食物環境衞生署是香港食物業及一些行業的發牌當局。
發牌工作
食肆、食物製造廠、新鮮糧食店、烘製麪包餅食店、工廠食堂、燒味及鹵味店、冰凍甜點製造廠、奶品廠和凍房均須向本署申領牌照。此外，本署又簽發許可證給某些店鋪，以供售賣限制出售的食物，如冰凍甜點、奶類、非瓶裝飲料、涼茶、切開售賣的水果、壽司及刺身、不經烹煮而食用的蠔和肉類，以及經售賣機出售的食物等。卡拉OK場所的許可證亦由本署簽發。
食物業處所須符合法例所訂明的安全及衞生標準，才會獲發牌照。
劇院、戲院和娛樂遊戲機中心等公眾娛樂場所，以及商營浴室、私家泳池、殯儀館、殮葬商、屠房和厭惡性行業均須申領行業牌照。
暫准牌照
為方便食物業盡早開業，本署推行暫准牌照制度。根據這個制度，本署會向已符合衞生、樓宇安全和消防安全等重要規定的處所簽發暫准食物業牌照。暫准牌照的有效期為六個月，在這段期間，持牌人須履行所有尚未辦妥的規定，才可獲發正式牌照。
年內，本署共接獲2,190宗食物業暫准牌照的申請，並發出1,567個暫准牌照。由二零零一年開始，牌照申請人可在食物業暫准牌照簽發處的櫃檯領取暫准牌照。
已處理的牌照申請及簽發的牌照
年內，本署共接獲和處理2,437宗食物業牌照(包括1,167宗食肆牌照)申請、864宗售賣限制出售食物許可證申請、890宗公眾娛樂場所牌照申請及60宗其他行業牌照申請。負責處理牌照申請的三個牌照辦事處，分別設於港島、九龍和新界。
本署亦發牌予兩間戲院、八間娛樂遊戲機中心、一個會堂、六間商營浴室、49個私家泳池和六名殮葬商。
簽發酒牌
酒牌局於二零零零年一月一日成立，是獨立的法定機構。擬售賣酒類飲品的人士，須先向該局申領酒牌。
酒牌局通常每兩星期舉行兩次會議，處理有爭議的申請個案。該局行使法例賦予的權力，定期檢討與發牌和監管領有酒牌處所有關的政策。酒牌局的行政及文書服務，由本署人員提供。
至於沒有爭議的新領酒牌、酒牌續期、轉讓及修訂等申請，酒牌局把批准申請的權力，轉授予本署署長、副署長(環境衞生)、助理署長(行動)及酒牌局秘書。
年內，酒牌局接獲711宗酒牌及會社酒牌申請，並簽發了618個新牌照。此外，共有4,297個酒牌及會社酒牌獲准續期。
酒牌局定期舉辦酒牌事務研討會，讓申請人和持牌人知悉有關的法律責任和妥善管理其處所的責任。年內，該局為554名酒牌申請人及持牌人舉辦了11個研討會。
巡查工作
為確保持牌食物業處所遵守發牌及持牌條件，並符合法例訂明的衞生標準，衞生督察定期巡視和檢查這些處所。衞生督察除日常巡查外，亦進行突擊巡查和正式巡查。至於戲院、商營浴室及私家泳池等獲發行業牌照的處所，衞生督察也會定期巡查。
二零零三年二月十日，本署採用"以風險評估為本"的巡查制度，目的是集中資源，更頻密巡查風險較高、衞生水平較低的食物業處所。此外，巡查工作的重點除了一般的衞生檢查外，更着重食物安全檢查，以及即場提供衞生教育。
執法工作
食物業經營者如違反公眾衞生法例會被檢控。根據本署推行的違例記分制，他們如屢犯不改，牌照可能會被暫時吊銷或取消；如多次違反持牌條件，也會被暫時吊銷或取消牌照。此外，本署嚴厲對付無牌食物業處所，措施包括檢控違例者、即時拘捕屢犯者，以及申請封閉他們經營的處所。
為了更有效對付無牌經營及不合衞生的食物業處所，立法會在二零零二年年初通過修訂法例，訂立迅速而有效的機制，封閉無牌經營或對市民健康構成即時危害的食物業處所。新法例由二零零三年二月十四日起生效。
在二零零三年的下半年，本署在三個處所抽取的魚缸水樣本中發現霍亂弧菌，本署署長於是行使新法例賦予的權力，向該等處所發出封閉令。此外，本署又向法庭取得四份封閉令，封閉無牌食物業處所。
二零零三年對持牌及無牌食物業處所採取執法行動的統計數字
| 持牌食物業處所 | |
|---|---|
| 持牌食物業處所數目 | 18,788 |
| 巡查次數 | 264,585 |
| 檢控宗數 | 3,897 |
| 被暫時吊銷牌照數目 | 188 |
| 被取消牌照數目 | 3 |
| 無牌食物業處所 | |
| 正在申領牌照的無牌食物業處所數目 | 819 * |
| 並無申領牌照的無牌食物業處所數目 | 229 # |
| 巡查次數 | 40,381 |
| 檢控宗數 | 1,493 |
| 即時拘控 | |
| 掃蕩次數 | 80 |
| 被捕人數 | 140 |
| 其間發出禁止令數目 | 14 |
| 其間發出封閉令數目 | 4 |
* 二零零三年一月一日至十二月三十一日期間，正在申領牌照的無牌食物業處所總數。
# 二零零三年一月一日至十二月三十一日期間，並無申領牌照的無牌食物業處所總數。
年內，本署對無牌燒臘工場採取了16次掃蕩行動，檢控了一人。
衞生經理／衞生督導員計劃
為使食物業處所加強監督食物安全，本署計劃在二零零四年年底推行"衞生經理／衞生督導員計劃"，規定食物業處所必須委任一名衞生經理／衞生督導員，作為其中一項發牌或續牌條件。自二零零一年十二月起，本署為持牌食物業處所的督導級員工免費提供衞生督導員培訓課程。至於衞生經理培訓課程，持牌人則須自費為員工安排。衞生經理的培訓課程約需16至20小時，視乎個別學術／職業培訓機構所提供的課程而定；培訓衞生督導員的課程則約需六小時。截至二零零三年年底，本署舉辦了531個衞生督導員課程，共有19,380人修讀，而培訓機構培訓了大約3,199名衞生經理。
屠房
香港的鮮肉(即牛肉、豬肉和羊肉)是由上水屠房、荃灣屠房及長洲屠房三間私營屠房供應。除監管持牌屠房的運作，確保其環境及衞生標準符合規定外，本署還打擊非法屠宰活動。
為保障市民健康，在持牌屠房屠宰的牲口在屠宰前和屠宰後均須接受檢驗，以確保市場售賣的肉類適合供人食用。年內，本署對非法屠房採取了454次掃蕩行動，檢控了六人，並檢獲1,800公斤豬肉和豬隻屠體。本署亦對新鮮糧食店和街市肉檔進行了21,138次突擊巡查，以查核所售賣的肉類是否由未經核准的來源提供，結果檢控了九人。
本署也密切監察把進口冰鮮肉類當作新鮮肉類出售的違規活動。