本署另一項主要職責，是保持香港的居住環境清潔衞生。本署提供的服務包括清潔街道，收集廢物，管理公廁及旱廁、公眾街市、墳場、火葬場和靈灰安置所，以及管理小販。
清掃街道
本署約有3,500名潔淨工人提供多項服務，包括清掃和清洗街道、清理溝渠、收集廢物，以及管理公廁、旱廁和垃圾收集站。
清掃街道對保持市容整潔非常重要。清掃街道的次數由每天一次至八次不等，視乎地區需要而定。在主要的商業區和旅遊點，清掃街道的次數一般為每天四次至八次。
除以人手清掃街道外，本署亦會調配機械掃車清掃公路、天橋、道路中央分隔欄和其他交通繁忙地點。如有需要，本署會派遣特別潔淨隊(潔淨隊)清理衞生黑點。各潔淨隊均配備卸斗貨車，亦會動用客貨車，以清理掃街工人無法處理的大件棄置物品和笨重的廢物。如發生交通意外或天災，潔淨隊亦負責緊急清理工作。
為方便市民，本署幾乎在全港所有巴士站、各主要路口、渡輪碼頭及公共運輸交匯處設置約共20,000個廢屑箱。廢屑箱的清倒次數視乎地區需要而定，由每天一次至八次不等。為鼓勵市民監察本署及潔淨服務承辦商員工的工作表現，本署在廢屑箱上列明清倒次數。所有廢屑箱均印上本署的熱線電話號碼 2868 0000 ，方便市民查詢和投訴。此外，本署亦提供約480個狗廁所和950個狗糞收集箱，方便養狗人士。
清洗街道
本署定期清洗行人道、里巷、小販密集地區、垃圾收集站及衞生黑點。本署人員和潔淨服務承辦商員工組成大約90隊洗街隊。人流極高的行人專用區和小販／衞生黑點，每星期至少清洗兩次，繁忙地區每星期至少清洗一次，其他地區則視乎情況需要而清洗。主幹道路由於交通繁忙，本署難以提供一般的洗街服務，但會在非繁忙時間沖洗。
清理溝渠
路邊的溝渠一般每兩星期以人手清理一次。公路和天橋上的集水溝氣隔，則每六星期以機械清渠車清理一次，工作會在午夜後車輛較少時進行。
加強服務
自從二零零三年年初嚴重急性呼吸系統綜合症爆發後，本署實施多項加強街道潔淨的措施，以改善環境衞生。本署在二零零六年繼續提供下列各項加強清潔和與潔淨有關的服務︰
- 清除非法招貼和海報；
- 清潔垃圾收集站、旱廁，以及新界(包括離島區)的鄉村；
- 防治鼠患和蚊患工作；以及
- 清潔公眾街市、熟食中心和小販擺賣地點。
本署至今已把大約63%的街道潔淨服務外判，並設立監察和懲處機制，以確保承辦商提供的服務令人滿意。
收集垃圾
本署在全港共設約有3 120個垃圾收集站，包括159個永久離街垃圾收集站。這些收集站通常由上午7時開放至下午3時30分，繁忙地區的收集站更開放至晚上11時30分。本署還設有165個臨時垃圾收集站、747個鄉村式垃圾收集站，以及2,049個垃圾桶站。垃圾收集站的設計各有不同，為能因地制宜，配合實際需要。垃圾收集站是用作暫時貯存街道垃圾和家居廢物，以待收集處理。只要情況許可，本署會不斷力求改善，以盡量減少垃圾收集站對附近居民可能造成的環境滋擾。
本署人員和廢物收集承辦商從垃圾收集站收集家居廢物，每天至少一次。本署每天收集到約5,520公噸家居廢物，其中港島區佔1,176公噸，九龍區佔1,649公噸，新界和離島區則佔2,695公噸。廢物會運往環境保護署轄下的廢物轉運站或堆填區。
本署已把大約61%的垃圾收集服務外判。與其他外判服務一樣，本署設有監察和懲處機制，以確保廢物收集承辦商提供滿意的服務。
減少廢物
為響應政府減少廢物的政策，本署為設於公眾地方、學校、診所及政府轄下場地的1,969個廢物回收點，收集可循環再造的廢紙、金屬容器和塑膠物料。
年內，本署平均每月收集到的可循環再造物料，重量分別是廢紙43,140公斤、金屬容器2,056公斤和塑膠物料7,852公斤。
此外，本署的車輛盡量使用翻新輪胎，並計劃日後把使用新輪胎與翻新輪胎的比率增加至1比0.5。
公廁及旱廁
公廁主要設於渡輪碼頭、巴士總站、郊遊地點、旅遊點及其他繁忙地區。由本署管理的公廁共有368間，其中94間設在港島區、62間設在九龍區、212間設在新界和離島區。此外，新界和離島區另設有485間旱廁。
本署已展開公廁翻新計劃，改善舊公廁的設施。年內，本署改善了10個公廁／旱廁的設施，並會繼續致力令公廁更加衞生、安全和舒適。本署所管理的多個公廁已安裝新設施，例如紅外線感應水龍頭、乾手機、專為兒童而設的尿兜和洗手盆、嬰兒衞生枱，以及廁格內供使用者放置個人物品的置物架。現時所有公廁均已裝設空氣清新設備和免費供應廁紙，以營造方便舒適的環境。為確保公廁時刻保持清潔，本署在使用率高的公廁派駐廁所事務員，提供潔淨服務。
此外，為了落實政府把性別觀點納入主流的政策，以及確保工程在設計過程中考慮兩性的需要和看法，本署已把男女廁格的規劃比率定為1比2。
本署已展開一項為期三年的計劃，盡可能把大約100個位處熱門旅遊地點或使用率較高的旱廁改建為沖水式廁所，以符合現今的標準；整個計劃預計可望於二零零七年年底竣工。本署已在二零零六年把30個旱廁改建為沖水式廁所。至於因地點所限無法進行改善工程的旱廁，本署已展開試驗計劃，研究可否在這些旱廁使用除味劑來消除臭味。
環境衞生滋擾
本署負責處理環境衞生滋擾問題，包括冷氣機滴水、垃圾堆積和私人樓宇滲水等問題，並會向有關人士發出勸誡信和法定通知。
違反清潔法例的行為
本署所有衞生督察、管工及小販管理職系人員，均獲授權向觸犯潔淨罪行的人發出傳票。除了日常的執法行動外，本署亦會採取特別行動，對付亂拋垃圾的行為。年內，約有740宗因違反清潔法例而被定罪的個案，罰款總額超過90萬元。
《定額罰款(公眾地方潔淨罪行)條例》(第570章)授權執法人員向觸犯輕微潔淨罪行的人發出1,500元定額罰款通知書。輕微潔淨罪行包括在公眾地方亂拋垃圾、隨地吐痰、未經准許而展示招貼或海報，以及讓犬隻糞便弄污公眾地方。在二零零六年，本署共發出超過26,000張定額罰款通知書。
小販管理
為貫徹執行減少街頭販賣活動的政策，本署已停止簽發新的小販牌照，並把合資格的持牌小販遷置到公眾街市和熟食中心經營。此外，本署又向小販提供優惠，鼓勵他們放棄牌照或遷入上述場所經營。這些措施實施後，持牌小販(包括固定攤位小販和流動小販)人數在二零零六年年底已減至7,484名。
年內，共有48名流動小販自願交回牌照，以換取三萬元特惠金或一個空置的固定攤位經營權，或以優惠租金租用一個街市攤檔。此外，五名熟食檔經營者根據本署持續推行的購回小販牌照計劃自願交回牌照，換取六萬元特惠金。
本署設有191支小販事務隊，屬下有大約2,100名受過訓練的人員，負責管理和管制小販的工作。支援設施包括控制中心和檢獲貨品倉庫。如有需要，警署內會設立小販處理中心，方便辦理檢控被捕小販的手續。
環境衞生人員定期巡視固定攤位和管理在街上販賣的流動小販，確保小販遵守持牌條件和相關法例。他們並會採取執法行動，遏止持牌小販違例擺賣，以及無牌小販的非法販賣活動。年內遭法庭定罪的違例販賣及相關個案共26,695宗。
公眾街市及熟食中心／市場
公眾街市及熟食中心╱市場售賣新鮮糧食、熟食及乾貨，以迎合市民的需要。本港現時有78個公眾街市，共設有13,909個攤檔，售賣新鮮食物以至家居用品等各種貨品；此外，本港還有39個熟食中心和25個獨立熟食市場，共設有1,042個攤檔；其中合共11,448個攤檔已經租出，3,503個空置(包括因遷置安排和改善工程等特殊原因而被凍結的1,423個攤檔)。所有公眾街市攤檔均以競投方式出租，攤檔承租人須與本署簽訂租約。赤柱海濱小賣亭於二零零六年十月落成，將於二零零七年一月啟用。豉油街臨時熟食市場於二零零六年十二月關閉，另有兩個街市現正興建中。
本署已在選定的街市推行外判街市管理和潔淨工作試驗計劃，聘請具備專業管理人才的服務供應商，專責管理街市的日常運作。試驗計劃於二零零四年首先在一個地區推出。檢討了該計劃在二零零五年的運作成效後，本署於二零零六年把計劃擴展至另外兩個選定的地區。
年內，本署的街市推廣小組推行多項街市推廣措施，包括舉辦小型表演、節日裝飾場地、專題巡迴展覽、為街市承租人和市民舉辦工作坊和比賽，以及在新落成和已翻新的公眾街市舉辦刺激消費活動等。本署亦印製宣傳公眾街市和熟食市場的資料小冊子，並於每季出版《街市通訊》，作廣泛派發。
年內推行的其他措施包括在選定的街市改善方便顧客的設施，例如提供大型電子顯示屏、加設指示牌、改善照明和設置座椅等。
本署管理街市的人員每天巡視街市攤檔，確保攤檔承租人遵守租約條文及有關法例。衞生督察定期巡查肉檔、家禽檔、魚檔和熟食檔，確保承租人遵守相關的法例和衞生守則，保持食物清潔衞生。如有需要，他們會向違例者採取執法行動。年內，違例被定罪的個案共1,635宗。
活家禽零售商自願退還牌照或租約計劃
為了盡量減少接觸活家禽，以進一步減低人類感染禽流感的風險，本署在二零零四年七月十三日推出一項特惠計劃，鼓勵活家禽零售商自願退還牌照或終止租約。
根據計劃：
- 選擇退還新鮮糧食店牌照或放棄牌照上售賣活家禽的批准或終止街市家禽攤檔租約的活家禽零售商，可獲發放特惠補助金；
- 因僱主參與特惠計劃以致失業的活家禽零售業工人，可獲一筆過補助金；及
- 選擇繼續經營的售賣活家禽新鮮糧食店持牌人可獲貸款，以改善其設施的衞生情況。
這項計劃於二零零六年八月四日截止接受申請。截至二零零六年年底，已發放的特惠補助金共8,971萬元。
墳場、火葬場及靈灰安置所
本署轄下的六個火葬場和11個公眾墳場，提供火葬及土葬服務。此外，本署還根據《私營墳場規例》(香港法例第132BF章)監察28個私營墳場的運作。在公眾墳場土葬的遺骸，必須於六年後撿拾，然後火化或重葬於金塔墳場。
政府的一貫政策是鼓勵市民採用火葬而非土葬。年內，本署為32,215具遺體(佔總數約86%)提供火葬服務。由於本港人口老化，以及市民對火葬服務的需求日增，本署現正計劃提升火葬設施。只要情況許可，本署會興建火化量較大、效率更高且符合環保要求的火葬設施。
為方便市民預訂本署轄下六個公眾火葬場－即歌連臣角火葬場、鑽石山火葬場、富山火葬場、和合石火葬場、葵涌火葬場和長洲火葬場－的火化時段，本署在灣仔胡忠大廈和九龍長沙灣政府合署設有辦事處，市民可親自前往辦理預訂手續。
八個靈灰安置所設有大約145,000個靈灰龕，當中包括二零零六年於歌連臣角、葵涌及和合石現有靈灰安置所加建的約7,000個新靈灰龕；本署以相宜價格售予市民安放先人骨灰。