本署另一项主要职责，是保持香港的居住环境清洁卫生。提供的服务包括清洁街道，收集废物，管理公厕及旱厕、公众街市、坟场、火葬场和灵灰安置所，以及管理小贩。
清扫街道
本署及洁淨服务承办商辖下共有约8,600名洁淨工人，提供多项洁淨服务，包括清扫和清洗街道、清理沟渠、收集废物，以及管理公厕、旱厕和垃圾收集站。
清扫街道对保持市容整洁非常重要。视乎个别地区的需要，洁淨工人每天以人手清扫所有街道一至四次，行人众多的地区或热门旅游点，则每天清扫多达八次。
除以人手清扫街道外，本署也会调配机械扫街车清扫公路、天桥、道路中央分隔栏和其他交通繁忙地点。如有需要，本署会调派特别洁淨队清理卫生黑点。洁淨队配备卸斗货车，清理扫街工人无法处理的大件弃置物品和笨重废物。遇有交通意外或天灾，洁淨队也负责紧急清理工作。
为方便市民，本署在全港各巴士站、主要路口、渡轮码头及公共运输交汇处共设置约20,300个废屑箱，视乎个别地区的需要，每天清倒一至八次。此外，本署提供约490个狗厕所和1,040个狗粪收集箱。
清洗街道
本署定期清洗公众地方，包括行人道、里巷、小贩认可区、垃圾收集站及卫生黑点。本署人员和洁淨服务承办商员工组成108支洗街队，人流频繁的行人专用区和小贩∕卫生黑点每星期至少清洗街道两次，繁忙地区每星期至少清洗一次，而其他地区则视乎需要而定。至于交通繁忙的主干道路，由于难以提供一般的清洗服务，洁淨工人会在非繁忙时间进行冲洗。
清理沟渠
路边的沟渠每两至四星期以人手清理一次。公路和天桥的集水沟气隔则每六星期以机械清渠车清理一次，清理工作会在午夜后车辆较少时进行。
加强服务
自从2003年年初爆发严重急性呼吸系统综合症后，本署加强街道洁淨服务，以改善环境卫生。本署在2008年继续提供下列各项清洁和相关服务︰
- 清洁新界及离岛的垃圾收集站、旱厕及乡村；
- 进行防治鼠患和蚊患的工作；以及
- 清洁公众街市、熟食中心和小贩摆卖地点。
本署已把大约67% 的街道洁淨服务外判，并设立监察和惩处机制，确保承办商提供的服务令人满意。
收集垃圾
本署在全港设有3,117个垃圾收集站，包括159个永久离街垃圾收集站，29个临时垃圾收集站，747个乡村式垃圾收集站，以及2,182个垃圾桶站。永久离街垃圾收集站的开放时间一般由上午7时至下午3时30分，繁忙地区则至晚上11时30分。垃圾收集站采用不同的设计，因地制宜，配合实际需要。垃圾收集站用作暂时存放街道垃圾和家居废物，以待收集处理。只要情况许可，本署会作出改善，以尽量减少垃圾收集站对附近居民可能造成的环境滋扰。
本署每天从垃圾收集站收集家居废物至少一次。本署每天收集约5,160公吨家居废物，其中港岛区占1,069公吨，九龙区1,593公吨，新界和离岛区2,498公吨。这些废物会运往环境保护署辖下的废物转运站或堆填区处理。
本署已把大约69% 的垃圾收集服务外判。本署设有监察和惩处机制，确保废物收集承办商提供的服务令人满意。
减少废物
为响应政府减少废物的政策，本署提供可循环再造物料收集服务，为设于公众地方、学校、诊所及政府场地的2,150个回收点收集废纸、金属容器和塑胶物料。
年内，本署平均每月收集到的可循环再造物料，分别是废纸42,556公斤、金属容器608公斤和塑胶物料8,225公斤。
此外，本署的车队尽量使用翻新轮胎。过去一年，使用新轮胎与翻新轮胎的比率为1比0.48。
公厕及旱厕
公厕主要设于旅游点及繁忙地区包括渡轮码头、巴士总站及郊游地点。由本署管理的公厕共458个，其中港岛区有95个、九龙区63个、新界和离岛区300个。此外，新界和离岛区设有397个旱厕。
本署继续进行公厕翻新∕改善计划，年内共完成九项工程。本署致力使公厕更加卫生、安全和舒适。本署管理的多个公厕已安装新设施，例如红外线自动感应水龙头、干手机、专为儿童而设的尿兜和洗手盆、婴儿换尿片枱，以及厕格内供使用者放置个人物品的置物架。现时所有公厕均已装设空气清新设备，并免费供应厕纸，为使用者提供方便舒适的环境。为确保公厕时刻保持清洁，本署在使用频繁的公厕派驻当值厕所事务员，提供洁淨服务。
按照政府把性别观点纳入主流的政策，以及确保工程的设计顾及两性的需要，本署把男女厕格的规划比率定为1比2。
本署在2008年继续进行旱厕改建计划，以期在2012至13年度或之前，把所有旱厕分阶段改建为冲水式厕所。本署于2007年11月开始改建50个旱厕，于2009年5月或之前完成，而其中24个旱厕已于年内改建为冲水式厕所。本署亦已于2008年11月展开下一期工程，以改建另外80个旱厕，这期工程将于2010年年中或之前完成。
倘旱厕因工地限制而无法进行改善工程，本署会使用微生物除味剂减轻旱厕的气味。
环境卫生滋扰
本署负责处理环境卫生滋扰问题，包括楼宇渗水、冷气机滴水和垃圾堆积，并会向有关人士发出劝诫信和法定妨扰事故通知，以确保滋扰问题获得处理。年内，本署就上述三类环境滋扰分别处理了约22,000宗、13,000宗及5,000宗投诉个案。
违反清洁法例的行为
本署的卫生督察、管工及小贩管理职系人员均获授权向干犯洁淨罪行的人发出传票。除了日常执法工作外，本署亦会采取突击行动，检控乱抛垃圾者。年内，约有600宗违反清洁法例而被法庭定罪的个案。
《定额罚款(公众地方洁淨罪行)条例》授权执法人员向干犯轻微洁淨罪行的人发出1,500元定额罚款通知书。轻微洁淨罪行包括在公众地方乱抛垃圾、随地吐痰、未经准许而展示招贴或海报，以及让犬只粪便弄污公众地方。2008年，本署人员共发出约32,000份定额罚款通知书。
小贩管理
本署一直采取减少街头摆卖活动的政策。自1970年代起，本署在一般情况下不再签发新的小贩牌照，并把合资格的持牌小贩迁置到公众街市和熟食中心经营。此外，本署又向小贩提供优惠，鼓励他们放弃牌照或迁入公众街市或熟食中心经营。这些措施实施后，持牌小贩(包括固定摊位小贩和流动小贩)数目在2008年年底已减至7,135人。
近年越来越多社会人士希望保存本地文化传统(包括摆卖活动和露天市集)。食物及卫生局联同本署检讨小贩发牌政策，包括研究可否在不影响环境卫生的前提下，再次签发新的小贩牌照，以及放宽有关继承和转让小贩牌照的规定。此外，有建议在小贩发牌和地区层面的小贩市集管理工作两方面，加强区议会的角色。有鉴于此，本署就初步建议征询立法会食物安全及环境卫生事务委员会、18个区议会、超过20个小贩团体和持份者。
本署设有191支小贩事务队、约2,000名受训人员，负责小贩管理和管制工作。如有需要，本署会在警署设立小贩处理中心，方便办理检控被捕小贩的手续。
环境卫生人员定期巡视固定小贩摊位，以及规管在街上摆卖的流动小贩，确保小贩遵守持牌条件和相关法例。此外，他们会采取执法行动，遏止持牌小贩违例摆卖和取缔非法摆卖活动。年内，与摆卖有关而被法庭定罪的违例个案共有26,656宗。
公众街市及熟食中心/市场
公众街市及熟食中心或市场售卖新鲜粮食、熟食及干货，以满足市民的需要。本港共有80个公众街市，设有13,772个摊档，售卖新鲜食物以至家居用品等货品。此外，还有40个熟食中心和25个独立熟食市场，共设有1,046个摊档。年内，有11,392个摊档租出，2,406个空置及因迁置安排和改善工程等原因而冻结的1,020个摊档。摊档以竞投方式出租，承租人须与本署签订租约。爱秩序湾街市于8月启用，而新湾仔街市则于9月启用，取代旧湾仔街市。
自2004年起，本署在选定的地区推行公众街市管理和洁淨工作外判计划，聘请管理服务公司负责管理街市的日常运作。截至2008年年底，共有11个地区把街市管理工作外判。
年内，本署的街市推广小组在选定的公众街市推行街市推广活动，包括举办应节活动、烹饪示范和节日装饰、专题巡迴展览，以及专题讲座或工作坊。本署印制公众街市和熟食市场资料小册子，并出版《街市通讯》季刊，广泛派发予市民。
街市管理人员每天巡视街市，确保摊档承租人遵守有关法例及租约条款。卫生督察定期巡查肉档、家禽档、鱼档和熟食档，确保档贩遵守相关的法例和卫生守则，保持食物清洁卫生。如有需要，他们会采取执法行动，检控违例者。年内，因违例而被法庭定罪的个案共有1,050宗。
加强预防禽流感病毒的措施
6月，从保安道街市、联和墟街市、仁爱街市和鸭脷洲街市的活家禽摊档抽取的部分环境样本，证实对H5N1禽流感病毒测试呈阳性反应。当局因而屠宰全港零售点约6,000只活家禽，暂停从内地进口活家禽，并禁止本地家禽农场把活家禽运往市场出售，为期21天。
为防止病毒在零售点积聚，当局于7月2日实施《食物业(修订)规例》，禁止在零售处所存留活家禽过夜。
为保障公众健康，并进一步减低人类感染禽流感的风险，立法会财务委员会于7月14日批准拨款6亿多元，实施活家禽零售商自愿退还牌照∕租约安排。活家禽零售商可自愿放弃售卖活家禽准许，以领取特惠补助金，而受影响的工人也可获发放一笔过补助金。上述安排已于9月24日截止，本署收到333份申请。
坟场、火葬场及灵灰安置所
本署辖下有六个火葬场和11个公众坟场，提供火葬及土葬服务。此外，本署根据《私营坟场规例》，监管28个私营坟场的运作。在公众坟场土葬的遗骸须于安葬六年后捡拾骨殖，然后火化或重新安葬于金塔坟场。
政府的一贯政策是鼓励以火葬取代土葬。年内，共有36,410具遗体(占总数约87%)火化。本署正进行改进火葬设施工程，增加火化量及加强效率，以应付市民对火葬服务日益增加的需求。此外，本署亦会引进符合环保要求的火葬设施。
为方便市民预订六个公众火葬场(即歌连臣角、钻石山、富山、和合石、葵涌和长洲火葬场)的火化时段，本署在湾仔胡忠大厦和九龙长沙湾政府合署设有办事处，市民可亲自前往办理预订手续。
本署辖下的八个公众灵灰安置所设有约149,300个价格相宜的灵灰龛，当中包括葵涌灵灰安置所于年内建成的约3,300个新灵灰龛。为纾缓公众灵灰龛短缺的情况，政府鼓励市民把先人骨灰撒海或撒放在纪念花园。
