行政及發展部為部門提供各種管理及支援服務。
職系管理
衞生督察職系、小販管理主任職系及管工職系是本署三個主要職系。兩名職系經理分別負責管理衞生督察職系和小販管理主任及管工職系人員，處理人力策劃、職業前途發展、職位調派、員工晉升及培訓等事宜。
衞生督察負責執行有關環境衞生及食物安全的職務，例如處理環境滋擾個案、發牌、檢控、肉類檢驗、潔淨服務、服務外批、防治蟲鼠、小販管理、街市管理、墳場及火葬場管理、食物管制及衞生教育。
小販管理主任負責規管街上擺賣活動，管理小販認可區，以及對非法擺賣活動採取執法行動。他們亦負責檢控干犯潔淨罪行的人(例如亂拋垃圾和隨地吐痰者)。
管工主要負責督導初級人員執行街市管理、街道潔淨、廢物收集和防治蟲鼠等工作，以及監察本署承辦商的服務表現。他們亦對干犯潔淨罪行的人採取法律行動。
員工培訓
本署推行員工培訓及發展工作，以提升員工的整體工作能力，讓他們發揮所長，為市民服務。本署開辦多項培訓課程，配合部門的措施，因應工作所需提升員工的專業水平和能力，加深員工對職業安全及健康的認識，以及協助員工為職業前途發展做好準備。本署有在本地舉辦培訓課程，也有派員往外地受訓，主要是職業訓練、管理、資訊科技、職業安全和傳意等課程。2008年，本署共開辦和統籌了497個課程，受訓學員有10,704人次，受訓日數共28,173天。
年內，本署重新設計管工及助理小販管理主任的入職課程，為約140名新聘人員，提供掌握執行職務所需的能力的訓練。此外，本署向54名人員提供全部或部分課程費用資助，讓他們在公餘時間修讀與職務相關的課程；安排了64名員工參與46個在香港以外地區舉辦的課程，受訓日數共497天。
管理參議
管理參議主要包括管理諮詢和統計服務，以協助部門提高公共服務水平，監察服務表現水準，制訂提供服務及員工管理的政策。管理參議、調查及統計組繼續提供諮詢服務，以協助部門實施各項研究的建議，以及向各組別提供技術意見，協助他們進行統計調查和分析所得數據。
年內，管理參議、調查及統計組完成三項管理研究。此外，該組又進行多項市民對本署服務或設施的滿意程度，以及市民對食物安全和營養標籤的態度的統計調查。
財務管理
註：由於進位原因，百分比相加後未必相等於100%。
財務及物料供應科負責處理所有開支和採購事宜，包括支付款項、提供財務意見和進行監管。
年內，本署的開支總額為44.61億元，員工薪酬及津貼和與員工有關連的開支佔22.88億元，部門開支及其他費用佔17.41億元，資本及非經常開支則佔4.32億元。
按工作性質分類，本署大部分開支用於提供環境衞生服務(17.5億元)，其餘依次為街市及小販管理(13.77億元)、食物安全及公共衞生(6.68億元)、食物業監管(3.87億元)、行政及發展(2.61億元)、公眾教育及市民參與計劃(1,800萬元)。
年內，本署的收入為7.42億元，其中大部分來自本署轄下公眾街市攤檔的租金(3.57億元)及簽發牌照和許可證的收費(2.47億元)。其他收入來源包括墳場和火葬場服務收費(6,200萬元)、肉類檢驗費(2,100萬元)及其他雜項服務收費(5,500萬元)。
建設工程
在2008年政府基本工程計劃資源分配工作中，與食物和環境衞生服務有關的建設工程所得的五年撥款估計為24.98億元，其中約6.26億元用以支付正在施工的工程開支或清繳已完竣的工程尚未繳付的帳目，其餘18.72億元則預留進行新工程。
街市
兩個新街市，即愛秩序灣街市和灣仔街市，分別於8月和9月啟用。
楊屋道街市的一般改善工程已於年內完成，荃灣街市、榮芳街街市、上環街市、保安道街市及熟食中心、花園街街市及熟食中心、同益街市和藍地街市的一般改善工程則正在進行。
西貢街市的一般改善工程正在籌劃階段 。
垃圾收集站
為改善香港的居住環境，本署繼續在設有現代化除臭裝置的密封式建築物提供離街垃圾收集設施，以取代路旁的臨時垃圾收集站。年內，屯門達仁坊垃圾收集站的重建工程已竣工。
公廁
年內，共有四個新公廁竣工，分別是馬料水海濱公廁、科研路公廁、老圍路公廁和達東路公廁。
此外，根據公廁翻新∕改善計劃，年內本署共完成九項工程，另有61項工程正在進行或在籌劃階段。
本署繼續進行旱廁改建計劃，以期在2012至13年度或之前把所有旱廁改建為沖水式廁所，本署於2007年11月開始改建50個旱廁，工程預計於2009年5月或之前完成，而其中24個旱廁的改建工程已於年內完成。本署也於2008年11月開始改建另外80個旱廁，工程將於2010年年中或之前完成。
墳場及火葬場
在葵涌靈灰安置所興建約3,300個靈灰龕的工程於2008年完成。鑽石山火葬場重建計劃(第二期)包括興建兩個儀式禮堂及附屬設施，並且在鑽石山增建一座設有18,500個靈灰龕的靈灰安置所，工程將於2009年年初竣工。本署現正籌劃的項目，包括重建和合石火葬場及歌連臣角火葬場，在和合石橋頭路興建靈灰安置所及紀念花園和重置鑽石山紀念花園。
外批服務
截至2008年年底，本署與私人承辦商簽訂的服務合約共有131份，總值24.288億元。外批服務的目的，是提高服務的成本效益和效率。
批給私人承辦商負責的服務，包括街道潔淨、廢物收集、機械清掃街道、機械清渠、回收可循環再造物料、街市∕小販市場潔淨、街市管理及相關服務、防治蟲鼠、市政大廈潔淨、保安員、動物屍體收集和墳場和靈灰安置所潔淨及剪除雜草等。
本署批出的合約訂明可量度的服務表現標準，以確保承辦商的服務質素。此外，本署的標書載明保障非技術工人權益的條款。本署人員除每日巡查外，還進行監察查核，確保承辦商遵守合約條款。
投訴管理
投訴管理組負責制訂和檢討有關處理各類投訴的政策及程序。年內，本署共收到159,100個要求或轉介個案，絕大部分為資料查詢或尋求服務。涉及員工和部門服務的投訴個案數量佔個案總數一個小百分率。
服務質素檢定
本署的首要工作之一是不斷改善服務質素，確保為市民提供優質服務。
服務質素檢定組主要負責每天巡查由本署及服務承辦商提供的各項服務，如發現現行工作制度、程序及指引有不足之處，便會提出改善建議。該組亦會提名表現出色的員工領受服務質素檢定獎和員工嘉許狀，以激勵表現優異、工作勤奮的前線人員。此外，服務質素檢定組負責以獨立、客觀和公正的方式，調查員工在工作上行為失當的個案和服務承辦商違反僱傭規定的投訴。
公眾教育及宣傳
在落實本署絕大部分工作及措施方面，公眾教育十分重要，是確保食物安全和改善環境衞生不可或缺的一環。為推行公眾教育，本署舉辦宣傳及教育活動，並舉行展覽、外展計劃和研討會，以提高市民對食物安全和環境衞生的認識。
本署於花園街市政大廈設有傳達資源小組，並在九龍公園內設立衞生教育展覽及資料中心。
衞生教育展覽及資料中心為學校、老人中心、兒童及青少年中心、殘疾人士團體及市民安排團體參觀及導覽活動，又定期舉辦研討會、講座和外展活動。年內，中心的參觀人數達124,901人次。中心為幼稚園及中小學舉辦1,075次講座和活動，為老人中心和市民舉辦的講座則分別有962次和335次。另外，中心的流動教育中心(一輛宣傳車)，在2008年曾到訪220多所學校、屋邨及公園推廣公眾健康和環境衞生的信息。 。
在食物安全方面，本署為食物業界和巿民推行多項宣傳和教育計劃，主題包括營養標籤、基因改造食物、食物安全重點控制系統、風險認知，以及其他新訂的食物安全措施和規則。鑒於2008年奧林匹克運動會和殘疾人奧林匹克運動會馬術比賽在香港舉行，本署特別為膳食供應商舉辦食物安全教育活動。2008年的宣傳活動主題為"食物安全五要點"，本署舉辦各類活動推廣有關信息。
因應食物業界的需要，本署每兩個月舉辦一次關於食肆牌照的研討會，向已申領食肆牌照或有意經營食物業的人士講解領牌事宜。
本署於2008年繼續舉辦宣傳活動，在電視和電台播放宣傳短片和聲帶、製作橫額、海報、小冊子和單張，傳遞環境衞生信息。此外，本署舉行滅鼠運動和滅蚊運動，推動市民支持和參與防治蟲鼠工作。本署亦會向由非政府機構舉辦的清潔活動∕工作提供支援。