行政及发展部为部门提供各种管理及支援服务。
职系管理
卫生督察职系、小贩管理主任职系及管工职系是本署三个主要职系。两名职系经理分别负责管理卫生督察职系和小贩管理主任及管工职系人员，处理人力策划、职业前途发展、职位调派、员工晋升及培训等事宜。
卫生督察负责执行有关环境卫生及食物安全的职务，例如处理环境滋扰个案、在食物业处所进行卫生巡查、发牌、检控、肉类检验、洁淨服务、服务外批、防治虫鼠、小贩管理、街市管理、坟场及火葬场管理、食物管制及卫生教育。
小贩管理主任负责规管街上摆卖活动，管理小贩认可区，以及对非法摆卖活动采取执法行动。他们亦负责检控据报干犯洁淨罪行的人，例如乱抛垃圾和随地吐痰者。
管工主要负责督导前线人员执行街道洁淨、废物收集、防治虫鼠，以及坟场、火葬场和街市管理工作。他们亦负责车辆事务，以及监察本署承办商的服务表现。他们亦会对干犯洁淨罪行的人采取法律行动。
员工培训
本署推行员工培训及发展工作，以提升员工的整体工作能力和专业水平，使他们配合部门的措施，为市民提供最佳服务，同时加深他们对职业安全及健康的认识，并在部门内推广高度诚信的操守标准。本署举办多项培训课程，主要包括职业训练、管理、资讯科技、职业安全和传意等。本署大部分的培训课程于本地举办，但亦会提名员工到海外受训。
年内，本署共开办了872个课程，受训学员有10,544人次，受训日数合共30,835天。有关课程包括为269名新聘人员而设的入职训练课程，使他们具备执行职务所需的知识与技能。此外，本署向19名人员提供资助，让他们在公余时间修读与职务相关的课程；并安排54名员工修读33个外地培训课程，受训日数合共339天。
管理参议
管理参议、调查及统计组的工作主要包括管理谘询和统计服务，协助部门提高公共服务水平，监察服务表现水准，制订提供服务及员工管理的政策。该组继续提供谘询服务，协助部门实施各项研究的建议，以及提供技术意见，协助部门进行统计调查和分析所得数据。
年内，管理参议、调查及统计组完成了五项管理研究。此外，该组又进行多项统计调查，包括了解营养资料标籤制度所带来的影响，以及市民对本署印制的卫生教育刊物的意见。
财务管理
财务及物料供应科负责处理所有开支和采购事宜，包括支付款项、提供财务意见和进行监管。
二零一二年，本署的开支总额为49.68亿元，薪酬和津贴及与员工有关连的开支占26.81亿元，部门开支及其他费用占22.2亿元，资本及非经常开支则占6,700万元。
按工作性质分类，本署大部分开支用于提供环境卫生服务（22.58亿元），其余依次为街市及小贩管理（13.61亿元）、食物安全及公共卫生（7.88亿元）、行政及发展（3.1亿元）、食物业监管（2.29亿元）、公众教育及市民参与计划（2,200万元）。
年内，本署的收入为9.33亿元，其中大部分来自本署辖下公众街市摊档的租金（4.1亿元）及签发牌照和许可证的收费（2.73亿元）。其他收入来源包括坟场和火葬场服务收费（7,200万元）、法庭罚款和法定罚款（5,500万元）、屠房及其他特许经营权的收费（7,100万元）、肉类检验费（2,200万元）及其他杂项服务收费（3,000万元）。
建设工程
在二零一二年政府基本工程计划资源分配工作中，与食物和环境卫生服务有关的建设工程所得的五年拨款估计为18.42亿元。该笔拨款用以支付食环署的工程开支。
街市
年内，深井临时街市和洪水桥临时街市的改善工程正在进行。此外，安静道生花市场的消防装置改善工程于二零一一年十一月展开，预计于二零一三年年初完成。
垃圾收集站
为改善香港的居住环境，本署继续在设有现代化除臭装置的密封式建筑物提供离街垃圾收集设施，以取代路旁的临时垃圾收集站。百德新街垃圾收集站的重置工程于二零一二年六月完成。配合西铁荃湾西站发展的荃湾运输大楼垃圾收集站重置工程正在筹划阶段，预计于二零一三年年底或之前完成。
公厕
根据公厕翻新∕改善计划，年内本署共完成六项工程，另有89项工程正在进行或在筹划阶段。
本署在二零一二年继续进行旱厕改建计划，以期在二零一三年或之前分阶段把所有旱厕改建为冲水式厕所。第六期90个旱厕于二零零九年十一月展开工程，已全部改建为冲水式厕所，其中一个于年内完成改建。最后一期145个旱厕已于二零一一年二月展开工程，预计于二零一三年十二月或之前完成，其中42个旱厕已改建为冲水式厕所（包括39个于年内完成改建），余下103个旱厕的改建工程正在进行或在筹划阶段，但其中约20个基于种种原因，包括受工程∕实际环境限制、未能获得当区支持、当区要求将旱厕拆卸及地点偏远∕使用率低等，已经或将会在原址翻新或拆卸。
坟场及火葬场
和合石火葬场重建工程于二零零九年七月展开，将于二零一三年年初完成。歌连臣角火葬场重建工程亦于二零一零年六月展开，将于二零一五年年底完成。钻石山火葬场新纪念花园已于二零一二年七月开放，供市民使用。和合石桥头路新灵灰安置所及纪念花园的建造工程已于二零一二年中完成。
政府现正考虑各种可行方法，以增加公众灵灰安置所设施，包括推动地区为本的灵灰安置所发展计划及在现有坟场增建灵灰龛位。当局已于18地区物色合共24个选址，研究作发展灵灰安置所设施。本署会就合适的选址展开进一步的规划工作。上述其中一个选址是黄大仙钻石山灵灰安置所，在仰念堂增建1,540个灵灰龛位，工程已于二零一二年四月完成。另一个选址则是长洲坟场，在坟场增建1,000个灵灰龛位，工程将于二零一三年第二季展开，预计于二零一三年第四季完成。
外批服务
总计：128份合约，总值34.75亿元
截至二零一二年年底，本署与私人承办商签订的服务合约共有128份，总金额为34.75亿元。外批服务的目的，是提高服务的成本效益和效率。批给私人承办商负责的服务，包括街道洁淨、废物收集、机械清扫街道、机械清渠、回收可循环再造物料、街市∕小贩市场洁淨、街市管理及相关服务、防治虫鼠、市政大厦洁淨、保安员服务、动物尸体收集、坟场和灵灰安置所的洁淨及园艺保养等。
本署批出的合约订明可量度的服务表现标准，以确保承办商的服务质素。此外，本署的标书载明保障非技术工人权益的条款。本署人员除每天巡查外，还进行监察查核，确保承办商遵守合约条款。
投诉管理
投诉管理组负责制订和检讨有关处理各类投诉的政策及程序。二零一二年，本署共收到196,750宗市民要求提供服务或作出投诉的个案。
服务质素检定
本署的其中一项首要工作是不断改善服务质素，确保为市民提供优质服务。
服务质素检定组的主要目标是监察和改善本署的服务质素。为达到这个目标，服务质素检定组每天巡查由本署及服务承办商提供的各项服务，如发现现行工作制度、程序及指引有不足之处，便会提出改善建议。该组亦会提名表现出色的员工领受服务质素检定奖和员工嘉许状，以激励表现优异、工作勤奋的前线人员。此外，该组负责以独立、客观和公正的方式，调查员工在工作上行为失当的个案和服务承办商违反雇佣规定的投诉。服务质素检定组亦会进行审核检查和与雇佣规定有关的检查，以核实服务承办商有否履行与雇佣有关的承诺。
公众教育及宣传
公众教育是确保食物安全和改善环境卫生不可或缺的一环。为推行公众教育，本署进行宣传及教育活动，包括讲座、展览和外展计划，以提高市民对食物安全和环境卫生的认识。
本署在九龙公园内设立卫生教育展览及资料中心（中心）为市民服务。中心为学校、老人中心、儿童及青少年中心、残疾人士团体及市民安排团体参观及导览活动，又定期举办讲座和外展活动。年内，中心的参观人数达137,774人次。中心为幼稚园及中小学举办1,074次讲座和活动，为老人中心和市民举办的讲座则分别有990次和303次。另外，中心的流动教育中心（一辆宣传车）亦以外展形式推广卫生教育，到访学校、屋邨及公园的活动达220次。中心的迷你影院翻新后，配备大型显示屏幕和触感控制板，供市民选看不同的卫生教育影片。
食物安全中心辖下设有传达资源小组，以应付市民和食物业界对食物安全风险传达的需要。该小组设于花园街市政大厦，提供大量有关推广食物安全的资源材料，内容涵盖食物安全五要点、食物安全重点控制系统、风险认知，以及其他食物安全措施和新规例。小组附设展览区和资料角，配备视听设施。小组亦接受学校、社区中心和有兴趣的市民申请预约参观或举行食物安全讲座、借用教材、展板、视听资料等。除了支援食物安全风险传达的工作和活动外，小组在年内举办多项定期的教育活动。二零一二年，小组举办了314个研讨会、工作坊和不同类别的宣传活动，当中包括巡迴展览。展览资料围绕食物安全，对象是市民和选定的目标羣体，例如食物处理人员、学生、长者和少数族裔人士。
年内，本署继续举办宣传活动，在电视和电台播放宣传短片和声带，制作横额、海报、小册子和单张，传递环境卫生信息。此外，本署举办灭鼠运动和灭蚊运动，推动市民支持和参与防治虫鼠工作。本署亦协助非政府机构推行清洁活动∕工作。
