食物環境衞生署是香港食物業及一些行業的發牌當局。
發牌工作
食肆、食物製造廠、新鮮糧食店、烘製麪包餅食店、工廠食堂、燒味及鹵味店、冰凍甜點製造廠、奶品廠和凍房均須向本署申領牌照。本署又簽發許可證給某些店鋪，以供售賣限制出售的食物，如冰凍甜點、奶類、非瓶裝飲料、涼茶、切開售賣的水果、壽司及刺身、不經烹煮而食用的蠔和肉類，以及售賣機出售的食物等。食肆內的卡拉OK場所許可證亦是由本署簽發。
食物業處所須符合法例訂明的安全及衞生標準，才會獲發牌照。
劇院、戲院和娛樂遊戲機中心等公眾娛樂場所，以及商營浴室、私家泳池、殯儀館、殮葬商、屠房和厭惡性行業均須申領行業牌照。
暫准牌照
為方便食物業盡早開業，本署推行暫准牌照制度。根據這個制度，本署會向已符合衞生、樓宇安全和消防安全的各項基本規定的處所簽發暫准食物業牌照。暫准牌照的有效期為六個月，在這段期間，持牌人須履行所有尚未遵行的規定，才可獲發正式牌照。
年內，本署共接獲2,585宗暫准食物業牌照的申請，並發出1,621個暫准牌照。牌照申請人如已符合所有基本的發牌規定，可在一個工作天內在牌照簽發辦事處領取暫准牌照。
已處理的牌照申請及簽發的牌照
年內，本署共接獲和處理2,808宗食物業牌照(包括1,442宗食肆牌照)申請。此外，還有901宗售賣限制出售食物許可證申請、901宗公眾娛樂場所牌照申請及34宗其他行業牌照申請。負責處理牌照申請的三個牌照辦事處，分別設於港島、九龍和新界。
本署亦發牌予三間戲院、十間娛樂遊戲機中心、三間商營浴室、32個私家泳池和三名殮葬商。
簽發酒牌
擬售賣酒類飲品的人士，須先向獨立的法定機構酒牌局，申領酒牌。
酒牌局通常每星期舉行一次會議，處理有爭議的申請個案。該局行使法例賦予的權力，定期檢討與簽發酒牌和監管領有酒牌處所有關的政策。酒牌局的行政及文書服務，由本署人員提供。
至於沒有爭議的新領酒牌、酒牌續期、轉讓及修訂等申請，酒牌局把批准申請的權力轉授予本署署長、副署長(環境衞生)、助理署長(行動)及酒牌局秘書。
年內，酒牌局接獲844宗酒牌及會社酒牌申請，並簽發了763個新牌照。此外，共有4,710個酒牌及會社酒牌獲准續期。
酒牌局定期舉辦酒牌事務研討會，讓申請人和持牌人知悉有關的法律責任和妥善管理其處所的責任。年內，該局為622名酒牌申請人及持牌人舉辦了12個研討會。
巡查工作
為確保持牌食物業處所遵守發牌及持牌條件，並符合法例訂明的衞生標準，衞生督察定期巡視和檢查這些處所。除日常巡查外，衞生督察還進行突擊巡查和正式巡查。至於戲院、商營浴室及私家泳池等獲發行業牌照的處所，衞生督察也會定期巡查。
本署採用"以風險評估為本"的巡查制度，巡查持牌食物業處所；不同的食物業處所的巡查次數會有不同，目的是集中資源，更頻密巡查風險較高、衞生水平較低的持牌食物業處所。此外，巡查工作的重點除了一般的衞生檢查外，更着重在現場的食物安全檢查，以及即場提供衞生教育。
執法工作
食物業經營者如違反公眾衞生法例會被檢控。根據本署推行的違例記分制，他們如屢犯不改，牌照可能會被暫時吊銷或取消；另按警告信制度，多次違反發牌或持牌條件者，即會被取消牌照。
此外，本署嚴厲對付無牌食物業處所，措施包括檢控違例者、即時拘捕屢犯者，以及申請封閉他們經營的處所。年內，本署發出一份封閉令，封閉一個無牌食物業處所。
《2002年公眾衞生及市政(修訂)條例》提供有效的機制，當局可以封閉對市民健康構成即時危害的食物業處所。年內，本署署長行使法例賦予的權力，向兩個涉及食物中毒事故的處所，發出兩份封閉令。
二零零六年對持牌及無牌食物業處所採取執法行動的統計數字
| 持牌食物業處所 | |
|---|---|
| 持牌食物業處所數目 | 19,639 |
| 巡查次數 | 200,896 |
| 檢控宗數 | 3,030 |
| 暫時吊銷牌照數目 | 143 |
| 取消牌照數目 | 5 |
| 無牌食物業處所 | |
| 檢控宗數 | 1,328 |
| 封閉食物業處所 | |
| 發出封閉令數目 | 3 |
衞生經理／衞生督導員計劃
實施"衞生經理╱衞生督導員計劃"，旨在使食物業處所加強監督食物安全。計劃規定所有大型食店╱食物工場及製造高風險食物的食店╱食物工場均須委任衞生經理及衞生督導員各一名；其他食店╱食物工場則須委任一名衞生經理或衞生督導員。多間本地院校╱職業訓練中心提供獲本署認可的衞生經理╱衞生督導員課程。衞生經理的培訓課程需時約16至20小時，培訓衞生督導員的課程則約需六小時。自二零零一年十二月起，本署為持牌食物業處所負責督導工作的員工免費提供衞生督導員培訓課程。截至二零零六年年底，本署舉辦了1,085個衞生督導員課程，培訓了48,146名衞生督導員，而院校／訓練中心則培訓了15,570名衞生經理。
屠房
香港的鮮肉(即牛肉、豬肉和羊肉)是由上水屠房、荃灣屠房及長洲屠房三間私營屠房供應。除監管持牌屠房的運作，確保其環境及衞生標準符合規定外，本署還打擊非法屠宰活動。
為保障市民健康，在持牌屠房屠宰的牲口在屠宰前和屠宰後均須接受檢驗，以確保市場售賣的肉類適合供人食用。年內，本署對非法屠房採取了308次掃蕩行動和監察巡查，並成功打遏兩間非法屠房。本署亦對新鮮糧食店和街市肉檔進行了5,574次突擊巡查，以防止未經核准來源所提供的肉類進行銷售。
本署密切監察把進口冰鮮肉類當作新鮮肉類出售的不當行為，年內有兩宗個案，本署因而終止有關的街市攤檔租約。