行政及发展部为部门提供各种管理及支援服务。
职系管理
卫生督察职系、小贩管理主任职系及管工职系是本署三个主要职系。两名职系经理分别负责管理卫生督察职系和小贩管理主任及管工职系人员，其工作涵盖人力策划、职业前途发展、职位调派、员工晋升及培训等范畴。
卫生督察负责执行有关环境卫生及食物安全的职务，例如处理环境滋扰个案、在食物业处所进行卫生巡查、发牌、检控、肉类检验、洁淨服务、服务外批、防治虫鼠、小贩管理、街市管理、坟场及火葬场管理、食物管制及卫生教育。
小贩管理主任负责规管街上摆卖活动、管理小贩认可区，以及对非法摆卖活动采取执法行动。他们亦负责检控干犯洁淨罪行的人，例如乱抛垃圾和随地吐痰者。
管工主要负责督导前线人员执行街道洁淨、废物收集、防治虫鼠，以及坟场、火葬场和街市管理工作。他们亦负责车辆事务，以及监察本署承办商的服务表现，同时对干犯洁淨罪行的人采取法律行动，予以检控。
员工培训
本署推行员工培训及发展工作，旨在提升个人和部门表现，为市民提供优质服务。这些培训及发展项目为员工提供发展领导才能的机会、配合部门新措施提供所需训练，以及发掘个人长处以令员工更专业地服务市民。此外，本署亦提供加深员工认识职业安全及健康的培训及发展项目。
除了由署内人员担任导师外，本署亦会邀请不同范畴的专家提供培训，让员工掌握相关范畴的最新发展，与时并进。本署大部分培训课程于本地举办，亦会提名员工到海外受训。
年内，本署共开办了723个课程，受训人数为14,842，学员受训日数合共38,985。有关课程包括为897名新聘人员而设的入职训练课程，使他们具备执行职务所需的知识与技能。此外，本署向八名人员提供资助，让他们在公余时间修读与职务相关的课程，并安排17名员工修读13个外地培训课程，学员受训日数合共104。
管理参议
管理参议、调查及统计组的工作主要包括管理谘询和统计服务，协助部门提高公共服务水平、监察服务表现水准、制订提供服务及员工管理的政策。该组持续提供谘询服务，协助部门实施各项研究的建议，以及提供技术意见，协助部门进行统计调查和分析所得数据。
年内，管理参议、调查及统计组完成了四项管理研究。此外，该组亦已就所选定的街市及熟食中心完成统计调查，以了解其使用情况。
财务管理
财务及物料供应科负责处理所有开支和采购事宜，包括支付款项、提供财务意见和进行监管。
二零一六年，本署的开支总额为63.11亿元，其中薪金和津贴及与员工有关连的开支占33.56亿元，部门开支及其他费用占28.21亿元，而非经营及非经常开支则占1.34亿元。
按工作性质分类，本署大部分开支用于提供环境卫生服务(28.47亿元)，其余依次为街市及小贩管理(17.05亿元)、食物安全及公共卫生(10.27亿元)、行政及发展(3.64亿元)、食物业监管(3.19亿元)、公众教育及市民参与计划(4,900万元)。
年内，本署的收入为8.59亿元，其中大部分来自本署辖下公众街市摊档的租金(4.32亿元)，以及签发牌照和许可证的收费(1.45亿元)。其他收入来源包括坟场和火葬场服务收费(8,000万元)、法庭罚款和法定罚款(6,200万元)、屠房及其他特许经营权的收费(8,500万元)、肉类检验费(2,000万元)，以及其他杂项服务收费(3,500万元)。
建设工程
在二零一六年政府基本工程计划资源分配工作中，与食物和环境卫生服务有关的建设工程所得的五年拨款估计为58.89亿元。该笔拨款用以支付食环署的工程开支。
垃圾收集站
为改善香港的居住环境，本署继续在设有现代化除臭装置的密封式建筑物提供离街垃圾收集设施，以取代路旁的临时垃圾收集站。配合西铁朗屏站(南)发展的屏信街垃圾收集站重置工程，已于二零一六年四月完成。
本署会于二零一七年把九龙城忠孝街的垃圾收集站重置至香港铁路有限公司何文田站，并于二零一七年及二零一八年分别完成在港珠澳大桥香港口岸和启德发展区IJ4工地兴建两个新垃圾收集站的工程。此外，深水埗福华街∕福荣街∕营盘街用地住宅发展项目内的营盘街临时垃圾收集站重置工程，现正施工，预计于二零二零年完成。
公厕
根据公厕翻新／改善计划，年内本署共完成11项工程，另有106项工程正在进行或在筹划阶段。春园街公厕重置至厦门街的工程已于二零一六年二月完成；书局街前北角渡海小轮码头公厕重置至新北角码头公共运输交汇处的工程，则于二零一六年五月完成。此外，在屯门公路巴士转乘站(往屯门方向)兴建新公厕的工程已于二零一六年十一月完成。
坟场、火葬场及骨灰安置所
政府现正探讨各种可行方法，以增加公众骨灰安置所设施，包括推动地区为本的骨灰安置所发展计划，并在现有坟场和骨灰安置所增建骨灰龛位。本署正扩建现有长洲灵灰安置所(在二零一八年年初额外提供约1,250个骨灰龛位)和坪洲灵灰安置所(在二零一七年年底额外提供约360个骨灰龛位)。此外，本署亦正就黄泥涌道骨灰安置所发展项目(在二零一八年年初提供约855个骨灰龛位)和哥连臣角道骨灰安置所发展项目(在二零二一年提供约25,000个骨灰龛位)进行详细设计，以及就沙岭坟场兴建骨灰安置所、火葬场及相关设施(由二零二三年起分阶段提供约200,000个骨灰龛位)的土地平整及相关基础设施工程进行详细设计及工地勘测。至于在曾咀建造骨灰安置所设施的工程(在二零一九年年底提供约160,000个骨灰龛位)，以及在和合石坟场建造骨灰安置所设施的第一期发展工程(在二零一九年年底提供约44,000个骨灰龛位)，亦已在二零一六年展开。当局会就其他新骨灰安置所项目谘询有关区议会。
外批服务
总计：153份合约，总值44.974亿元
截至二零一六年年底，本署与私人承办商签订的服务合约共有153份，总金额为44.974亿元。外批服务的目的，是提高服务的成本效益和灵活性。
批给私人承办商负责的服务，包括街道洁淨、废物收集、机械清扫街道、机械清渠、回收可循环再造物料、街市管理、洁淨、防治虫鼠及相关服务、灭鼠、控蚊及其他防治虫鼠服务、市政大厦洁淨、提供保安员、收集动物尸体、坟场和骨灰安置所的洁淨及园艺保养、树木风险评估及树艺服务等。
本署的合约订明可量度的服务表现标准，确保承办商的服务质素良好。此外，本署的合约载有关于劳工保护和职业安全的条款，以保障非技术工人的权益和促进他们的福祉。本署人员除每天审阅相关记录外，还进行突击实地巡查，以确保承办商时刻遵守合约规定。
投诉管理
投诉管理组负责制订和检讨有关处理各类投诉的政策及程序。二零一六年，本署共收到220,930宗市民要求提供服务或作出投诉的个案。
服务质素检定
本署的其中一项首要工作是不断改善服务质素，确保为市民提供优质服务。
服务质素检定组的主要目标是监察和改善本署的服务质素。为达到这个目标，服务质素检定组每天巡查由本署及服务承办商提供的各项服务，如发现现行工作制度、程序及指引有不足之处，便会提出改善建议。该组亦会提名表现出色的员工以颁发服务质素检定奖和员工嘉许状，以表扬表现优异、工作勤奋的前线人员。此外，该组负责以独立、客观和公正的方式，调查员工在工作上行为失当的个案和服务承办商违反雇佣规定的投诉。服务质素检定组亦会进行审核检查和与雇佣规定有关的检查，以核实服务承办商有否履行与雇佣有关的承诺。
公众教育及宣传
公众教育是确保食物安全和改善环境卫生不可或缺的一环。为推行公众教育，本署举办宣传及教育活动，包括讲座、展览和外展计划，以提高市民对食物安全和环境卫生的认识。
本署在九龙公园内设立卫生教育展览及资料中心(中心)为市民服务。中心为学校、老人中心、其他非政府机构及市民安排团体参观及导览活动，又定期举办讲座和外展活动。二零一六年三月，中心内的绿色殡葬展区已经更新，并增设及提升电子显示设备。年内，中心的参观访客达102,567人次，中心并为幼稚园及中小学举办1,074场讲座和活动，而为老人中心和市民举办的讲座则分别有1,029场和283场。此外，中心的流动教育中心(一辆宣传车)亦以外展形式推广卫生教育，往访学校、屋邨及公园达226次。
食物安全中心辖下设有传达资源小组，因应市民和食物业界的需要，向其传达食物安全风险资讯。该小组设于花园街市政大厦，提供大量有关推广食物安全的资源材料，并在办事处内附设配备视听设施的展览厅和资料角。小组接受学校、社区中心和有兴趣的市民预约参观或举行食物安全讲座，以及申请借用教材、展览板和视听资料。除支援食物安全风险传达的工作和活动外，小组在年内亦举办多项定期的教育活动。二零一六年，小组举办了337场研讨会、工作坊和不同类别的宣传活动，当中包括食物安全巡迴展览，对象是市民和选定的目标群体，包括食物处理人员、学生、长者和少数族裔人士。
年内，本署继续通过电视和电台政府宣传短片和声带、Facebook和YouTube等社交媒体、流动应用程式、横额、海报、小册子和单张，推行有关环境卫生和食物安全的宣传工作。为加强宣传清洁香港的信息，本署委任「清洁龙阿德」为清洁香港大使及开设Facebook专页，透过专页分享相片、影片和提供有关个人、家居及环境生的各类资讯，并让「清洁龙阿德」在公众活动及社区节目中亮相，呼籲市民合作和支持清洁香港的工作。此外，本署举办灭鼠运动和灭蚊运动，推动市民支持和参与防治虫鼠工作，同时亦协助非政府机构推行清洁活动∕工作。
