所事务员，随时提供洁淨服务。
此外，为了落实政府把性别观点纳入主流的政策，确保工程在设计过程中考虑两性的需要和观点，本署已把男女厕格的规划比率由1:1.5调高至1:2。
至于在偏僻地区的乡村旱厕，本署已展开厕所改建计划，在三年内分两个阶段把100个位处热门旅游地点或使用率较高的乡村旱厕改建为冲水式厕所。整个计划预计可于二零零七年年底竣工。
本署在二零零四年四月至五月进行的意见统计调查发现，在4,000名回应人士中，约有76%对公厕的设施和服务感到满意或非常满意，只有1%的人表示不满或非常不满。
环境卫生滋扰
本署负责处理环境卫生滋扰问题，包括冷气机滴水、垃圾堆积、排水管损坏和建筑物渗水等问题，并会向有关人士发出劝诫信和法定通知。
违反清洁法例的行为
本署所有卫生督察、管工及小贩管理职系人员，均获授权向违反清洁法例的人发出传票。除了日常的执法行动外，本署亦会采取特别行动检举垃圾虫。年内，逾900名接获违反清洁法例传票的人士被定罪，罚款总额超过140万元。
《定额罚款(公众地方洁淨罪行)条例》(第570章)授权执法人员向犯了轻微洁淨罪行的人发出1,500元定额罚款通知书。轻微洁淨罪行包括在公众地方乱抛垃圾、随地吐痰、未经准许而展示招贴或海报，以及让犬只粪便弄污公众地方。二零零四年，本署共发出超过20,000张定额罚款通知书。
小贩管理
为贯彻执行减少街头贩卖活动的政策，本署已停止签发新的小贩牌照，并把合资格的持牌小贩迁置到公众街市和熟食中心／市场经营。此外，本署又向小贩提供优惠，鼓励他们放弃牌照或迁入上述场所经营。这些措施实施后，持牌小贩(包括固定摊位小贩和流动小贩)人数在二零零四年年底已减至8,048名。
年内，共有62名流动小贩自愿交回牌照，以换取三万元特惠金或一个空置的固定摊位经营权，或以优惠租金租用一个街市档位。此外，13名熟食档经营者根据本署持续推行的购回小贩牌照计划自愿交回牌照，以换取六万元特惠金。
本署设有191支小贩事务队，属下有大约2,200名受过训练的人员，负责管理和管制小贩的任务。支援设施包括控制中心和检获货品仓库。如有需要，警署内会设立小贩处理中心，方便办理检控被捕小贩的手续。
环境卫生人员定期巡视固定摊位，确保小贩遵守持牌条件和相关法例。他们又负责管理在街上贩卖的流动小贩，如有需要会采取执法行动，遏止持牌固定摊位小贩和流动小贩的违例情况。年内，涉案人士被定罪的个案共有2,150宗。
公众街市及熟食中心／市场
公众街市及熟食中心／市场的设立，有助改善香港的整体环境卫生。本港现时有79个公众街市，共设有14,471个档位，售卖各种货品，由新鲜食物以至家居用品都有。此外，本港还有38个熟食中心和25个独立熟食市场，共设有1,049个档位。目前大约有11,720个档位经已租出，另有3,800个空置档位(包括因迁徙安排，改善工程等特殊原因而被冻结的1,510个档位)。另有四个街市╱小卖亭现正兴建或筹划兴建。
所有公众街市摊档均以竞投方式出租，档户须与本署签订租约。
本署已在选定的街市推行街市经理试验计划，聘请资历较高并在专业管理方面有丰富经验的人士，专责管理街市。此外，本署自二零零四年三月一日起，把九龙城区四个街市的管理工作外判予一间管理公司。
本署以试验形式在总部成立街市推广小组，为选定街市制订推广计划和举办活动，并已推出多项推广街市的新措施，包括印制街市通讯，透过本署网站和其他媒介(例如横额、海报，以及报章和火车站的广告等)宣传各项推广活动。为了推广于二零零四年九月启用的大埔墟街市，本署举办了抽奖和餐单比赛。
其他考虑推行的措施包括改善设施，以客为本(例如提供大型电子显示屏、改良指示牌等)。在与街市管理谘询委员会讨论后，本署便会在选定街市设立这些设施。
本署管理街市的人员每天巡视街市的所有档位，确保档户遵守租约条文及有关法例。卫生督察则会定期巡查肉档、家禽档、鱼档和熟食档，确保食物卫生，以及档户遵守相关的卫生守则和法例，保持食物清洁卫生。如有需要，他们会向违例者采取执法行动。年内，涉案人士被定罪的个案共1,234宗。
鼓励人们减少与活家禽接触的特惠计划
为了尽量减少接触活家禽，以进一步减低人类感染禽流感的风险，本署在二零零四年七月十三日展开一项为期一年的特惠计划，鼓励活家禽零售商自愿退还牌照或终止租约。
根据特惠计划：
- 选择退还新鲜粮食店牌照或放弃牌照上售卖活家禽的批准或终止街市家禽档位租约的活家禽零售商，获发放特惠补助金；
- 因雇主参与特惠计划而结业的受影响活家禽零售业工人，获提供再培训课程和一笔过补助金，以协助他们转业；以及
- 选择继续经营的售卖活家禽新鲜粮食店持牌人获提供贷款，以改善其设施的卫生情况。
截至二零零四年十二月三十一日，已发放的特惠补助金共5,010万元。
坟场及火葬场
本署辖下的六个火葬场和11个公众坟场，提供有效率和庄严得体的火葬及土葬服务。此外，本署还监察28个私营坟场的运作。政府的一贯政策是鼓励市民采用火葬而非土葬。年内，本署为31,332具遗体(占总数约84%)提供火葬服务。八个灵灰安置所设有138,149个灵灰龛，本署以合理价格售予市民安放骨灰。
在公众坟场土葬的遗骸，必须于六年后捡拾，然后火化或重葬于金塔坟场。
由于本港人口老化，以及市民对火葬服务的需求不断增加，本署现正计划改善火葬设施。
火葬场新设施
富山火葬场的新设施已于二零零四年十月中投入服务；钻石山火葬场的新设施，预定于二零零六年年中启用。
为尽量减少火葬设施对环境的影响，只要情况许可，本署会兴建火化量较大、效率更高但不会影响环境的火葬设施。本署现正筹划更换和合石火葬场的旧火化炉。
本署辖下设有六个公众火葬场，即歌连臣角火葬场、钻石山火葬场、富山火葬场、和合石火葬场、葵涌火葬场和长洲火葬场。为方便市民预订上述火葬场的火化时段，本署在湾仔胡忠大厦和九龙长沙湾政府合署设有办事处，市民可亲自前往办理预订手续。