本署另一項主要職責，是保持香港的居住環境清潔衞生。有關服務包括清潔街道，收集廢物，管理公廁及旱廁、公眾街市、墳場、火葬場及骨灰安置所，以及管理小販。
清掃街道
本署及潔淨服務承辦商轄下共有約12,800名潔淨工人，提供多項潔淨服務，包括清掃和清洗街道、清理溝渠、收集廢物，以及管理公廁、旱廁和垃圾收集站。本署把大約81%的街道潔淨服務外判，並設立監察和懲處機制，確保承辦商提供的服務符合要求。
清掃街道對保持市容整潔非常重要。視乎個別地區的需要，潔淨工人每天以人手清掃所有街道一至四次。行人眾多的地區或熱門旅遊點，則每天清掃多達八次。
除了以人手清掃街道外，本署也會調配機動掃街車清掃快速公路、天橋和道路中央分隔欄，又在大埔及元朗試用小型機動掃街車清掃交通流量低的道路。如有需要，本署會調派特別潔淨隊清理棄置垃圾黑點。潔淨隊配備貨車，用以清理掃街工人無法處理的大件棄置物品和笨重廢物。遇有交通意外，潔淨隊亦會負責緊急清理工作。
本署在多處公眾地方（包括巴士站、主要路口、渡輪碼頭及公共運輸交匯處）設置廢屑箱，方便行人丟棄垃圾。由於減少廢屑箱計劃進展良好，廢屑箱的數目由約13,600個進一步減至約12,200個。我們更使用了投入口較小的新設計廢屑箱，以取代破舊的廢屑箱。視乎個別地區的需要，廢屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供約450個狗廁所和1,900個狗糞收集箱。
清洗街道
本署定期清洗公眾地方，包括行人道、里巷、小販認可區、垃圾收集站及衞生黑點。本署人員和潔淨服務承辦商員工組成158支洗街隊，提供日間和晚間清洗街道服務，清洗次數由按需要而定至每天清洗不等。我們更逐步引入高速清洗盤清潔街道，以便迅速清理頑固污漬。至於交通繁忙的主幹道路，由於難以提供一般的清洗服務，潔淨工人會在非繁忙時間進行沖洗。
清理溝渠
路邊的溝渠每兩至四星期以人手清理一次。公路和天橋的集水溝氣隔每六星期以機械清渠車清理一次，清理工作會在午夜後車輛較少時進行。
收集垃圾
全港設有2,914個垃圾收集站，包括161個永久離街垃圾收集站、11個臨時垃圾收集站、870個鄉村式／臨時構築垃圾收集站，以及1,872個放置垃圾桶的地點。永久離街垃圾收集站的開放時間一般為上午7時至下午3時30分，繁忙地區則開放至晚上11時30分，還有一些全日24小時開放，以應付社區對有關服務的需求。垃圾收集站採用不同的設計，因地制宜，配合實際需要用作暫時存放街道垃圾和家居廢物，以待收集處理。只要情況許可，本署會改善垃圾收集站，以盡量減少對附近居民可能造成的環境滋擾。垃圾收集站的廢物每天至少收集一次。本署每天收集約5,830公噸家居和街道廢物，其中港島區有1,030公噸、九龍區1,810公噸、新界和離島區2,990公噸，這些廢物會運往環境保護署轄下的廢物轉運站或堆填區處理。本署把大約78%的垃圾收集服務外判，並設立監察和懲處機制，確保廢物收集承辦商提供的服務符合要求。
減少廢物
為響應政府減少廢物的政策，本署提供可循環再造物料收集服務，為2,908個分別設於公眾地方、學校、診所及政府場地的回收點收集廢紙、金屬和塑膠物料。年內，本署平均每月收集到的可循環再造物料有42,119公斤廢紙、6,445公斤金屬和68,448公斤塑膠物料。
此外，本署的車隊盡量使用翻新輪胎。過去一年，使用新輪胎與翻新輪胎的比率為1:0.379。
公廁及旱廁
公廁主要設於旅遊點及繁忙地區。由本署管理的公廁合共799個，其中港島區有90個、九龍區61個、新界和離島區648個。此外，新界和離島區設有51個旱廁。
本署由二零零零年開始推行公廁翻新計劃，改善公廁設計及設施。本署進行公廁翻新工程時會從使用者的角度出發，盡量加入方便使用的設施。經改良的設施包括感應式梘液器、感應式沖廁系統、產生高速氣流並設有接水盤的電動乾手機、發光二極管照明裝置等。本署會與建築署合作，因應每個公廁的實際情況，決定公廁的外觀、設備及物料，務求使公廁翻新後的設計與周圍環境相配，設計與時並進，成為衞生、清潔、安全及得體的公共設施。為確保公廁時刻保持清潔，本署在使用頻繁的公廁派駐廁所事務員，提供即時潔淨服務。
另外，本署亦在94個使用率較高或設於主要旅遊景點的公廁進行深層清潔，同時加強巡查及監察公廁的清潔工作，並致力研究引進新科技裝置，以改善公廁的衞生情況。本署會在相關服務合約續約時，把深層清潔服務推展至所有公廁。
本署又遵照《設計手冊︰暢通無阻的通道2008》訂明的現行法規，提供暢通易達而無分性別的洗手間。如情況許可，也會在新建／翻新的公廁提供長者優先廁格，以及通用洗手間。
環境衞生滋擾
本署負責處理環境衞生滋擾問題（包括樓宇滲水、冷氣機滴水和垃圾堆積問題），並會向有關人士發出勸諭信和法定妨擾事故通知，以確保問題獲得處理。二零一九年，本署處理上述三類環境滋擾投訴個案的數目分別約為34,200宗、25,000宗和9,400宗。
違反清潔法例的行為及公眾地方潔淨
本署的衞生督察、管工及小販管理職系人員獲授權向干犯潔淨罪行的人發出傳票。除了日常執法工作外，也會採取突擊行動，檢控亂拋垃圾者。年內，違反清潔法例而被法庭定罪的個案約有2,072宗。
《定額罰款（公眾地方潔淨及阻礙）條例》授權執法人員向干犯輕微潔淨罪行的人發出1,500元定額罰款通知書。輕微潔淨罪行包括在公眾地方亂拋垃圾、隨地吐痰、未經准許而展示招貼或海報，以及讓犬隻糞便弄污公眾地方。二零一九年，本署人員就這些違反清潔法例的行為共發出約47,950份定額罰款通知書。
個別地區的非法棄置垃圾黑點經常有人棄置垃圾和廢物，引致環境衞生問題。為此，本署由二零一九年八月開始把在非法棄置垃圾黑點安裝網絡攝錄機的計劃推展至全港，為期兩年，以遏止違例棄置垃圾的情況。
小販管理
政府的一貫政策是妥善規管持牌擺賣活動，並對無牌小販採取執法行動。對於無牌售賣熟食或限制出售食物，或在主要通道、行人絡繹不絕的地方或市民經常投訴的地點擺賣，本署一律依例執法。然而，如非上述情況，本署執法人員一般採取＂先警告、後檢控＂的方針行事。我們會繼續按上述方針，監察街上擺賣活動。
截至二零一九年年底，本港共有5,045名持牌固定攤位小販和370名持牌流動小販。
本署約有190支受過訓練的小販事務隊小隊，成員約為2,300人，負責小販管理和管制工作。
小販管理人員定期巡視固定小販攤位，並規管在街上擺賣的流動小販，確保小販遵守持牌條件和相關法例。此外，他們會採取執法行動，遏止持牌小販違例擺賣和取締非法擺賣活動。二零一九年，涉及擺賣而被法庭定罪的違例個案共有6,765宗。
本署在二零一三年六月推出為期五年的＂為固定小販排檔區小販推行的資助計劃＂，為全港43個固定小販排檔區內4,329名小販提供財政資助，以減低小販排檔區的火警風險。二零一七年，508個位於樓宇逃生樓梯出口對出或可能妨礙緊急車輛救援操作的固定攤位小販已全部搬遷。截至二零一八年六月二日（該計劃的結束日期），本署收到3,424宗搬遷及重建資助申請，另有854名小販交回牌照以領取特惠金，計劃的參與率接近99%。攤位重建工作已於二零一九年年初全部完成，所提供的財政資助為$2.3億元。
至於因計劃完結而騰出的空置小販攤位，以及小販排檔區內外因其他原因而空置的小販攤位，本署把當中435個合適的攤位重新編配，並簽發新牌照，讓有興趣從事小販行業並符合申請條件的人士申請。為期三星期的小販牌照申請期由二零一九年九月三十日至十月二十日。
截至申請期結束，食環署共接獲14,126份申請表，其中合資格的申請人有12,788人。這些申請人包括六名持牌報販、24名持牌流動小販、1,313名小販助手及11,445名公眾人士。本署於二零一九年十一月二十六日以電腦排序結合人手抽籤，決定申請人揀選攤位的先後次序。抽籤過程在本署網站直播。安排揀選攤位的程序於二零一九年十二月十日展開，而首個小販牌照已於二零一九年十二月三十日簽發。
店鋪阻街問題
店鋪非法擴展營業範圍屬街道管理事宜，涉及多個政府部門的職權範圍，不同部門各司其職。本署致力參與打擊店鋪阻街的跨部門工作，一直採取嚴厲的執法行動，遏止有關非法活動。對於在店鋪阻街黑點屢犯不改者會直接作出檢控，而非每次都事先給予警告。我們亦會在行動中把所涉貨物檢走，以提升阻嚇力。本署共成立了五支店鋪擴展管制特遣隊，在全港各店鋪阻街黑點加強執法行動。
此外，《定額罰款（公眾地方潔淨及阻礙）條例》於二零一六年九月二十四日生效，本署和警務處獲賦權執行有關的定額罰款制度，以更有效打擊店鋪阻街的問題。二零一九年，當局就店鋪阻街提出逾3,000宗檢控和發出7,600份定額罰款通知書。
年宵市場
本署於二零一九年一月三十日至二月五日期間，在13個地區合共設立15個年宵市場，並在二月二日至十九日期間設立沙田車公誕市場和大埔林村放馬莆新春市場。這些市場設有約2,100個攤位，售賣時花植物、傳統食品、節日布置用品、乾貨和快餐等。年宵／新春市場不僅為市民和遊客增添消閒購物好去處，更令農曆新年倍添節慶氣氛。
公眾街市及熟食場地
公眾街市和熟食中心／市場具備滿足市民對新鮮糧食、熟食和乾貨需求的重要功能。本港共有74個濕貨街市，設有約13,040個攤檔，售賣新鮮食物以至家居用品等貨品；此外，還有39個熟食中心和23個獨立熟食市場，共設有約970個攤檔。截至二零一九年年底，有12,231個攤檔租出、408個攤檔空置、1,375個攤檔因遷置安排和翻新工程等原因而被凍結。攤檔以競投方式出租，投得攤檔者須與本署簽訂租約。
二零一九年，本署透過舉辦多項推廣活動，增加公眾街市人流，包括在農曆新年、端午節、中秋節和聖誕節／元旦期間布置節日裝飾和舉辦慶祝活動、舉辦專題展覽，以及印製載有最新街市資訊並以多種語言編製的小冊子。
街市管理人員每天巡視街市，確保攤檔經營者遵守有關法例和租約條款。衞生督察定期巡查肉檔、家禽檔、魚檔和熟食檔，確保攤檔符合相關法例和衞生守則，以及保持食物清潔衞生。如有需要，他們會採取執管行動。二零一九年，本署檢控違例街市攤檔經營者的個案有1,774宗。
政府正全面檢視現有公眾街市，並會盡快制訂具體改善管理的措施，包括租金政策、續租攤檔、行業組合和日常管理等，以及研究提升街市管理諮詢委員會的功能，過程中會以謹慎和情理兼備的方式展開工作。
加強預防禽流感的措施
為加強防範人類感染禽流感，本署增加巡查現有128個活家禽零售點的次數，防止有人在零售處所存留活家禽過夜。在中秋節、冬至和農曆新年等主要中國傳統節日期間，零售點囤積活家禽的情況普遍，本署會加強巡查。
本署繼續實行各項預防措施，包括：（1）在活家禽零售點收集糞便、食水、去毛機和砧板樣本作禽流感病毒測試；（2）定期巡查活家禽零售點，確保零售商遵守預防禽流感的特定牌照或租約條件；（3）每天徹底清洗食環署街市的公用地方三次；（4）售賣活家禽的檔戶須在每日收市後清洗其攤檔，然後讓街市承辦商再徹底清洗其攤檔及消毒；（5）保持街市攤檔通風系統清潔；以及（6）定期巡查有野鳥聚集的公眾地方、清洗和消毒有關地點，並對餵飼野鳥而弄污公眾地方的人士嚴厲執法。
墳場、火葬場及骨灰安置所
本署轄下有六個政府火葬場、十個公眾墳場及九個公眾骨灰安置所，分別為市民提供火葬及土葬服務。此外，本署根據《私營墳場規例》，監察27個私營墳場的管理。市民在公眾墳場土葬先人遺骸，須於安葬六年後撿拾骨殖，然後火化或重新安葬於金塔墳場。
政府的一貫政策是鼓勵以火葬取代土葬，年內共有45,543具遺體（約佔93.5%）火化。本署於二零一三年二月和二零一五年十二月分別完成和合石火葬場和哥連臣角火葬場的重置工程，提高有關火葬場的火化量及運作效率，以應付市民對火葬服務日益增加的需求。此外，本署又不時為火葬設施引進環保的設備。
為方便市民預訂六個公眾火葬場（即哥連臣角、鑽石山、富山、和合石、葵涌和長洲火葬場）的火化時段，本署在港島灣仔胡忠大廈和九龍長沙灣政府合署分別設有辦事處，市民可選擇親自前往該兩個辦事處或由持牌殮葬商代為辦理預訂手續，或使用互聯網預訂。現時本署轄下九個公眾骨灰安置所合共提供約216,200個骨灰龕位。
私營骨灰安置所
自《私營骨灰安置所條例》（第630章）（條例）於二零一七年六月三十日生效後，任何人士必須領有指明文書（即牌照、豁免書或暫免法律責任書）才可營辦、維持、管理或以任何其他方式控制私營骨灰安置所，除非寬限期適用。如未有遵從上述法例規定，即屬違法，循簡易程序定罪，可處罰款200萬元及監禁三年，而循公訴程序定罪，則可處罰款500萬元及監禁七年。
私營骨灰安置所發牌委員會（發牌委員會）於二零一七年九月八日成立，是負責規管私營骨灰安置所的營辦和管理的法定組織。年內，發牌委員會批出四個私營骨灰安置所牌照，並原則上同意兩項牌照申請和一項暫免法律責任書申請，及拒絕了15組指明文書申請。截至二零一九年年底，發牌委員會正處理由117間私營骨灰安置所提交的290份的指明文書申請。
私營骨灰安置所事務辦事處為發牌委員會提供行政支援和處理與實施條例相關的事務。除處理指明文書申請外，該辦事處也進行巡查工作和採取執法行動，以打擊非法營辦的私營骨灰安置所。年內，該辦事處的人員實地巡查約450次，並調查約50宗涉嫌違反條例的個案，結果就四宗個案採取了拘捕行動及向其中三間骨灰安置所的營辦人提出檢控。
綠色殯葬
本署積極推動可持續的殯葬方式，鼓勵市民在12個紀念花園或指定的香港海域撒放先人骨灰。二零一零年一月，本署推出先導計劃，提供免費渡輪服務，方便家屬出海撒放先人骨灰。鑑於愈來愈多市民採用這個方式處理先人骨灰，本署於二零一二年一月中旬提升海上撒灰渡輪服務，使用載客量逾300人的較大型渡輪，免費接載使用服務的市民，讓家屬和親友在較寬敞的地方為先人舉行悼念儀式。二零一五年八月，渡輪班次進一步增加至逢周六（公眾假期除外）出發。二零一九年，本署處理了899宗海上撒灰和6,280宗紀念花園撒灰的申請。除免費渡輪撒灰服務外，由二零一四年清明節至今，本署已安排了24次紀念航程，於清明節和重陽節期間接載市民到撒放先人骨灰的海域追思逝者。截至二零一九年，有1,960個家庭共5,028名市民參加了紀念航程。
二零一零年六月，本署推出＂無盡思念＂網上追思服務，讓市民隨時隨地在特設網站（www.memorial.gov.hk）悼念逝去的摯愛親友，並於二零一一年和二零一八年先後推出該網站的流動版（m.memorial.gov.hk）和流動應用程式，方便使用者隨時隨地悼念先人。截至二零一九年年底，該網站有11,362名登記用戶，合共設立了14,140個紀念網頁。本署於二零一八年推出綠色殯葬專題網頁（www.greenburial.gov.hk），方便市民瀏覽綠色殯葬服務的資訊。本署又於新葵涌紀念花園附近設置電子屏幕，鼓勵及方便市民以電子方式悼念先人。此外，本署於二零一九年一月二十二日推出綠色殯葬中央登記名冊，鼓勵市民預早規劃，讓家人得知自己選擇綠色殯葬的心願。截至二零一九年年底，已有3,401名市民登記。