本署另一项主要职责，是保持香港的居住环境清洁卫生。有关服务包括清洁街道，收集废物，管理公厕及旱厕、公众街市、坟场、火葬场和灵灰安置所，以及管理小贩。
清扫街道
本署及洁淨服务承办商辖下共有约10,300名洁淨工人，提供多项洁淨服务，包括清扫和清洗街道、清理沟渠、收集废物，以及管理公厕、旱厕和垃圾收集站。
清扫街道对保持市容整洁非常重要。视乎个别地区的需要，洁淨工人每天以人手清扫所有街道一至四次，行人众多的地区或热门旅游点，则每天清扫多达八次。
除以人手清扫街道外，本署也会调配机械扫街车清扫公路、天桥、道路中央分隔栏和其他交通繁忙地点。如有需要，本署会调派特别洁淨队清理卫生黑点。洁淨队配备卸斗货车，清理扫街工人无法处理的大件弃置物品和笨重废物。遇有交通意外或天灾，洁淨队会负责紧急清理工作。
为方便市民，本署在全港各巴士站、主要路口、渡轮码头及公共运输交汇处共设置约21,330个废屑箱，视乎个别地区的需要，废屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供约450个狗厕所和1,560个狗粪收集箱。
清洗街道
本署定期清洗公众地方，包括行人道、里巷、小贩认可区、垃圾收集站及卫生黑点。本署人员和洁淨服务承办商员工组成115支洗街队，人流频繁的行人专用区和小贩∕卫生黑点每星期至少清洗街道两次，繁忙地区每星期至少清洗一次，其他地区则视乎需要而定。由于难以在交通繁忙的主干道路提供一般的清洗服务，洁淨工人会在非繁忙时间进行冲洗。
清理沟渠
路边的沟渠每两至四星期以人手清理一次。公路和天桥的集水沟气隔每六星期以机械清渠车清理一次，清理工作会在午夜后车辆较少时进行。
本署把大约77% 的街道洁淨服务外判，并设立监察和惩处机制，确保承办商提供的服务符合要求。
收集垃圾
本署在全港设有3,203个垃圾收集站，包括160个永久离街垃圾收集站、35个临时垃圾收集站、705个乡村式垃圾收集站，以及2,303个放置垃圾桶的地点。永久离街垃圾收集站的开放时间一般由上午7时至下午3时30分，繁忙地区则至晚上11时30分。垃圾收集站采用不同的设计，因地制宜，配合实际需要。垃圾收集站用作暂时存放街道垃圾和家居废物，以待收集处理。只要情况许可，本署会对垃圾收集站作出改善，以尽量减少收集站对附近居民可能造成的环境滋扰。
垃圾收集站的废物每天至少收集一次。本署每天收集约5,280公吨家居废物，其中港岛区占1,030公吨，九龙区1,650公吨，新界和离岛区2,600公吨。这些废物会运往环境保护署辖下的废物转运站或堆填区处理。本署把大约73%的垃圾收集服务外判，并设立监察和惩处机制，确保废物收集承办商提供的服务符合要求。
减少废物
为响应政府减少废物的政策，本署提供可循环再造物料收集服务，为3,369个分别设于公众地方、学校、诊所及政府场地的回收点收集废纸、金属和塑胶物料。
年内，本署平均每月收集到的可循环再造物料，分别是43,775公斤废纸、1,287公斤金属和13,738公斤塑胶物料。
此外，本署的车队尽量使用翻新轮胎。过去一年，使用新轮胎与翻新轮胎的比率为1比0.3。
公厕及旱厕
公厕主要设于旅游点及繁忙地区，包括渡轮码头、巴士总站及郊游地点。由本署管理的公厕合共698个，其中港岛区有94个、九龙区62个、新界和离岛区542个。此外，新界和离岛区设有146个旱厕。
本署自二零零零年起推行公厕翻新计划，改善公厕设计及设施，为公厕带来新的面貌。本署继续致力使公厕更加卫生、安全和舒适，并已在多个公厕安装新设施，例如红外线自动感应水龙头、干手机、专为儿童而设的尿兜和洗手盆、婴儿换尿片枱，以及厕格内供使用者挂放个人物品的衣帽钩和置物架。现时所有公厕均已装设空气清新设备、淨手消毒器及枧液器，并供应厕纸。为确保公厕时刻保持清洁，本署在使用频繁的公厕派驻厕所事务员，提供即时洁淨服务。
按照政府把性别观点纳入主流的政策，以及确保工程的设计顾及两性的需要，本署把男女厕格的规划比率一般定为1比2。
本署自二零零五年起展开一项旱厕改建计划，分阶段把新界和离岛区的旱厕改建为冲水式厕所。至于仍待改建或因地点限制而无法进行改善工程的旱厕，本署会使用微生物除味剂减轻臭味，并提供厕纸、枧液器、干手机及淨手消毒器。
环境卫生滋扰
本署负责处理环境卫生滋扰问题（包括楼宇渗水、冷气机滴水和垃圾堆积），并会向有关人士发出劝诫信和法定妨扰事故通知，以确保滋扰问题获得处理。二零一二年，本署处理上述三类环境滋扰投诉个案的数目分别约为27,400宗、19,300宗和4 ,580宗。
违反清洁法例的行为
本署的卫生督察、管工及小贩管理职系人员均获授权向干犯洁淨罪行的人发出传票。除了日常执法工作外，本署亦会采取突击行动，检控乱抛垃圾者。年内，违反清洁法例而被法庭定罪的个案约有610宗。
《定额罚款（公众地方洁淨罪行）条例》授权执法人员向干犯轻微洁淨罪行的人发出1,500元定额罚款通知书。轻微洁淨罪行包括在公众地方乱抛垃圾、随地吐痰、未经准许而展示招贴或海报，以及让犬只粪便弄污公众地方。二零一二年，本署人员共发出约35,500份定额罚款通知书。
小贩管理
当局一贯的政策是妥善规管持牌摆卖活动，并对无牌小贩采取执法行动。对于无牌售卖熟食或限制出售食物，或在主要通道、行人络绎不绝的地方或市民经常投诉的地点摆卖，本署一律依例执法。然而，如非上述情况，本署执法人员采取"先警告、后检控"的方针行事。本署会继续按上述方针，监察街上摆卖活动。
持牌小贩（包括固定摊位小贩和流动小贩）的数目逐年下降。截至二零一二年年底，本港共有6,739名持牌小贩。当局就二零零八年和二零零九年小贩发牌政策检讨提出的建议征询有关各方和立法会食物安全及环境卫生事务委员会的意见后，本署继续落实有关建议。
本署设有191支受过训练的小贩事务队，成员约为2,100人，负责小贩管理和管制工作。
小贩管理人员定期巡视固定小贩摊位，以及规管在街上摆卖的流动小贩，确保小贩遵守持牌条件和相关法例。此外，他们会采取执法行动，遏止持牌小贩违例摆卖和取缔非法摆卖活动。二零一二年，涉及摆卖而被法庭定罪的违例个案共有30,490宗。
自二零一一年十一月花园街发生火灾后，本署已采取措施，加强小贩区的管理，特别是消防安全事宜。这些措施包括要求档贩遵守在营业及非营业时间摊档范围的规定，以及采取执法行动，打击以易燃物料盖搭摊档簷篷及在摊档批准范围外存货过夜的情况。本署已成立小贩管理督导委员会，由食物环境卫生署署长担任主席，专责制订并监督落实具体的措施，以改善各小贩区的管理及减低火警风险。本署又成立小贩管理谘询委员会，涵盖所有小贩区，以提供双向的沟通平台，让小贩与本署人员商讨小贩区的日常管理、规管和安全事宜，并鼓励小贩自律，采取良好的作业方式。此外，本署于二零一二年十一月一日推行暂时吊销∕取消小贩牌照制度，惩处一再违规及触犯严重罪行的小贩。
为进一步减低排档区的火警风险，政府于二零一二年九月宣布推出一项为期五年的资助计划，为43个固定小贩排档区内约4,300名小贩提供资助，以重建其摊档至指定防火规格或搬迁位于楼宇逃生楼梯出口或阻碍紧急车辆通道的摊档至其他摊位位置。此外，自愿交回其牌照的小贩可获发放特惠金。有关计划将于二零一三年六月实施。
年宵市场
本署于二零一二年一月十七日至二十三日期间，在12个地区举办共14个年宵市场，并于一月二十三日至二月六日期间，在两个地区设立两个新春市场。这些市场设有约2,000个摊位，售卖时花和植物、传统食品、节日布置用品、干货和快餐等，并提供占卜和解籤服务。年宵∕新春市场不仅为市民和游客增添消閒购物好去处，更令农历新年倍添节庆气氛。
公众街市及熟食中心／市场
公众街市和熟食中心∕市场具满足市民对新鲜粮食、熟食和干货需求的重要功能。本港共有77个公众街市，设有约13,400个摊档，售卖新鲜食物以至家居用品等货品。此外，还有39个熟食中心和25个独立熟食市场，共设有约1,050个摊档。截至二零一二年年底，有12,932个摊档租出，667个摊档空置和844个摊档因迁置安排和改善工程等原因而被冻结。摊档以竞投方式出租，投得摊档者须与本署签订租约。
为优化公众街市的经营环境，本署于二零零九年年中开始在一些有空置摊档的街市引入服务行业、小食和烘制包饼摊档。截至二零一二年年底，已租出92个服务行业摊档、六个小食摊档和一个烘制包饼摊档。
年内，本署在公众街市和熟食中心／市场举办多项推广活动，以广招徕。这些活动包括在农历新年、端午节、中秋节和圣诞节期间布置节日装饰和举办庆祝活动；举办专题展览、专题讲座和烹饪示范；以及以中文、英文、菲律宾文和印尼文展示"今日买乜餸"的内容。此外，本署亦印制公众街市和熟食市场资料小册子，并出版《街市通讯》季刊，广泛派发予市民。
街市管理人员每天巡视街市，确保摊档经营者遵守有关法例和租约条款。卫生督察定期巡查肉档、家禽档、鱼档和熟食档，确保符合相关法例和卫生守则，以及保持食物清洁卫生。如有需要，他们会采取执法行动，检控违例者。二零一二年，本署检控违例街市摊档经营者的个案有1,290宗。此外，本署调查多宗怀疑分租个案，结果有两份街市摊档租约被终止，另有四份租约则由租户自愿退租。
加强预防禽流感的措施
为加强防范人类感染禽流感，本署增加巡查余下132个活家禽零售点的次数，防止有人在零售处所存留活家禽过夜。在中秋节、冬至和农历新年等主要中国传统节日期间，零售点囤积活家禽的情况普遍，本署会加强巡查。
坟场、火葬场及灵灰安置所
本署辖下有六个政府火葬场、11个公众坟场及八个公众灵灰安置所，提供火葬及土葬服务。此外，本署根据《私营坟场规例》，监察28个私营坟场的管理。在公众坟场土葬的遗骸须于安葬六年后捡拾骨殖，然后火化或重新安葬于金塔坟场。
政府的一贯政策是鼓励以火葬取代土葬。年内，共有39,494具遗体（约占90%）火化。待和合石火葬场和歌连臣角火葬场（第一期）的重建工程完成后，本署会着手提升歌连臣角火葬场（第二期）的火葬设施，增加火化量及提高效率，以应付市民对火葬服务日益增加的需求。此外，本署亦不时引进符合环保规定的火葬设施。
为方便市民预订六个公众火葬场（即歌连臣角、钻石山、富山、和合石、葵涌和长洲火葬场）的火化时段，本署在港岛湾仔胡忠大厦和九龙长沙湾政府合署设有办事处，市民可亲自前往或经由持牌殓葬商办理预订手续。
本署辖下八个公众灵灰安置所设有约213,300个灵灰龛位，当中包括和合石桥头路灵灰安置所及钻石山灵灰安置所的新灵灰龛位。此外，本署积极推动可持续的殡葬方式，鼓励市民在辖下十个纪念花园或指定的香港水域撒放先人骨灰。二零一零年一月，本署推出先导计划，提供免费渡船服务，方便家属出海撒放先人骨灰。鉴于愈来愈多市民采用这个方式处理先人骨灰，本署于二零一二年一月中提升"海上撒灰渡轮服务"，使用载客量逾200人的较大型渡轮，免费接载市民进行骨灰撒海仪式。这样除可令航程更安稳舒适，还可让家属和亲友在较宽敞的地方为先人举行悼念仪式。由于这项渡轮服务广受市民欢迎，本署自二零一二年六月起增加渡轮的班次，由每月两班增至三班，并会由二零一三年一月起再增至每月四班。二零一二年，本署处理了791宗海上撒灰和2,023宗纪念花园撒灰的申请。
二零一零年六月，本署推出网上追思服务，让市民随时随地在特设网站（www.memorial.gov.hk）追思悼念逝去的挚爱亲友。为进一步提升服务，本署更于二零一一年推出"无尽思念"网站流动版。截至二零一二年年底，该网站有逾4,500名登记用户，设立了5,000多个纪念网页。
