行政及发展部为部门提供各种管理及支援服务。
职系管理
卫生督察职系、小贩管理主任职系及管工职系是本署三个主要职系。两名职系经理分别负责管理卫生督察职系和小贩管理主任及管工职系人员，处理人力策划、职业前途发展、职位调派、员工晋升及培训等事宜。
卫生督察负责执行有关环境卫生及食物安全的职务，例如处理环境滋扰个案、发牌、检控、肉类检验、洁淨服务、服务外批、防治虫鼠、小贩管理、街市管理、坟场及火葬场管理、食物管制及卫生教育。
小贩管理主任负责规管街上摆卖活动，管理小贩认可区，以及对非法摆卖活动采取执法行动。他们亦负责检控干犯洁淨罪行的人(例如乱抛垃圾和随地吐痰者)。
管工主要负责督导初级人员执行街市管理、街道洁淨、废物收集和防治虫鼠等工作，以及监察本署承办商的服务表现。他们亦对干犯洁淨罪行的人采取法律行动。
员工培训
本署推行员工培训及发展工作，以提升员工的整体工作能力，让他们发挥所长，为市民服务。本署开办多项培训课程，配合部门的措施，因应工作所需提升员工的专业水平和能力，加深员工对职业安全及健康的认识，以及协助员工为职业前途发展做好准备。本署有在本地举办培训课程，也有派员往外地受训，主要是职业训练、管理、资讯科技、职业安全和传意等课程。2008年，本署共开办和统筹了497个课程，受训学员有10,704人次，受训日数共28,173天。
年内，本署重新设计管工及助理小贩管理主任的入职课程，为约140名新聘人员，提供掌握执行职务所需的能力的训练。此外，本署向54名人员提供全部或部分课程费用资助，让他们在公余时间修读与职务相关的课程；安排了64名员工参与46个在香港以外地区举办的课程，受训日数共497天。
管理参议
管理参议主要包括管理谘询和统计服务，以协助部门提高公共服务水平，监察服务表现水准，制订提供服务及员工管理的政策。管理参议、调查及统计组继续提供谘询服务，以协助部门实施各项研究的建议，以及向各组别提供技术意见，协助他们进行统计调查和分析所得数据。
年内，管理参议、调查及统计组完成三项管理研究。此外，该组又进行多项市民对本署服务或设施的满意程度，以及市民对食物安全和营养标籤的态度的统计调查。
财务管理
注：由于进位原因，百分比相加后未必相等于100%。
财务及物料供应科负责处理所有开支和采购事宜，包括支付款项、提供财务意见和进行监管。
年内，本署的开支总额为44.61亿元，员工薪酬及津贴和与员工有关连的开支占22.88亿元，部门开支及其他费用占17.41亿元，资本及非经常开支则占4.32亿元。
按工作性质分类，本署大部分开支用于提供环境卫生服务(17.5亿元)，其余依次为街市及小贩管理(13.77亿元)、食物安全及公共卫生(6.68亿元)、食物业监管(3.87亿元)、行政及发展(2.61亿元)、公众教育及市民参与计划(1,800万元)。
年内，本署的收入为7.42亿元，其中大部分来自本署辖下公众街市摊档的租金(3.57亿元)及签发牌照和许可证的收费(2.47亿元)。其他收入来源包括坟场和火葬场服务收费(6,200万元)、肉类检验费(2,100万元)及其他杂项服务收费(5,500万元)。
建设工程
在2008年政府基本工程计划资源分配工作中，与食物和环境卫生服务有关的建设工程所得的五年拨款估计为24.98亿元，其中约6.26亿元用以支付正在施工的工程开支或清缴已完竣的工程尚未缴付的帐目，其余18.72亿元则预留进行新工程。
街市
两个新街市，即爱秩序湾街市和湾仔街市，分别于8月和9月启用。
杨屋道街市的一般改善工程已于年内完成，荃湾街市、荣芳街街市、上环街市、保安道街市及熟食中心、花园街街市及熟食中心、同益街市和蓝地街市的一般改善工程则正在进行。
西贡街市的一般改善工程正在筹划阶段 。
垃圾收集站
为改善香港的居住环境，本署继续在设有现代化除臭装置的密封式建筑物提供离街垃圾收集设施，以取代路旁的临时垃圾收集站。年内，屯门达仁坊垃圾收集站的重建工程已竣工。
公厕
年内，共有四个新公厕竣工，分别是马料水海滨公厕、科研路公厕、老围路公厕和达东路公厕。
此外，根据公厕翻新∕改善计划，年内本署共完成九项工程，另有61项工程正在进行或在筹划阶段。
本署继续进行旱厕改建计划，以期在2012至13年度或之前把所有旱厕改建为冲水式厕所，本署于2007年11月开始改建50个旱厕，工程预计于2009年5月或之前完成，而其中24个旱厕的改建工程已于年内完成。本署也于2008年11月开始改建另外80个旱厕，工程将于2010年年中或之前完成。
坟场及火葬场
在葵涌灵灰安置所兴建约3,300个灵灰龛的工程于2008年完成。钻石山火葬场重建计划(第二期)包括兴建两个仪式礼堂及附属设施，并且在钻石山增建一座设有18,500个灵灰龛的灵灰安置所，工程将于2009年年初竣工。本署现正筹划的项目，包括重建和合石火葬场及歌连臣角火葬场，在和合石桥头路兴建灵灰安置所及纪念花园和重置钻石山纪念花园。
外批服务
截至2008年年底，本署与私人承办商签订的服务合约共有131份，总值24.288亿元。外批服务的目的，是提高服务的成本效益和效率。
批给私人承办商负责的服务，包括街道洁淨、废物收集、机械清扫街道、机械清渠、回收可循环再造物料、街市∕小贩市场洁淨、街市管理及相关服务、防治虫鼠、市政大厦洁淨、保安员、动物尸体收集和坟场和灵灰安置所洁淨及剪除杂草等。
本署批出的合约订明可量度的服务表现标准，以确保承办商的服务质素。此外，本署的标书载明保障非技术工人权益的条款。本署人员除每日巡查外，还进行监察查核，确保承办商遵守合约条款。
投诉管理
投诉管理组负责制订和检讨有关处理各类投诉的政策及程序。年内，本署共收到159,100个要求或转介个案，绝大部分为资料查询或寻求服务。涉及员工和部门服务的投诉个案数量占个案总数一个小百分率。
服务质素检定
本署的首要工作之一是不断改善服务质素，确保为市民提供优质服务。
服务质素检定组主要负责每天巡查由本署及服务承办商提供的各项服务，如发现现行工作制度、程序及指引有不足之处，便会提出改善建议。该组亦会提名表现出色的员工领受服务质素检定奖和员工嘉许状，以激励表现优异、工作勤奋的前线人员。此外，服务质素检定组负责以独立、客观和公正的方式，调查员工在工作上行为失当的个案和服务承办商违反雇佣规定的投诉。
公众教育及宣传
在落实本署绝大部分工作及措施方面，公众教育十分重要，是确保食物安全和改善环境卫生不可或缺的一环。为推行公众教育，本署举办宣传及教育活动，并举行展览、外展计划和研讨会，以提高市民对食物安全和环境卫生的认识。
本署于花园街市政大厦设有传达资源小组，并在九龙公园内设立卫生教育展览及资料中心。
卫生教育展览及资料中心为学校、老人中心、儿童及青少年中心、残疾人士团体及市民安排团体参观及导览活动，又定期举办研讨会、讲座和外展活动。年内，中心的参观人数达124,901人次。中心为幼稚园及中小学举办1,075次讲座和活动，为老人中心和市民举办的讲座则分别有962次和335次。另外，中心的流动教育中心(一辆宣传车)，在2008年曾到访220多所学校、屋邨及公园推广公众健康和环境卫生的信息。 。
在食物安全方面，本署为食物业界和巿民推行多项宣传和教育计划，主题包括营养标籤、基因改造食物、食物安全重点控制系统、风险认知，以及其他新订的食物安全措施和规则。鉴于2008年奥林匹克运动会和残疾人奥林匹克运动会马术比赛在香港举行，本署特别为膳食供应商举办食物安全教育活动。2008年的宣传活动主题为"食物安全五要点"，本署举办各类活动推广有关信息。
因应食物业界的需要，本署每两个月举办一次关于食肆牌照的研讨会，向已申领食肆牌照或有意经营食物业的人士讲解领牌事宜。
本署于2008年继续举办宣传活动，在电视和电台播放宣传短片和声带、制作横额、海报、小册子和单张，传递环境卫生信息。此外，本署举行灭鼠运动和灭蚊运动，推动市民支持和参与防治虫鼠工作。本署亦会向由非政府机构举办的清洁活动∕工作提供支援。
