本署设有三个事务部，即环境卫生部、食物及公共卫生部和行政及发展部。
本署运作或会对环境造成影响，有关概况如下：
环境卫生服务
本署致力为香港市民提供和保持清洁卫生的居住环境。本署提供的环境卫生服务包括公共洁淨服务、食物业的发牌及管制、提供和管理环境卫生设施，以及小贩管理。
公共洁淨服务
本署致力保持公共地方清洁和整洁。直接的公共洁淨服务包括清扫及清洗街道、收集住户废物和街头垃圾、清渠、清粪，以至管理洁淨设施如垃圾收集站等。这些服务由本署4 000名洁淨人员及本署委聘的私人承办商提供，他们的服务由本署紧密监管。
本署在全港提供逾18 000个废屑箱和556个狗粪收集箱，另在全港各处共设有2 924个垃圾收集站，用作暂时贮存街道和住户废物，以待收集处理。本署每天至少一次从垃圾收集站收集住户废物，而由本署直接管理或由承办商管理的垃圾车每日收集约5 955公吨废物。
食物业的发牌及管制
本署发牌监管食物业，以保障市民的健康和安全，又定期巡查，确保持牌食物业处所符合卫生标准，并对卫生欠佳的食物业处所采取执法行动，例如检控、即时拘控、施行法令、每日罚款，以及暂时吊销或取消牌照等。
提供和管理环境卫生设施
本署负责管理多种环境卫生设施，供市民使用。本署共管理38个熟食中心、24个独立式熟食市场、81个公众街市、306个公厕、33个公众浴室、11个公众坟场、六个火葬场和八个纪念花园。为配合本署为香港市民提供清洁卫生居住环境的承诺，如资源许可，本署会按需要作出改善及提高这些设施的质素。
小贩管理
街头摆卖是由来已久的社会经济活动，亦是本港的生活方式之一。透过发牌制度和执法行动，本署希望尽量减少街头摆卖活动所造成的滋扰。
食物及公共卫生服务
本署监察进口食物及本地生产食物的安全，以确保供人类食用的食物有益健康、不含杂质，并附有适当标籤。本署亦透过检验和管制食用牲口，保障市民健康；此外，又致力预防由传病媒介传播的疾病，并就保持食物和环境卫生的正确方法，向市民提供意见。对环境有影响的主要工作范畴包括食物监察与验证、风险评估与传达，以及防治虫鼠等工作。
食物监察及验证
本署持续监察和测试食物，并采取执法行动，以确保供应本港的食物可供安全食用。本署在进口、批发及零售地点抽取食物样本，进行化学、微生物、辐射及毒性测试，以确保这些食物适合人类食用。本署并检查预先包装的食物是否符合食物标籤法例的规定。
风险评估及传达
本署就食物安全进行风险评估，厘定食物安全标准，并建议食物安全管制的措施。在风险传达方面，本署引入并推行食物安全重点控制系统，以确保食物安全，并定期向市民和食物业人士提供食物安全资讯。
防治虫鼠
本署向政府部门及市民提供防治虫鼠的意见。本署的工作包括监察及监控虫鼠问题，以防止由传病媒介传播的疾病在本港蔓延，并调查发病事件。分区防治虫鼠组负责执行防治虫鼠的工作。
行政及发展服务
建设工程计划
本署负责策划新建设工程及部门现有设施(例如街市、垃圾收集站、公共厕所及火葬场)的小型改善工程。本署在策划时，会继续尽量减轻这些工程在施工及投入服务阶段对环境所造成的影响，并会引入环保设施，尽量减少负面的环境影响。
公众教育及运动
本署在尖沙咀设有卫生教育展览及资料中心，藉此举办多项宣传及教育活动，并举行展览、外展计划和研讨会，作为本署同时推广食物安全和环境卫生的其中一环。提高环保意识亦包括在这些活动内。此外，本署又主导举办"清洁香港计划"，改善香港的环境卫生情况。
