本署另一项主要职责，是保持香港的居住环境清洁卫生。本署提供的服务包括清洁街道，收集废物，管理公厕及旱厕、公众街市、坟场、火葬场和灵灰安置所，以及管理小贩。
清扫街道
本署约有3,500名洁淨工人提供多项服务，包括清扫和清洗街道、清理沟渠、收集废物，以及管理公厕、旱厕和垃圾收集站。
清扫街道对保持市容整洁非常重要。清扫街道的次数由每天一次至八次不等，视乎地区需要而定。在主要的商业区和旅游点，清扫街道的次数一般为每天四次至八次。
除以人手清扫街道外，本署亦会调配机械扫车清扫公路、天桥、道路中央分隔栏和其他交通繁忙地点。如有需要，本署会派遣特别洁淨队(洁淨队)清理卫生黑点。各洁淨队均配备卸斗货车，亦会动用客货车，以清理扫街工人无法处理的大件弃置物品和笨重的废物。如发生交通意外或天灾，洁淨队亦负责紧急清理工作。
为方便市民，本署几乎在全港所有巴士站、各主要路口、渡轮码头及公共运输交汇处设置约共20,000个废屑箱。废屑箱的清倒次数视乎地区需要而定，由每天一次至八次不等。为鼓励市民监察本署及洁淨服务承办商员工的工作表现，本署在废屑箱上列明清倒次数。所有废屑箱均印上本署的热线电话号码 2868 0000 ，方便市民查询和投诉。此外，本署亦提供约480个狗厕所和950个狗粪收集箱，方便养狗人士。
清洗街道
本署定期清洗行人道、里巷、小贩密集地区、垃圾收集站及卫生黑点。本署人员和洁淨服务承办商员工组成大约90队洗街队。人流极高的行人专用区和小贩／卫生黑点，每星期至少清洗两次，繁忙地区每星期至少清洗一次，其他地区则视乎情况需要而清洗。主干道路由于交通繁忙，本署难以提供一般的洗街服务，但会在非繁忙时间冲洗。
清理沟渠
路边的沟渠一般每两星期以人手清理一次。公路和天桥上的集水沟气隔，则每六星期以机械清渠车清理一次，工作会在午夜后车辆较少时进行。
加强服务
自从二零零三年年初严重急性呼吸系统综合症爆发后，本署实施多项加强街道洁淨的措施，以改善环境卫生。本署在二零零六年继续提供下列各项加强清洁和与洁淨有关的服务︰
- 清除非法招贴和海报；
- 清洁垃圾收集站、旱厕，以及新界(包括离岛区)的乡村；
- 防治鼠患和蚊患工作；以及
- 清洁公众街市、熟食中心和小贩摆卖地点。
本署至今已把大约63%的街道洁淨服务外判，并设立监察和惩处机制，以确保承办商提供的服务令人满意。
收集垃圾
本署在全港共设约有3 120个垃圾收集站，包括159个永久离街垃圾收集站。这些收集站通常由上午7时开放至下午3时30分，繁忙地区的收集站更开放至晚上11时30分。本署还设有165个临时垃圾收集站、747个乡村式垃圾收集站，以及2,049个垃圾桶站。垃圾收集站的设计各有不同，为能因地制宜，配合实际需要。垃圾收集站是用作暂时贮存街道垃圾和家居废物，以待收集处理。只要情况许可，本署会不断力求改善，以尽量减少垃圾收集站对附近居民可能造成的环境滋扰。
本署人员和废物收集承办商从垃圾收集站收集家居废物，每天至少一次。本署每天收集到约5,520公吨家居废物，其中港岛区占1,176公吨，九龙区占1,649公吨，新界和离岛区则占2,695公吨。废物会运往环境保护署辖下的废物转运站或堆填区。
本署已把大约61%的垃圾收集服务外判。与其他外判服务一样，本署设有监察和惩处机制，以确保废物收集承办商提供满意的服务。
减少废物
为响应政府减少废物的政策，本署为设于公众地方、学校、诊所及政府辖下场地的1,969个废物回收点，收集可循环再造的废纸、金属容器和塑胶物料。
年内，本署平均每月收集到的可循环再造物料，重量分别是废纸43,140公斤、金属容器2,056公斤和塑胶物料7,852公斤。
此外，本署的车辆尽量使用翻新轮胎，并计划日后把使用新轮胎与翻新轮胎的比率增加至1比0.5。
公厕及旱厕
公厕主要设于渡轮码头、巴士总站、郊游地点、旅游点及其他繁忙地区。由本署管理的公厕共有368间，其中94间设在港岛区、62间设在九龙区、212间设在新界和离岛区。此外，新界和离岛区另设有485间旱厕。
本署已展开公厕翻新计划，改善旧公厕的设施。年内，本署改善了10个公厕／旱厕的设施，并会继续致力令公厕更加卫生、安全和舒适。本署所管理的多个公厕已安装新设施，例如红外线感应水龙头、干手机、专为儿童而设的尿兜和洗手盆、婴儿卫生枱，以及厕格内供使用者放置个人物品的置物架。现时所有公厕均已装设空气清新设备和免费供应厕纸，以营造方便舒适的环境。为确保公厕时刻保持清洁，本署在使用率高的公厕派驻厕所事务员，提供洁淨服务。
此外，为了落实政府把性别观点纳入主流的政策，以及确保工程在设计过程中考虑两性的需要和看法，本署已把男女厕格的规划比率定为1比2。
本署已展开一项为期三年的计划，尽可能把大约100个位处热门旅游地点或使用率较高的旱厕改建为冲水式厕所，以符合现今的标准；整个计划预计可望于二零零七年年底竣工。本署已在二零零六年把30个旱厕改建为冲水式厕所。至于因地点所限无法进行改善工程的旱厕，本署已展开试验计划，研究可否在这些旱厕使用除味剂来消除臭味。
环境卫生滋扰
本署负责处理环境卫生滋扰问题，包括冷气机滴水、垃圾堆积和私人楼宇渗水等问题，并会向有关人士发出劝诫信和法定通知。
违反清洁法例的行为
本署所有卫生督察、管工及小贩管理职系人员，均获授权向触犯洁淨罪行的人发出传票。除了日常的执法行动外，本署亦会采取特别行动，对付乱抛垃圾的行为。年内，约有740宗因违反清洁法例而被定罪的个案，罚款总额超过90万元。
《定额罚款(公众地方洁淨罪行)条例》(第570章)授权执法人员向触犯轻微洁淨罪行的人发出1,500元定额罚款通知书。轻微洁淨罪行包括在公众地方乱抛垃圾、随地吐痰、未经准许而展示招贴或海报，以及让犬只粪便弄污公众地方。在二零零六年，本署共发出超过26,000张定额罚款通知书。
小贩管理
为贯彻执行减少街头贩卖活动的政策，本署已停止签发新的小贩牌照，并把合资格的持牌小贩迁置到公众街市和熟食中心经营。此外，本署又向小贩提供优惠，鼓励他们放弃牌照或迁入上述场所经营。这些措施实施后，持牌小贩(包括固定摊位小贩和流动小贩)人数在二零零六年年底已减至7,484名。
年内，共有48名流动小贩自愿交回牌照，以换取三万元特惠金或一个空置的固定摊位经营权，或以优惠租金租用一个街市摊档。此外，五名熟食档经营者根据本署持续推行的购回小贩牌照计划自愿交回牌照，换取六万元特惠金。
本署设有191支小贩事务队，属下有大约2,100名受过训练的人员，负责管理和管制小贩的工作。支援设施包括控制中心和检获货品仓库。如有需要，警署内会设立小贩处理中心，方便办理检控被捕小贩的手续。
环境卫生人员定期巡视固定摊位和管理在街上贩卖的流动小贩，确保小贩遵守持牌条件和相关法例。他们并会采取执法行动，遏止持牌小贩违例摆卖，以及无牌小贩的非法贩卖活动。年内遭法庭定罪的违例贩卖及相关个案共26,695宗。
公众街市及熟食中心／市场
公众街市及熟食中心╱市场售卖新鲜粮食、熟食及干货，以迎合市民的需要。本港现时有78个公众街市，共设有13,909个摊档，售卖新鲜食物以至家居用品等各种货品；此外，本港还有39个熟食中心和25个独立熟食市场，共设有1,042个摊档；其中合共11,448个摊档已经租出，3,503个空置(包括因迁置安排和改善工程等特殊原因而被冻结的1,423个摊档)。所有公众街市摊档均以竞投方式出租，摊档承租人须与本署签订租约。赤柱海滨小卖亭于二零零六年十月落成，将于二零零七年一月启用。豉油街临时熟食市场于二零零六年十二月关闭，另有两个街市现正兴建中。
本署已在选定的街市推行外判街市管理和洁淨工作试验计划，聘请具备专业管理人才的服务供应商，专责管理街市的日常运作。试验计划于二零零四年首先在一个地区推出。检讨了该计划在二零零五年的运作成效后，本署于二零零六年把计划扩展至另外两个选定的地区。
年内，本署的街市推广小组推行多项街市推广措施，包括举办小型表演、节日装饰场地、专题巡迴展览、为街市承租人和市民举办工作坊和比赛，以及在新落成和已翻新的公众街市举办刺激消费活动等。本署亦印制宣传公众街市和熟食市场的资料小册子，并于每季出版《街市通讯》，作广泛派发。
年内推行的其他措施包括在选定的街市改善方便顾客的设施，例如提供大型电子显示屏、加设指示牌、改善照明和设置座椅等。
本署管理街市的人员每天巡视街市摊档，确保摊档承租人遵守租约条文及有关法例。卫生督察定期巡查肉档、家禽档、鱼档和熟食档，确保承租人遵守相关的法例和卫生守则，保持食物清洁卫生。如有需要，他们会向违例者采取执法行动。年内，违例被定罪的个案共1,635宗。
活家禽零售商自愿退还牌照或租约计划
为了尽量减少接触活家禽，以进一步减低人类感染禽流感的风险，本署在二零零四年七月十三日推出一项特惠计划，鼓励活家禽零售商自愿退还牌照或终止租约。
根据计划：
- 选择退还新鲜粮食店牌照或放弃牌照上售卖活家禽的批准或终止街市家禽摊档租约的活家禽零售商，可获发放特惠补助金；
- 因雇主参与特惠计划以致失业的活家禽零售业工人，可获一笔过补助金；及
- 选择继续经营的售卖活家禽新鲜粮食店持牌人可获贷款，以改善其设施的卫生情况。
这项计划于二零零六年八月四日截止接受申请。截至二零零六年年底，已发放的特惠补助金共8,971万元。
坟场、火葬场及灵灰安置所
本署辖下的六个火葬场和11个公众坟场，提供火葬及土葬服务。此外，本署还根据《私营坟场规例》(香港法例第132BF章)监察28个私营坟场的运作。在公众坟场土葬的遗骸，必须于六年后捡拾，然后火化或重葬于金塔坟场。
政府的一贯政策是鼓励市民采用火葬而非土葬。年内，本署为32,215具遗体(占总数约86%)提供火葬服务。由于本港人口老化，以及市民对火葬服务的需求日增，本署现正计划提升火葬设施。只要情况许可，本署会兴建火化量较大、效率更高且符合环保要求的火葬设施。
为方便市民预订本署辖下六个公众火葬场－即歌连臣角火葬场、钻石山火葬场、富山火葬场、和合石火葬场、葵涌火葬场和长洲火葬场－的火化时段，本署在湾仔胡忠大厦和九龙长沙湾政府合署设有办事处，市民可亲自前往办理预订手续。
八个灵灰安置所设有大约145,000个灵灰龛，当中包括二零零六年于歌连臣角、葵涌及和合石现有灵灰安置所加建的约7,000个新灵灰龛；本署以相宜价格售予市民安放先人骨灰。