本署另一項主要職責，是保持香港的居住環境清潔衞生。提供的服務包括清潔街道，收集廢物，管理公廁及旱廁、公眾街市、墳場、火葬場和靈灰安置所，以及管理小販。
清掃街道
本署及潔淨服務承辦商轄下共有約8,600名潔淨工人，提供多項潔淨服務，包括清掃和清洗街道、清理溝渠、收集廢物，以及管理公廁、旱廁和垃圾收集站。
清掃街道對保持市容整潔非常重要。視乎個別地區的需要，潔淨工人每天以人手清掃所有街道一至四次，行人眾多的地區或熱門旅遊點，則每天清掃多達八次。
除以人手清掃街道外，本署也會調配機械掃街車清掃公路、天橋、道路中央分隔欄和其他交通繁忙地點。如有需要，本署會調派特別潔淨隊清理衞生黑點。潔淨隊配備卸斗貨車，清理掃街工人無法處理的大件棄置物品和笨重廢物。遇有交通意外或天災，潔淨隊也負責緊急清理工作。
為方便市民，本署在全港各巴士站、主要路口、渡輪碼頭及公共運輸交匯處共設置約20,300個廢屑箱，視乎個別地區的需要，每天清倒一至八次。此外，本署提供約490個狗廁所和1,040個狗糞收集箱。
清洗街道
本署定期清洗公眾地方，包括行人道、里巷、小販認可區、垃圾收集站及衞生黑點。本署人員和潔淨服務承辦商員工組成108支洗街隊，人流頻繁的行人專用區和小販∕衞生黑點每星期至少清洗街道兩次，繁忙地區每星期至少清洗一次，而其他地區則視乎需要而定。至於交通繁忙的主幹道路，由於難以提供一般的清洗服務，潔淨工人會在非繁忙時間進行沖洗。
清理溝渠
路邊的溝渠每兩至四星期以人手清理一次。公路和天橋的集水溝氣隔則每六星期以機械清渠車清理一次，清理工作會在午夜後車輛較少時進行。
加強服務
自從2003年年初爆發嚴重急性呼吸系統綜合症後，本署加強街道潔淨服務，以改善環境衞生。本署在2008年繼續提供下列各項清潔和相關服務︰
- 清潔新界及離島的垃圾收集站、旱廁及鄉村；
- 進行防治鼠患和蚊患的工作；以及
- 清潔公眾街市、熟食中心和小販擺賣地點。
本署已把大約67% 的街道潔淨服務外判，並設立監察和懲處機制，確保承辦商提供的服務令人滿意。
收集垃圾
本署在全港設有3,117個垃圾收集站，包括159個永久離街垃圾收集站，29個臨時垃圾收集站，747個鄉村式垃圾收集站，以及2,182個垃圾桶站。永久離街垃圾收集站的開放時間一般由上午7時至下午3時30分，繁忙地區則至晚上11時30分。垃圾收集站採用不同的設計，因地制宜，配合實際需要。垃圾收集站用作暫時存放街道垃圾和家居廢物，以待收集處理。只要情況許可，本署會作出改善，以盡量減少垃圾收集站對附近居民可能造成的環境滋擾。
本署每天從垃圾收集站收集家居廢物至少一次。本署每天收集約5,160公噸家居廢物，其中港島區佔1,069公噸，九龍區1,593公噸，新界和離島區2,498公噸。這些廢物會運往環境保護署轄下的廢物轉運站或堆填區處理。
本署已把大約69% 的垃圾收集服務外判。本署設有監察和懲處機制，確保廢物收集承辦商提供的服務令人滿意。
減少廢物
為響應政府減少廢物的政策，本署提供可循環再造物料收集服務，為設於公眾地方、學校、診所及政府場地的2,150個回收點收集廢紙、金屬容器和塑膠物料。
年內，本署平均每月收集到的可循環再造物料，分別是廢紙42,556公斤、金屬容器608公斤和塑膠物料8,225公斤。
此外，本署的車隊盡量使用翻新輪胎。過去一年，使用新輪胎與翻新輪胎的比率為1比0.48。
公廁及旱廁
公廁主要設於旅遊點及繁忙地區包括渡輪碼頭、巴士總站及郊遊地點。由本署管理的公廁共458個，其中港島區有95個、九龍區63個、新界和離島區300個。此外，新界和離島區設有397個旱廁。
本署繼續進行公廁翻新∕改善計劃，年內共完成九項工程。本署致力使公廁更加衞生、安全和舒適。本署管理的多個公廁已安裝新設施，例如紅外線自動感應水龍頭、乾手機、專為兒童而設的尿兜和洗手盆、嬰兒換尿片枱，以及廁格內供使用者放置個人物品的置物架。現時所有公廁均已裝設空氣清新設備，並免費供應廁紙，為使用者提供方便舒適的環境。為確保公廁時刻保持清潔，本署在使用頻繁的公廁派駐當值廁所事務員，提供潔淨服務。
按照政府把性別觀點納入主流的政策，以及確保工程的設計顧及兩性的需要，本署把男女廁格的規劃比率定為1比2。
本署在2008年繼續進行旱廁改建計劃，以期在2012至13年度或之前，把所有旱廁分階段改建為沖水式廁所。本署於2007年11月開始改建50個旱廁，於2009年5月或之前完成，而其中24個旱廁已於年內改建為沖水式廁所。本署亦已於2008年11月展開下一期工程，以改建另外80個旱廁，這期工程將於2010年年中或之前完成。
倘旱廁因工地限制而無法進行改善工程，本署會使用微生物除味劑減輕旱廁的氣味。
環境衞生滋擾
本署負責處理環境衞生滋擾問題，包括樓宇滲水、冷氣機滴水和垃圾堆積，並會向有關人士發出勸誡信和法定妨擾事故通知，以確保滋擾問題獲得處理。年內，本署就上述三類環境滋擾分別處理了約22,000宗、13,000宗及5,000宗投訴個案。
違反清潔法例的行為
本署的衞生督察、管工及小販管理職系人員均獲授權向干犯潔淨罪行的人發出傳票。除了日常執法工作外，本署亦會採取突擊行動，檢控亂拋垃圾者。年內，約有600宗違反清潔法例而被法庭定罪的個案。
《定額罰款(公眾地方潔淨罪行)條例》授權執法人員向干犯輕微潔淨罪行的人發出1,500元定額罰款通知書。輕微潔淨罪行包括在公眾地方亂拋垃圾、隨地吐痰、未經准許而展示招貼或海報，以及讓犬隻糞便弄污公眾地方。2008年，本署人員共發出約32,000份定額罰款通知書。
小販管理
本署一直採取減少街頭擺賣活動的政策。自1970年代起，本署在一般情況下不再簽發新的小販牌照，並把合資格的持牌小販遷置到公眾街市和熟食中心經營。此外，本署又向小販提供優惠，鼓勵他們放棄牌照或遷入公眾街市或熟食中心經營。這些措施實施後，持牌小販(包括固定攤位小販和流動小販)數目在2008年年底已減至7,135人。
近年越來越多社會人士希望保存本地文化傳統(包括擺賣活動和露天市集)。食物及衞生局聯同本署檢討小販發牌政策，包括研究可否在不影響環境衞生的前提下，再次簽發新的小販牌照，以及放寬有關繼承和轉讓小販牌照的規定。此外，有建議在小販發牌和地區層面的小販市集管理工作兩方面，加強區議會的角色。有鑑於此，本署就初步建議徵詢立法會食物安全及環境衞生事務委員會、18個區議會、超過20個小販團體和持份者。
本署設有191支小販事務隊、約2,000名受訓人員，負責小販管理和管制工作。如有需要，本署會在警署設立小販處理中心，方便辦理檢控被捕小販的手續。
環境衞生人員定期巡視固定小販攤位，以及規管在街上擺賣的流動小販，確保小販遵守持牌條件和相關法例。此外，他們會採取執法行動，遏止持牌小販違例擺賣和取締非法擺賣活動。年內，與擺賣有關而被法庭定罪的違例個案共有26,656宗。
公眾街市及熟食中心/市場
公眾街市及熟食中心或市場售賣新鮮糧食、熟食及乾貨，以滿足市民的需要。本港共有80個公眾街市，設有13,772個攤檔，售賣新鮮食物以至家居用品等貨品。此外，還有40個熟食中心和25個獨立熟食市場，共設有1,046個攤檔。年內，有11,392個攤檔租出，2,406個空置及因遷置安排和改善工程等原因而凍結的1,020個攤檔。攤檔以競投方式出租，承租人須與本署簽訂租約。愛秩序灣街市於8月啟用，而新灣仔街市則於9月啟用，取代舊灣仔街市。
自2004年起，本署在選定的地區推行公眾街市管理和潔淨工作外判計劃，聘請管理服務公司負責管理街市的日常運作。截至2008年年底，共有11個地區把街市管理工作外判。
年內，本署的街市推廣小組在選定的公眾街市推行街市推廣活動，包括舉辦應節活動、烹飪示範和節日裝飾、專題巡迴展覽，以及專題講座或工作坊。本署印製公眾街市和熟食市場資料小冊子，並出版《街市通訊》季刊，廣泛派發予市民。
街市管理人員每天巡視街市，確保攤檔承租人遵守有關法例及租約條款。衞生督察定期巡查肉檔、家禽檔、魚檔和熟食檔，確保檔販遵守相關的法例和衞生守則，保持食物清潔衞生。如有需要，他們會採取執法行動，檢控違例者。年內，因違例而被法庭定罪的個案共有1,050宗。
加強預防禽流感病毒的措施
6月，從保安道街市、聯和墟街市、仁愛街市和鴨脷洲街市的活家禽攤檔抽取的部分環境樣本，證實對H5N1禽流感病毒測試呈陽性反應。當局因而屠宰全港零售點約6,000隻活家禽，暫停從內地進口活家禽，並禁止本地家禽農場把活家禽運往市場出售，為期21天。
為防止病毒在零售點積聚，當局於7月2日實施《食物業(修訂)規例》，禁止在零售處所存留活家禽過夜。
為保障公眾健康，並進一步減低人類感染禽流感的風險，立法會財務委員會於7月14日批准撥款6億多元，實施活家禽零售商自願退還牌照∕租約安排。活家禽零售商可自願放棄售賣活家禽准許，以領取特惠補助金，而受影響的工人也可獲發放一筆過補助金。上述安排已於9月24日截止，本署收到333份申請。
墳場、火葬場及靈灰安置所
本署轄下有六個火葬場和11個公眾墳場，提供火葬及土葬服務。此外，本署根據《私營墳場規例》，監管28個私營墳場的運作。在公眾墳場土葬的遺骸須於安葬六年後撿拾骨殖，然後火化或重新安葬於金塔墳場。
政府的一貫政策是鼓勵以火葬取代土葬。年內，共有36,410具遺體(佔總數約87%)火化。本署正進行改進火葬設施工程，增加火化量及加強效率，以應付市民對火葬服務日益增加的需求。此外，本署亦會引進符合環保要求的火葬設施。
為方便市民預訂六個公眾火葬場(即歌連臣角、鑽石山、富山、和合石、葵涌和長洲火葬場)的火化時段，本署在灣仔胡忠大廈和九龍長沙灣政府合署設有辦事處，市民可親自前往辦理預訂手續。
本署轄下的八個公眾靈灰安置所設有約149,300個價格相宜的靈灰龕，當中包括葵涌靈灰安置所於年內建成的約3,300個新靈灰龕。為紓緩公眾靈灰龕短缺的情況，政府鼓勵市民把先人骨灰撒海或撒放在紀念花園。