本署其中一項主要職責，是保持香港市民的居住環境清潔衞生。本署在這方面提供的服務，包括清潔街道、收集垃圾、提供公廁、公眾街市和火葬場，以及管理小販。
清潔街道
本署約有3,800名潔淨工人，每天清掃和清洗街道、收集垃圾，以及管理公廁、公共浴室和垃圾收集站。
清掃街道對保持市容整潔非常重要。清掃工人從早到晚不停工作。清掃街道的次數由每天一次至八次不等，不分晝夜，視乎個別地區的需要而定。在主要的商業區和旅遊地點，每天清掃街道的次數約為四次至八次。
由二零零一年十一月開始，本署針對地區的環境問題，推行多項嶄新的清潔措施，包括調派長駐街道清潔值勤員在繁忙地點即時清理街上垃圾、清除非法張貼的招貼或海報，以及派遣流動潔淨隊清理衞生黑點。二零零三年年初嚴重急性呼吸系統綜合症爆發後，公眾對保持環境清潔衞生的意識不斷提高。為配合全城清潔策劃小組報告提出的改善香港環境衞生措施，本署提供了以下各項加強清潔和與潔淨有關的服務︰
- 加強清潔和清洗公眾地方及環境衞生黑點；
- 清潔和清洗私人小巷、舊式唐樓的公用地方，以及在該等地方進行小型維修工程和掃灰水；
- 加強防治鼠患和蚊患工作；以及
- 更頻密清洗街市、熟食中心和小販擺賣地點，以及增加清理街上袋裝垃圾的次數。
除以人手清掃街道外，本署的承辦商還用機動掃街車清潔公路、天橋、道路中央分隔欄和其他交通繁忙地區。如有需要，本署會派出特別潔淨隊清理衞生黑點。他們配備貨車和客貨車以供使用，並積極參與大規模行動，清理掃街工人無法處理的大件棄置物品和笨重物件。如發生交通意外或天災，特別潔淨隊亦負責緊急清理工作。
要保持行人道、小巷、小販區及街頭垃圾收集站清潔，必須清洗街道。街道清洗服務除由潔淨服務承辦商提供外，本署亦有47輛洗街車，日夜清洗街道。繁忙大街、街市和小販區每天清洗一次，鄉村道路則在有需要時清洗。至於交通非常繁忙的主幹道，沖洗方法是以高壓把水噴灑在排水明渠和中央分隔欄處。
路邊的溝渠通常每兩星期以人手清理一次，以及每星期加入滅蚊油，以防蚊蟲滋生。至於高速公路和天橋上的集水溝氣隔，則使用特別設備每六星期清理一次。現時，本署調配署內的八輛機械清渠車和承辦商的六輛機械清渠車來提供服務，並通常在午夜後車輛較少時才進行工作。
收集垃圾
為方便市民，本署幾乎在全港各巴士站、主要路口、渡輪碼頭大堂及公共運輸交匯處都設有廢屑箱。廢屑箱的清倒次數視乎收集量而定，由每天四次至八次不等。本署共設置約18,000個廢屑箱。此外，本署亦設置約454個狗廁和697個狗糞收集箱，方便養狗人士。
為鼓勵市民監察本署及潔淨服務承辦商員工的工作表現，本署在廢屑箱上列明清倒次數。另外，所有新設的廢屑箱均印上熱線號碼2868 0000，方便市民查詢和投訴。
本署在全港各處共設有2,920個垃圾收集站，包括157個永久離街垃圾收集站、95個臨時垃圾收集站、812個鄉村式垃圾收集站，以及1,856個垃圾桶放置處。各垃圾收集站都有不同的設計，以配合實際需要和實地環境。垃圾收集站是用作暫時貯存街道廢物和家居廢物，以待收集處理。只要情況許可，本署會改善現有廢物收集服務，務求盡量減少對附近居民可能造成的滋擾。
本署從公眾垃圾收集站收集家居廢物，每天至少一次。垃圾收集站通常由上午七時開放至下午三時三十分；繁忙地區的垃圾收集站則開放至晚上十一時三十分。本署共有224輛垃圾收集車，負責把各垃圾收集站的廢物運走。本署每天收集到大約5,899公噸家居廢物，其中港島佔1,268公噸，九龍佔1,851公噸，新界和離島則佔2,780公噸。本署的垃圾收集車會把這些廢物運往環境保護署轄下的廢物轉運站或堆填區處理。
減少廢物
為響應政府的減少廢物綱要計劃(1998-2007)，本署為設於公眾地方、學校、診所及政府轄下場地的1,938個廢物回收站，提供收集廢紙、鋁罐和膠樽服務。本署會在新建的垃圾收集站預留地方，設置廢物回收站，以便分開收集和貯存可循環再造的物料。
本署收集到的可循環再造物料日益增加，可見市民十分支持這項計劃。年內，每月收集到可循環再造物料的平均重量，分別是廢紙57,113公斤、鋁罐943公斤及膠樽17,167公斤。
為配合政府推行減少廢物和保護環境的政策，本署參與採用翻新輪胎的試驗計劃。這項計劃不但減少棄置舊輪胎的數目和減輕車輛的維修成本，更能達到減少廢物的目的。本署初期只選擇垃圾收集車試用翻新輪胎，如試驗成功，便會把這項計劃推廣至其他類別的車輛。
公廁及公共浴室
本署已展開公廁翻新計劃，改善現有的公廁設施。年內，本署改善了51個公廁的設施，並會繼續致力令公廁更加衞生、安全和舒適。現時所有公廁均有免費廁紙供應。
公廁主要設於渡輪碼頭大堂、巴士總站、郊遊地點、旅遊點及其他繁忙地區。由本署管理的公廁共有306個，其中94個在港島，61個在九龍，151個在新界和離島。此外，新界和離島共設有551個鄉村旱廁。
本港一些舊區現時仍有設備欠佳的住宅樓宇。本署在這些地區共設置28個公共浴室，其中7個在港島，11個在九龍，10個在新界和離島。
環境衞生滋擾
本署負責處理環境衞生滋擾問題，包括冷氣機滴水、垃圾堆積、排水管損壞和建築物滲水的問題，並會向有關人士發出勸誡信和法定通知。
違反清潔法例的行為
本署所有衞生督察、管工及小販管理職系人員，均獲授權向違反清潔法例的人發出傳票。除了日常的執法行動外，本署亦會採取特別行動檢舉垃圾蟲。年內，本署向違反清潔法例的人發出逾1,500張傳票，罰款總額超過180萬元。
《定額罰款(公眾地方潔淨罪行)條例》(第570章)於二零零二年五月二十七日生效。該條例授權執法人員向犯了輕微潔淨罪行的人發出定額罰款通知書(罰款額為600元)。輕微潔淨罪行包括在公眾地方亂拋垃圾、隨地吐痰、未經准許而展示招貼或海報，以及讓犬隻糞便弄污公眾地方。
為了加強規管和改善公眾衞生情況，由二零零三年六月二十六日起，政府把定額罰款制度的罰款由600元提高至1,500元。年內，本署共發出超過17,000張定額罰款通知書。
小販管理
為貫徹執行減少街頭販賣活動的政策，本署已停止簽發新的小販牌照，並把合資格的持牌小販遷置到公眾街市和熟食中心／市場經營。此外，本署又向小販提供優惠，鼓勵他們放棄牌照或遷入上述場所經營。這些措施實施後，持牌小販(包括固定攤位小販和流動小販)人數在二零零三年年底已減至8,270名。
年內，共有138名流動小販自願交回牌照，以換取三萬元特惠金或一個空置的固定攤位經營權，或以優惠租金租用一個街市檔位。此外，五名熟食檔經營者根據本署持續推行的購回小販牌照計劃自願交回牌照，以換取六萬元特惠金。
本署設有191支小販事務隊，屬下有大約2,200名受過訓練的人員，負責管理和管制小販的任務。支援設施包括控制中心和撿獲貨物倉庫。如有需要，警署內會設立小販處理中心，方便辦理檢控被捕小販的手續。
環境衞生人員定期巡視固定攤位，確保小販遵守持牌條件和相關法例。他們又負責管理在街上販賣的流動小販，如有需要會採取執法行動，遏止違例情況。二零零三年，被定罪的個案共有1,595宗。
鑒於當前的經濟狀況，小販管理隊人員在處理街頭販賣活動時，暫時會繼續採取經修訂的執法策略，對售賣非食物類乾貨的小販採取較容忍的態度。
公眾街市及熟食中心／市場
公眾街市及熟食中心／市場的設立，有助改善香港的整體環境衞生。本港現時有81個公眾街市，共14,831個檔位，售賣各種貨品，由新鮮食物以至家居用品都有。此外，本港還有38個熟食中心和24個獨立熟食市場，共1,048個檔位。另有四個街市現正興建或籌劃興建。
所有公眾街市攤檔均以競投方式出租，檔戶須與本署簽訂租約。根據現行政策，大部分檔戶享有租金減免優惠。
本署現正在花園街街市、紅磡街市、北葵涌街市和士美非路街市推行街市經理試驗計劃。計劃的目的是從私營機構聘請資歷較高並在專業管理方面有較豐富經驗的人士，專責管理公眾街市，藉以為公眾街市的管理注入新意念和新構思，以便日後評估公眾街市管理工作能否進一步改善。
本署管理街市的人員每天巡視街市的所有檔位，確保檔戶遵守租約條文及有關法例。衞生督察則會定期巡查肉檔、家禽檔、鮮魚檔和熟食檔，確保食物衞生及檔戶遵守相關的衞生守則和法例，保持食物清潔衞生。如有需要，他們會向違例人士採取執法行動。二零零三年，被定罪的個案共1,940宗。
墳場及火葬場
本署轄下的六個火葬場和11個公眾墳場，提供有效率和莊嚴得體的火葬及土葬服務。此外，本署還管理28個私營墳場，並監察其運作。政府的一貫政策是鼓勵市民採用火葬而非土葬。年內，本署為30,161具遺體(佔總數82.8%)提供火葬服務。八個紀念花園設有137,939個靈灰龕，本署以合理價格售予市民安放骨灰。
在公眾墳場土葬的遺骸，必須於六年後撿拾，然後火化或重葬於金塔墳場。
由於本港人口老化，以及市民對火葬服務的需求不斷增加，本署現正計劃改善火葬設施。
新設施
葵涌火葬場的新設施已於二零零三年三月底投入服務；富山火葬場的新設施，預定於二零零四年年中啟用。
為盡量減少火葬設施對環境的影響，只要情況許可，本署會興建火化量較大、效率更高但不會影響環境的火葬設施。本署現正積極籌劃更換鑽石山火葬場及和合石火葬場的火化爐。
本署已定下計劃，分期改善火葬場的儀式禮堂。歌連臣角火葬場的西式禮堂計劃於二零零四年翻新。
本署轄下設有六個公眾火葬場，即歌連臣角火葬場、鑽石山火葬場、富山火葬場、和合石火葬場、葵涌火葬場和長洲火葬場。為方便市民預訂上述火葬場的火化時段，本署於灣仔胡忠大廈和九龍長沙灣政府合署設有辦事處，市民可親自前往辦理預訂手續。