本署另一項主要職責，是保持香港的居住環境清潔衞生。本署提供的服務包括清潔街道，收集廢物，管理公廁及旱廁、公眾街市、墳場、火葬場和靈灰安置所，以及管理小販。
清掃街道
本署及潔淨服務承辦商轄下共有約8,100名潔淨工人，提供多項潔淨服務，包括清掃和清洗街道，清理溝渠，收集廢物，以及管理公廁、旱廁和垃圾收集站。
清掃街道對保持市容整潔非常重要。潔淨工人每天以人手清掃所有街道一至四次，視乎個別地區的需要而定。至於行人眾多的地區或熱門旅遊點，則每天清掃多達八次。
除以人手清掃街道外，本署亦會調配機械掃街車清掃公路、天橋、道路中央分隔欄和其他交通繁忙地點。如有需要，本署會調派特別潔淨隊清理衞生黑點。這些潔淨隊配備卸斗貨車，以清理掃街工人無法處理的大件棄置物品和笨重廢物。遇有交通意外或天災，潔淨隊亦負責緊急清理工作。
為方便市民，本署在全港各巴士站、主要路口、渡輪碼頭及公共運輸交匯處設置約共20,000個廢屑箱，並每天清倒一至八次，視乎個別地區的需要而定。廢屑箱上列明清倒次數及印上本署的熱線2868 0000，方便市民查詢和投訴。此外，本署亦提供約490個狗廁所和1,000個狗糞收集箱，方便養狗人士。
清洗街道
本署定期清洗公眾地方，包括行人道、里巷、小販認可區、垃圾收集站及衞生黑點。本署人員和潔淨服務承辦商員工組成約90支洗街隊，負責清洗街道。人流頻繁的行人專用區和小販／衞生黑點每星期至少清洗兩次，繁忙地區每星期至少清洗一次，而其他地區則視乎需要而定。至於交通繁忙的主幹道路，由於難以提供一般的洗街服務，潔淨工人會在非繁忙時間沖洗路面。
清理溝渠
路邊的溝渠一般每兩至四星期以人手清理一次。公路和天橋的集水溝氣隔，則每六星期以機械清渠車清理一次，清理工作會在午夜後車輛較少時進行。
加強服務
自從2003年年初嚴重急性呼吸系統綜合症爆發後，本署加強街道潔淨服務，以改善環境衞生。本署在2007年繼續提供下列各項清潔和與潔淨有關的服務︰
- 清潔新界及離島的垃圾收集站、旱廁及鄉村；
- 進行防治鼠患和蚊患的工作；以及
- 清潔公眾街市、熟食中心和小販擺賣地點。
本署已把大約64% 的街道潔淨服務外判，並設立監察和懲處機制，以確保承辦商提供的服務令人滿意。
收集垃圾
本署在全港設有3,113個垃圾收集站，包括160個永久離街垃圾收集站，167個臨時垃圾收集站，746個鄉村式垃圾收集站，以及2,040個垃圾桶站。永久離街垃圾收集站的開放時間一般由上午7時至下午3時30分，繁忙地區則至晚上11時30分。垃圾收集站採用不同的設計，以便能因地制宜，配合實際需要。垃圾收集站用作暫時存放街道垃圾和家居廢物，以待收集處理。只要情況許可，本署會作出改善，以盡量減少垃圾收集站對附近居民可能造成的環境滋擾。
本署人員和廢物收集承辦商員工，每天從垃圾收集站收集家居廢物至少一次。本署每天收集約5,336公噸家居廢物，其中港島區佔1,146公噸，九龍區1,623公噸，新界和離島區2,567公噸。這些廢物會運往環境保護署轄下的廢物轉運站或堆填區處理。
本署已把大約61% 的垃圾收集服務外判。本署設有監察和懲處機制，以確保廢物收集承辦商提供的服務令人滿意。
減少廢物
為響應政府減少廢物的政策，本署提供可循環再造物料收集服務，為設於公眾地方、學校、診所及政府場地的1,969個回收點收集廢紙、金屬容器和塑膠物料。
年內，本署平均每月收集到的可循環再造物料，分別是廢紙42,015公斤、金屬容器822公斤和塑膠物料9,098公斤。
此外，本署的車隊盡量使用翻新輪胎。過去一年，使用新輪胎與翻新輪胎的比率達到1比0.5的目標。
公廁及旱廁
公廁主要設於渡輪碼頭、巴士總站、郊遊地點、旅遊點及其他繁忙地區。由本署管理的公廁共429個，其中港島區有95個、九龍區63個、新界和離島區271個。此外，新界和離島區設有424個旱廁。
本署持續進行的公廁翻新／改善計劃，年內完成了五項工程。本署會繼續致力加強公廁的衞生，使公廁更加安全舒適。多個由本署管理的公廁已安裝新設施，例如紅外線自動感應水龍頭、乾手機、專為兒童而設的尿兜和洗手盆、嬰兒換尿片枱，以及廁格內供使用者放置個人物品的置物架。現時所有公廁均已裝設空氣清新設備，並免費供應廁紙，為使用者提供方便舒適的環境。為確保公廁時刻保持清潔，本署派駐廁所事務員在使用率高的公廁當值，提供潔淨服務。
為落實政府把性別觀點納入主流的政策，以及確保工程的設計顧及兩性的需要，本署已把男女廁格的規劃比率定為1比2。
本署展開由前全城清潔策劃小組提出的三年計劃，盡可能把大約100個位於熱門旅遊地點或使用率較高的旱廁改建為沖水式廁所。自2005年起，本署已把97個旱廁改建為沖水式廁所，其中包括在2007年改建的59個旱廁。其餘三個旱廁已經或將會拆卸，以便進行道路擴闊工程或土地類別修正工作。為了在2012至13年度完結前把所有旱廁改建為沖水式廁所，本署於2007年11月開始改建另外50個旱廁，工程將於2009年5月完成。
至於因地點所限而無法進行改善工程的旱廁，本署現正進行試驗計劃，研究以除味劑改善旱廁氣味的可行性。
環境衞生滋擾
本署負責處理環境衞生滋擾問題，包括冷氣機滴水、垃圾堆積和私人樓宇滲水所造成的問題，並會向有關人士發出勸誡信和法定妨擾事故通知，以確保有關的滋擾問題得以處理。
違反清潔法例的行為
本署的衞生督察、管工及小販管理職系人員均獲授權向干犯潔淨罪行的人士發出傳票。除了日常的執法工作外，本署亦會採取突擊行動，檢控亂拋垃圾者。年內，約有600宗違反清潔法例而被法庭定罪的個案。
《定額罰款(公眾地方潔淨罪行)條例》授權執法人員向干犯輕微潔淨罪行的人士發出1,500元定額罰款通知書。輕微潔淨罪行包括在公眾地方亂拋垃圾、隨地吐痰、未經准許而展示招貼或海報，以及讓犬隻糞便弄污公眾地方。2007年，本署共發出超過27,000份定額罰款通知書。
小販管理
本署一直採取減少街頭擺賣活動的政策。自1970年代起，本署在一般情況下不再簽發新的小販牌照，並把合資格的持牌小販遷置到公眾街市和熟食中心經營。此外，本署又向小販提供優惠，鼓勵他們放棄牌照或遷入公眾街市或熟食中心經營。這些措施實施後，持牌小販(包括固定攤位小販和流動小販)數目在2007年年底已減至7,236人。不過，近年越來越多社會人士希望保存本地文化傳統(包括擺賣活動和露天市集)。食物及衞生局現正聯同本署檢討小販發牌政策，包括研究可否在不影響環境衞生的前提下，再次簽發新的小販牌照，以及放寬有關繼承和轉讓小販牌照的規定。此外，亦有建議在小販發牌和地區層面的小販市集管理工作兩方面，加強區議會的角色。本署會就檢討所得的初步建議諮詢各小販協會和區議會。
本署繼續推行購回小販牌照計劃。年內，共有71名流動小販根據該項計劃自願交回牌照，以領取三萬元特惠金或換取一個空置的固定攤位經營權，或以優惠租金租用一個街市攤檔。此外，有六名熟食檔經營者自願交回牌照，領取六萬元特惠金。
本署設有191支小販事務隊，屬下有大約2,000名受過訓練的人員，負責小販管理和管制工作。本署提供的支援設施包括控制中心和檢獲物品貯存倉。如有需要，本署會在警署設立小販處理中心，方便辦理檢控被捕小販的手續。
環境衞生人員定期巡視固定攤位，以及規管在街上擺賣的流動小販，確保小販遵守持牌條件和相關法例。此外，他們會採取執法行動，遏止持牌小販違例擺賣和取締非法擺賣活動。年內，因違例或非法擺賣而被法庭定罪的個案共有27,262宗。
公眾街市及熟食中心／市場
公眾街市及熟食中心／市場售賣新鮮糧食、熟食及乾貨，以滿足市民的需要。現時，本港有79個公眾街市，共設有13,867個攤檔，售賣新鮮食物以至家居用品等貨品。此外，還有39個熟食中心和25個獨立熟食市場，共設有1,042個攤檔。年內，有11,383個攤檔租出，3,526個則空置(包括因遷置安排和改善工程等原因而凍結的1,181個攤檔)。所有攤檔均以競投方式出租，承租人須與本署簽訂租約。赤柱海濱小賣亭已於1月啟用，另有兩個新街市現正興建。
自2004年起，本署在選定的地區推行公眾街市管理和潔淨工作外判試驗計劃，聘請具備專業管理人才的服務供應商，負責管理街市的日常運作。截至2007年年底，共有五個地區把街市管理工作外判。
年內，本署的街市推廣小組在選定的公眾街市推行多項街市推廣活動，包括舉辦應節活動、烹飪示範和節日裝飾，專題巡迴展覽，透過資訊板以不同語文介紹健康食譜，舉辦專題工作坊和比賽，以及在新近翻新的公眾街市舉辦刺激消費活動等。本署亦印製公眾街市和熟食市場的資料小冊子，並出版《街市通訊》季刊，廣泛派發予市民。
該小組亦在選定的街市進行美化工程和提供方便顧客的設施，例如裝置大型電子顯示屏和懸掛巨型橫額或張貼外牆貼紙等。
本署的街市管理人員每天巡視街市，確保攤檔承租人遵守有關法例及租約條款。衞生督察定期巡查肉檔、家禽檔、魚檔和熟食檔，確保檔販遵守相關的法例和衞生守則，保持食物清潔衞生。如有需要，他們會採取執法行動，檢控違例者。年內，因違例而被法庭定罪的個案共有1,456宗。
墳場、火葬場及靈灰安置所
本署轄下有六個火葬場和11個公眾墳場，提供火葬及土葬服務。此外，本署根據《私營墳場規例》，監察28個私營墳場的運作。在公眾墳場土葬的遺骸須於安葬六年後撿拾骨殖，然後火化或重新安葬於金塔墳場。
政府的一貫政策是鼓勵火葬，而非土葬。年內，本署的火葬服務共處理34,427具遺體(佔總數約86%)。由於本港人口老化，以及市民對火葬服務的需求日增，本署現正計劃提升火葬設施。只要情況許可，本署會興建火化量較大、更具效率且符合環保要求的火葬設施。
為方便市民預訂六個公眾火葬場(即歌連臣角、鑽石山、富山、和合石、葵涌和長洲火葬場)的火化時段，本署在灣仔胡忠大廈和九龍長沙灣政府合署設有辦事處，市民可親自前往辦理預訂手續。
本署轄下的八個靈灰安置所，設有約146,000個價格相宜的靈灰龕，當中包括年內於長洲靈灰安置所加建的約1,000個新靈灰龕。為紓緩公眾靈灰龕短缺的情況，政府鼓勵市民可選擇把先人骨灰撒海或撒放在紀念花園。