本署另一项主要职责，是保持香港的居住环境清洁卫生。有关服务包括清洁街道，收集废物，管理公厕及旱厕、公众街市、坟场、火葬场和骨灰安置所，以及管理小贩。
清扫街道
本署及洁淨服务承办商辖下共有约10,500名洁淨工人，提供多项洁淨服务，包括清扫和清洗街道、清理沟渠、收集废物，以及管理公厕、旱厕和垃圾收集站。
清扫街道对保持市容整洁非常重要。视乎个别地区的需要，洁淨工人每天以人手清扫所有街道一至四次。行人众多的地区或热门旅游点，则每天清扫多达八次。
除以人手清扫街道外，本署也会调配机动扫街车清扫公路、天桥、道路中央分隔栏和其他交通繁忙地点。如有需要，本署会调派特别洁淨队清理卫生黑点。洁淨队配备卸斗货车，清理扫街工人无法处理的大件弃置物品和笨重废物。遇有交通意外或天灾，洁淨队亦负责紧急清理工作。
为方便市民，本署在多处公众地方(包括巴士站、主要路口、渡轮码头及公共运输交汇处)均设置废屑箱。去年试行的减少废屑箱计划效果良好，废屑箱的数目由约19,100个进一步减至约16,200个。此外，本署亦试行使用约800个投入口较小的新设计废屑箱。视乎个别地区的需要，废屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供约450个狗厕所和1,780个狗粪收集箱。
清洗街道
本署定期清洗公众地方，包括行人道、里巷、小贩认可区、垃圾收集站及卫生黑点。本署人员和洁淨服务承办商员工组成132支洗街队，提供日间和晚间清洗街道服务，清洗次数视乎个别地区的需要，由按需要而定至每天清洗不等。至于交通繁忙的主干道路，由于难以提供一般的清洗服务，洁淨工人会在非繁忙时间进行冲洗。
清理沟渠
路边的沟渠每两至四星期以人手清理一次。公路和天桥的集水沟气隔每六星期以机械清渠车清理一次，清理工作会在午夜后车辆较少时进行。
本署把大约77%的街道洁淨服务外判，并设立监察和惩处机制，确保承办商提供的服务符合要求。
收集垃圾
本署在全港设有2,954个垃圾收集站，包括157个永久离街垃圾收集站、14个临时垃圾收集站、852个乡村式∕临时构筑垃圾收集站，以及1,931个放置垃圾桶的地点。永久离街垃圾收集站的开放时间一般由上午7时至下午3时30分，繁忙地区则至晚上11时30分，还有一些全日24小时开放，以应付社区对有关服务的需求。垃圾收集站采用不同的设计，因地制宜，配合实际需要。垃圾收集站用作暂时存放街道垃圾和家居废物，以待收集处理。只要情况许可，本署会对垃圾收集站作出改善，以尽量减少收集站对附近居民可能造成的环境滋扰。垃圾收集站的废物每天至少收集一次。本署每天收集约5,660公吨家居废物，其中港岛区占1,080公吨、九龙区1,710公吨、新界和离岛区2,880公吨。这些废物会运往环境保护署辖下的废物转运站或堆填区处理。本署把大约74%的垃圾收集服务外判，并设立监察和惩处机制，确保废物收集承办商提供的服务符合要求。
减少废物
为响应政府减少废物的政策，本署提供可循环再造物料收集服务，为2,856个分别设于公众地方、学校、诊所及政府场地的回收点收集废纸、金属和塑胶物料。年内，本署平均每月收集到的可循环再造物料，分别是48,292公斤废纸、2,667公斤金属和63,758公斤塑胶物料。
此外，本署的车队尽量使用翻新轮胎。过去一年，使用新轮胎与翻新轮胎的比率为1比0.3。
公厕及旱厕
公厕主要设于旅游点及繁忙地区，包括渡轮码头、巴士总站及郊游地点。由本署管理的公厕合共787个，其中港岛区有94个、九龙区62个、新界和离岛区631个。此外，新界和离岛区设有59个旱厕。
本署自二零零零年起推行公厕翻新计划，改善公厕设计及设施。本署继续致力使公厕更加卫生、安全和舒适，并已在多个公厕安装新设施，例如红外线自动感应水龙头、干手机、专为儿童而设的尿兜和洗手盆、婴儿换尿片枱，以及厕格内供使用者挂放个人物品的衣帽钩和置物架。现时所有公厕均已装设空气清新设备、淨手消毒器及枧液器，并供应厕纸。为确保公厕时刻保持清洁，本署在使用频繁的公厕派驻厕所事务员，提供即时洁淨服务。
按照政府把性别观点纳入主流的政策，以及确保工程的设计顾及两性的需要，本署把男女厕格的规划比率一般定为1比2。本署亦遵照《设计手册︰畅通无阻的通道2008》订明的现行法规，提供畅通易达而无分性别的洗手间。如情况许可，亦会在新建∕翻新的公厕为长者提供优先厕格，以及提供通用洗手间。
环境卫生滋扰
本署负责处理环境卫生滋扰问题(包括楼宇渗水、冷气机滴水和垃圾堆积)，并会向有关人士发出劝谕信和法定妨扰事故通知，以确保滋扰问题获得处理。二零一六年，本署处理上述三类环境滋扰投诉个案的数目，分别约为36,400宗、24,900宗和10,200宗。
违反清洁法例的行为
本署的卫生督察、管工及小贩管理职系人员均获授权向干犯洁淨罪行的人发出传票。除了日常执法工作外，本署亦会采取突击行动，检控乱抛垃圾者。年内，违反清洁法例而被法庭定罪的个案约有840宗。
《定额罚款(公众地方洁淨及阻碍)条例》授权执法人员向干犯轻微洁淨罪行的人发出1,500元定额罚款通知书。轻微洁淨罪行包括在公众地方乱抛垃圾、随地吐痰、未经准许而展示招贴或海报，以及让犬只粪便弄污公众地方。二零一六年，本署人员就这些违反清洁法例的行为共发出约39,400份定额罚款通知书。
小贩管理
当局一贯的政策是妥善规管持牌摆卖活动，并对无牌小贩采取执法行动。对于无牌售卖熟食或限制出售食物，或在主要通道、行人络绎不绝的地方或市民经常投诉的地点摆卖，本署一律依例执法。然而，如非上述情况，本署执法人员一般采取"先警告、后检控"的方针行事。本署会继续按上述方针，监察街上摆卖活动。
截至二零一六年年底，本港共有5,496名持牌固定摊位小贩和415名持牌流动小贩。当局在二零零八至零九年就小贩发牌政策进行检讨，并就提出的建议征询各相关持份者和立法会食物安全及环境卫生事务委员会的意见。其后，本署一直采取行动跟进，以落实有关建议。
本署约有190支受过训练的小贩事务队小队，成员约为2,100人，负责小贩管理和管制工作。
小贩管理人员定期巡视固定小贩摊位，以及规管在街上摆卖的流动小贩，确保小贩遵守持牌条件和相关法例。此外，他们会采取执法行动，遏止持牌小贩违例摆卖和取缔非法摆卖活动。二零一六年，涉及摆卖而被法庭定罪的违例个案共有17,803宗。
自二零一三年六月起，本署推出小贩资助计划，为全港43个固定小贩排档区内4,300名小贩提供财政资助，以减低小贩区的火警风险，并已全部搬迁当中499个位于楼宇逃生楼梯出口对出或是阻碍紧急车辆救援操作的固定摊位的小贩，有关摊位现已腾空。截至二零一六年十二月，在为数共4,324个小贩牌照中，本署收到708宗自愿交回小贩牌照以领取特惠金的申请，及2,824宗重建资助申请。至今有2,454个新摊档构筑物已落成。
店铺阻街问题
店铺非法扩展营业范围属街道管理事宜，涉及多个政府部门的职权范围，各部门各司其职。为配合跨部门联合行动打击店铺阻街，本署已加强执法，严厉打击有关非法活动。对于在店铺阻街黑点屡犯不改者，本署直接作出检控，不会每次都事先给予警告。本署亦在行动中检取所涉货物，以提升阻吓力。截至二零一六年，本署共成立了五支店铺扩展管制特遣队，在全港各店铺阻街黑点加强执法行动。
此外，政府于二零一六年三月二十四日在宪报刊登《定额罚款(公众地方洁淨及阻碍)条例》，以定额罚款制度作为额外的执法工具，从而更快捷有效地处理店铺阻街问题。条例于二零一六年九月二十四日生效。根据有关条例，定额罚款水平订于1,500元，而本署和警务处则获赋权执行有关的定额罚款制度。截至二零一六年年底，当局已就店铺阻街提出逾14,300宗检控和发出2,090份定额罚款通知书。
年宵市场
本署于二零一六年二月二日至八日期间，在13个地区合共设立15个年宵市场，并在二月五日至二十二日期间在沙田车公庙和大埔林村放马莆另设两个新春市场。这些市场设有约2,100个摊位，售卖时花植物、传统食品、节日布置用品、干货和快餐等。年宵∕新春市场不仅为市民和游客增添消閒购物好去处，更令农历新年倍添节庆气氛。
公众街市及熟食场地
公众街市和熟食中心∕市场具备满足市民对新鲜粮食、熟食和干货需求的重要功能。本港共有76个公众街市，设有约13,400个摊档，售卖新鲜食物以至家居用品等货品；此外，还有39个熟食中心和25个独立熟食市场，共设有约1,020个摊档。截至二零一六年年底，有13,087个摊档租出、315个摊档空置和995个摊档因迁置安排和翻新工程等原因而被冻结。摊档以竞投方式出租，投得摊档者须与本署签订租约。
为优化公众街市的经营环境，本署于二零零九年年中开始在一些有空置摊档的街市引入服务行业、小食和烘制包饼摊档。截至二零一六年年底，已租出123个服务行业摊档、11个小食摊档和一个烘制包饼摊档。
年内，本署在公众街市和熟食中心∕市场举办多项推广活动，以广招徕。这些活动包括在农历新年、端午节、中秋节和圣诞节∕元旦期间布置节日装饰和举办庆祝活动；举办专题展览、专题讲座和烹饪示范；以及以中文、英文、菲律宾文和印尼文展示"今日买乜餸"的内容。此外，本署亦印制公众街市和熟食市场资料小册子，并出版《街市通讯》季刊，广泛派发予市民。
街市管理人员每天巡视街市，确保摊档经营者遵守有关法例和租约条款。卫生督察定期巡查肉档、家禽档、鱼档和熟食档，确保摊档符合相关法例和卫生守则，以及保持食物清洁卫生。如有需要，他们会采取执法行动，检控违例者。二零一六年，本署检控违例街市摊档经营者的个案有2,065宗。
本署继续改善公众街市的管理和设施，较灵活地订定个别街市的业务性质组合，并进行推广活动，以改善公众街市的经营环境。二零一六年，本署除进行街市的例行保养外，还在14个街市展开了改善工程，包括翻新熟食中心和洗手间，提升电力供应，以及优化照明系统和消防设备，当中六个街市的改善工程已经完成。为确保公众街市的升降机和扶手电梯操作畅顺，我们计划分阶段更换已使用超过20年的升降机和扶手电梯。我们已预留1.15亿元，以供16个街市更换12部升降机和34道扶手电梯。此外，如获得租户支持，技术可行，同时符合成本效益，本署会陆续为公众街市安装空调。
加强预防禽流感的措施
为加强防范人类感染禽流感，本署增加巡查现有130个活家禽零售点的次数，防止有人在零售处所存留活家禽过夜。在中秋节、冬至和农历新年等主要中国传统节日期间，零售点囤积活家禽的情况普遍，本署会加强巡查。
本署继续采取防范措施，包括：(1)在活家禽零售点收集粪便及食水样本，作H1至H16禽流感病毒测试；(2)定期巡查活家禽零售点，确保零售商遵守预防禽流感的特定牌照或租约条件；(3)每天彻底清洗食环署街市的公用地方三次；(4)售卖活家禽的档户须在每日收市后清洗其摊档，然后让街市承办商再彻底清洗其摊档及消毒；(5)保持街市摊档通风系统清洁；以及(6)定期巡查有野鸟聚集的公众地方和清洗及消毒有关地点，并对餵饲野鸟而弄污公众地方的人士严厉执法。
坟场、火葬场及骨灰安置所
本署辖下有六个政府火葬场、十个公众坟场及八个公众骨灰安置所，分别为市民提供火葬及土葬服务。此外，本署根据《私营坟场规例》，监察27个私营坟场的管理。市民在公众坟场土葬的先人遗骸，须于安葬六年后捡拾骨殖，然后火化或重新安葬于金塔坟场。
政府的一贯政策是鼓励以火葬取代土葬。年内，共有43,556具遗体(约占93%)火化。本署于二零一三年二月和二零一五年十二月分别完成和合石火葬场和哥连臣角火葬场的重置工程后，已提高有关火葬场的火化量及运作效率，以应付市民对火葬服务日益增加的需求。此外，本署亦不时引进符合环保规定的火葬设施。
为方便市民预订六个公众火葬场(即哥连臣角、钻石山、富山、和合石、葵涌和长洲火葬场)的火化时段，本署在港岛湾仔胡忠大厦和九龙长沙湾政府合署分别设有办事处，市民可选择亲自前往该两个办事处或经由持牌殓葬商代办预订手续，或使用互联网预订。
本署辖下设有八个公众骨灰安置所，合共提供约214,300个骨灰龛位，当中包括和合石桥头路灵灰安置所及长洲灵灰安置所的新骨灰龛位。和合石桥头路灵灰安置所第五期余下5,069个新龛位的配售工作已于二零一六年三月完成。
二零一六年十一月二十三日，政府将《私营骨灰安置所条例草案》再度提交立法会审议，以便为私营骨灰安置所设立规管制度。
绿色殡葬
本署积极推动可持续的殡葬方式，鼓励市民在辖下11个纪念花园或指定的香港水域撒放先人骨灰。二零一零年一月，本署推出先导计划，提供免费渡轮服务，方便家属出海撒放先人骨灰。鉴于愈来愈多市民采用这个方式处理先人骨灰，本署于二零一二年一月中旬提升"海上撒灰渡轮服务"，使用载客量逾300人的较大型渡轮，免费接载使用服务的市民，让家属和亲友在较宽敞的地方为先人举行悼念仪式。二零一五年八月，本署进一步增加渡轮班次至逢周六(公众假期除外)出发。二零一六年，本署一共处理了900宗海上撒灰和4,004宗纪念花园撒灰的申请。除免费渡轮撒灰服务外，自二零一四年清明节起，本署亦于清明节和重阳节期间合共安排了12次纪念航程，接载市民到撒放先人骨灰的海域追思逝者。截至二零一六年，共有来自977个家庭的2,575名市民参加了纪念航程。
二零一零年六月，本署又推出网上追思服务，让市民随时随地在特设网站(www.memorial.gov.hk)悼念逝去的挚爱亲友。为进一步提升服务，本署于二零一一年推出"无尽思念"网站流动版(m.memorial.gov.hk)。截至二零一六年年底，该网站约有7,900名登记用户，合共设立约9,400个纪念网页。
