本署另一项主要职责，是保持香港的居住环境清洁卫生。本署提供的服务包括清洁街道，收集废物，管理公厕及旱厕、公众街市、坟场、火葬场和灵灰安置所，以及管理小贩。
清扫街道
本署及洁淨服务承办商辖下共有约8,100名洁淨工人，提供多项洁淨服务，包括清扫和清洗街道，清理沟渠，收集废物，以及管理公厕、旱厕和垃圾收集站。
清扫街道对保持市容整洁非常重要。洁淨工人每天以人手清扫所有街道一至四次，视乎个别地区的需要而定。至于行人众多的地区或热门旅游点，则每天清扫多达八次。
除以人手清扫街道外，本署亦会调配机械扫街车清扫公路、天桥、道路中央分隔栏和其他交通繁忙地点。如有需要，本署会调派特别洁淨队清理卫生黑点。这些洁淨队配备卸斗货车，以清理扫街工人无法处理的大件弃置物品和笨重废物。遇有交通意外或天灾，洁淨队亦负责紧急清理工作。
为方便市民，本署在全港各巴士站、主要路口、渡轮码头及公共运输交汇处设置约共20,000个废屑箱，并每天清倒一至八次，视乎个别地区的需要而定。废屑箱上列明清倒次数及印上本署的热线2868 0000，方便市民查询和投诉。此外，本署亦提供约490个狗厕所和1,000个狗粪收集箱，方便养狗人士。
清洗街道
本署定期清洗公众地方，包括行人道、里巷、小贩认可区、垃圾收集站及卫生黑点。本署人员和洁淨服务承办商员工组成约90支洗街队，负责清洗街道。人流频繁的行人专用区和小贩／卫生黑点每星期至少清洗两次，繁忙地区每星期至少清洗一次，而其他地区则视乎需要而定。至于交通繁忙的主干道路，由于难以提供一般的洗街服务，洁淨工人会在非繁忙时间冲洗路面。
清理沟渠
路边的沟渠一般每两至四星期以人手清理一次。公路和天桥的集水沟气隔，则每六星期以机械清渠车清理一次，清理工作会在午夜后车辆较少时进行。
加强服务
自从2003年年初严重急性呼吸系统综合症爆发后，本署加强街道洁淨服务，以改善环境卫生。本署在2007年继续提供下列各项清洁和与洁淨有关的服务︰
- 清洁新界及离岛的垃圾收集站、旱厕及乡村；
- 进行防治鼠患和蚊患的工作；以及
- 清洁公众街市、熟食中心和小贩摆卖地点。
本署已把大约64% 的街道洁淨服务外判，并设立监察和惩处机制，以确保承办商提供的服务令人满意。
收集垃圾
本署在全港设有3,113个垃圾收集站，包括160个永久离街垃圾收集站，167个临时垃圾收集站，746个乡村式垃圾收集站，以及2,040个垃圾桶站。永久离街垃圾收集站的开放时间一般由上午7时至下午3时30分，繁忙地区则至晚上11时30分。垃圾收集站采用不同的设计，以便能因地制宜，配合实际需要。垃圾收集站用作暂时存放街道垃圾和家居废物，以待收集处理。只要情况许可，本署会作出改善，以尽量减少垃圾收集站对附近居民可能造成的环境滋扰。
本署人员和废物收集承办商员工，每天从垃圾收集站收集家居废物至少一次。本署每天收集约5,336公吨家居废物，其中港岛区占1,146公吨，九龙区1,623公吨，新界和离岛区2,567公吨。这些废物会运往环境保护署辖下的废物转运站或堆填区处理。
本署已把大约61% 的垃圾收集服务外判。本署设有监察和惩处机制，以确保废物收集承办商提供的服务令人满意。
减少废物
为响应政府减少废物的政策，本署提供可循环再造物料收集服务，为设于公众地方、学校、诊所及政府场地的1,969个回收点收集废纸、金属容器和塑胶物料。
年内，本署平均每月收集到的可循环再造物料，分别是废纸42,015公斤、金属容器822公斤和塑胶物料9,098公斤。
此外，本署的车队尽量使用翻新轮胎。过去一年，使用新轮胎与翻新轮胎的比率达到1比0.5的目标。
公厕及旱厕
公厕主要设于渡轮码头、巴士总站、郊游地点、旅游点及其他繁忙地区。由本署管理的公厕共429个，其中港岛区有95个、九龙区63个、新界和离岛区271个。此外，新界和离岛区设有424个旱厕。
本署持续进行的公厕翻新／改善计划，年内完成了五项工程。本署会继续致力加强公厕的卫生，使公厕更加安全舒适。多个由本署管理的公厕已安装新设施，例如红外线自动感应水龙头、干手机、专为儿童而设的尿兜和洗手盆、婴儿换尿片枱，以及厕格内供使用者放置个人物品的置物架。现时所有公厕均已装设空气清新设备，并免费供应厕纸，为使用者提供方便舒适的环境。为确保公厕时刻保持清洁，本署派驻厕所事务员在使用率高的公厕当值，提供洁淨服务。
为落实政府把性别观点纳入主流的政策，以及确保工程的设计顾及两性的需要，本署已把男女厕格的规划比率定为1比2。
本署展开由前全城清洁策划小组提出的三年计划，尽可能把大约100个位于热门旅游地点或使用率较高的旱厕改建为冲水式厕所。自2005年起，本署已把97个旱厕改建为冲水式厕所，其中包括在2007年改建的59个旱厕。其余三个旱厕已经或将会拆卸，以便进行道路扩阔工程或土地类别修正工作。为了在2012至13年度完结前把所有旱厕改建为冲水式厕所，本署于2007年11月开始改建另外50个旱厕，工程将于2009年5月完成。
至于因地点所限而无法进行改善工程的旱厕，本署现正进行试验计划，研究以除味剂改善旱厕气味的可行性。
环境卫生滋扰
本署负责处理环境卫生滋扰问题，包括冷气机滴水、垃圾堆积和私人楼宇渗水所造成的问题，并会向有关人士发出劝诫信和法定妨扰事故通知，以确保有关的滋扰问题得以处理。
违反清洁法例的行为
本署的卫生督察、管工及小贩管理职系人员均获授权向干犯洁淨罪行的人士发出传票。除了日常的执法工作外，本署亦会采取突击行动，检控乱抛垃圾者。年内，约有600宗违反清洁法例而被法庭定罪的个案。
《定额罚款(公众地方洁淨罪行)条例》授权执法人员向干犯轻微洁淨罪行的人士发出1,500元定额罚款通知书。轻微洁淨罪行包括在公众地方乱抛垃圾、随地吐痰、未经准许而展示招贴或海报，以及让犬只粪便弄污公众地方。2007年，本署共发出超过27,000份定额罚款通知书。
小贩管理
本署一直采取减少街头摆卖活动的政策。自1970年代起，本署在一般情况下不再签发新的小贩牌照，并把合资格的持牌小贩迁置到公众街市和熟食中心经营。此外，本署又向小贩提供优惠，鼓励他们放弃牌照或迁入公众街市或熟食中心经营。这些措施实施后，持牌小贩(包括固定摊位小贩和流动小贩)数目在2007年年底已减至7,236人。不过，近年越来越多社会人士希望保存本地文化传统(包括摆卖活动和露天市集)。食物及卫生局现正联同本署检讨小贩发牌政策，包括研究可否在不影响环境卫生的前提下，再次签发新的小贩牌照，以及放宽有关继承和转让小贩牌照的规定。此外，亦有建议在小贩发牌和地区层面的小贩市集管理工作两方面，加强区议会的角色。本署会就检讨所得的初步建议谘询各小贩协会和区议会。
本署继续推行购回小贩牌照计划。年内，共有71名流动小贩根据该项计划自愿交回牌照，以领取三万元特惠金或换取一个空置的固定摊位经营权，或以优惠租金租用一个街市摊档。此外，有六名熟食档经营者自愿交回牌照，领取六万元特惠金。
本署设有191支小贩事务队，属下有大约2,000名受过训练的人员，负责小贩管理和管制工作。本署提供的支援设施包括控制中心和检获物品贮存仓。如有需要，本署会在警署设立小贩处理中心，方便办理检控被捕小贩的手续。
环境卫生人员定期巡视固定摊位，以及规管在街上摆卖的流动小贩，确保小贩遵守持牌条件和相关法例。此外，他们会采取执法行动，遏止持牌小贩违例摆卖和取缔非法摆卖活动。年内，因违例或非法摆卖而被法庭定罪的个案共有27,262宗。
公众街市及熟食中心／市场
公众街市及熟食中心／市场售卖新鲜粮食、熟食及干货，以满足市民的需要。现时，本港有79个公众街市，共设有13,867个摊档，售卖新鲜食物以至家居用品等货品。此外，还有39个熟食中心和25个独立熟食市场，共设有1,042个摊档。年内，有11,383个摊档租出，3,526个则空置(包括因迁置安排和改善工程等原因而冻结的1,181个摊档)。所有摊档均以竞投方式出租，承租人须与本署签订租约。赤柱海滨小卖亭已于1月启用，另有两个新街市现正兴建。
自2004年起，本署在选定的地区推行公众街市管理和洁淨工作外判试验计划，聘请具备专业管理人才的服务供应商，负责管理街市的日常运作。截至2007年年底，共有五个地区把街市管理工作外判。
年内，本署的街市推广小组在选定的公众街市推行多项街市推广活动，包括举办应节活动、烹饪示范和节日装饰，专题巡迴展览，透过资讯板以不同语文介绍健康食谱，举办专题工作坊和比赛，以及在新近翻新的公众街市举办刺激消费活动等。本署亦印制公众街市和熟食市场的资料小册子，并出版《街市通讯》季刊，广泛派发予市民。
该小组亦在选定的街市进行美化工程和提供方便顾客的设施，例如装置大型电子显示屏和悬挂巨型横额或张贴外墙贴纸等。
本署的街市管理人员每天巡视街市，确保摊档承租人遵守有关法例及租约条款。卫生督察定期巡查肉档、家禽档、鱼档和熟食档，确保档贩遵守相关的法例和卫生守则，保持食物清洁卫生。如有需要，他们会采取执法行动，检控违例者。年内，因违例而被法庭定罪的个案共有1,456宗。
坟场、火葬场及灵灰安置所
本署辖下有六个火葬场和11个公众坟场，提供火葬及土葬服务。此外，本署根据《私营坟场规例》，监察28个私营坟场的运作。在公众坟场土葬的遗骸须于安葬六年后捡拾骨殖，然后火化或重新安葬于金塔坟场。
政府的一贯政策是鼓励火葬，而非土葬。年内，本署的火葬服务共处理34,427具遗体(占总数约86%)。由于本港人口老化，以及市民对火葬服务的需求日增，本署现正计划提升火葬设施。只要情况许可，本署会兴建火化量较大、更具效率且符合环保要求的火葬设施。
为方便市民预订六个公众火葬场(即歌连臣角、钻石山、富山、和合石、葵涌和长洲火葬场)的火化时段，本署在湾仔胡忠大厦和九龙长沙湾政府合署设有办事处，市民可亲自前往办理预订手续。
本署辖下的八个灵灰安置所，设有约146,000个价格相宜的灵灰龛，当中包括年内于长洲灵灰安置所加建的约1,000个新灵灰龛。为纾缓公众灵灰龛短缺的情况，政府鼓励市民可选择把先人骨灰撒海或撒放在纪念花园。
