本署另一項主要職責，是保持香港的居住環境清潔衞生。有關服務包括清潔街道，收集廢物，管理公廁及旱廁、公眾街市、墳場、火葬場和靈灰安置所，以及管理小販。
清掃街道
本署及潔淨服務承辦商轄下共有約10,100名潔淨工人，提供多項潔淨服務，包括清掃和清洗街道、清理溝渠、收集廢物，以及管理公廁、旱廁和垃圾收集站。
清掃街道對保持市容整潔非常重要。視乎個別地區的需要，潔淨工人每天以人手清掃所有街道一至四次，行人眾多的地區或熱門旅遊點，則每天清掃多達八次。
除以人手清掃街道外，本署也會調配機械掃街車清掃公路、天橋、道路中央分隔欄和其他交通繁忙地點。如有需要，本署會調派特別潔淨隊清理衞生黑點。潔淨隊配備卸斗貨車，清理掃街工人無法處理的大件棄置物品和笨重廢物。遇有交通意外或天災，潔淨隊會負責緊急清理工作。
為方便市民，本署在全港各巴士站、主要路口、渡輪碼頭及公共運輸交匯處共設置約20,900個廢屑箱，視乎個別地區的需要，廢屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供約510個狗廁所和1,330個狗糞收集箱 。
清洗街道
本署定期清洗公眾地方，包括行人道、里巷、小販認可區、垃圾收集站及衞生黑點。本署人員和潔淨服務承辦商員工組成112支洗街隊，人流頻繁的行人專用區和小販∕衞生黑點每星期至少清洗街道兩次，繁忙地區每星期至少清洗一次，而其他地區則視乎需要而定。至於交通繁忙的主幹道路，由於難以提供一般的清洗服務，潔淨工人會在非繁忙時間進行沖洗。
清理溝渠
路邊的溝渠每兩至四星期以人手清理一次。公路和天橋的集水溝氣隔則每六星期以機械清渠車清理一次，清理工作會在午夜後車輛較少時進行。
本署已把大約71%的街道潔淨服務外判，並設立監察和懲處機制，確保承辦商提供的服務令人滿意。
收集垃圾
本署在全港設有3,220個垃圾收集站，包括158個永久離街垃圾收集站，25個臨時垃圾收集站，678個鄉村式垃圾收集站，以及2,359個垃圾桶站。永久離街垃圾收集站的開放時間一般由上午7時至下午3時30分，繁忙地區則至晚上11時30分。垃圾收集站採用不同的設計，因地制宜，配合實際需要。垃圾收集站用作暫時存放街道垃圾和家居廢物，以待收集處理。只要情況許可，本署會作出改善，以盡量減少垃圾收集站對附近居民可能造成的環境滋擾。
本署負責從垃圾收集站收集家居廢物，每天至少收集一次。本署每天收集約5,220公噸家居廢物，其中港島區佔1,050公噸，九龍區1,610公噸，新界和離島區2,560公噸。這些廢物會運往環境保護署轄下的廢物轉運站或堆填區處理。
本署已把大約72% 的垃圾收集服務外判，並設立監察和懲處機制，確保廢物收集承辦商提供的服務令人滿意。
減少廢物
為響應政府減少廢物的政策，本署提供可循環再造物料收集服務，為2,577個分別設於公眾地方、學校、診所及政府場地的回收點收集廢紙、金屬和塑膠物料。
年內，本署平均每月收集到的可循環再造物料，分別是廢紙45,945公斤、金屬745公斤和塑膠物料10,480公斤。
此外，本署的車隊盡量使用翻新輪胎。過去一年，使用新輪胎與翻新輪胎的比率為1比0.43 。
公廁及旱廁
公廁主要設於旅遊點及繁忙地區，包括渡輪碼頭、巴士總站及郊遊地點。由本署管理的公廁合共539個，其中港島區有95個、九龍區63個、新界和離島區381個。此外，新界和離島區設有314個旱廁。
本署繼續進行公廁翻新∕改善計劃，年內共完成18項工程。本署致力使公廁更加衞生、安全和舒適，並已在多個公廁安裝新設施，例如紅外線自動感應水龍頭、乾手機、專為兒童而設的尿兜和洗手盆、嬰兒換尿片枱，以及廁格內供使用者放置個人物品的置物架。現時所有公廁均已裝設空氣清新設備，並免費供應廁紙。為確保公廁時刻保持清潔，本署在使用頻繁的公廁派駐廁所事務員，提供潔淨服務。
按照政府把性別觀點納入主流的政策，以及確保工程的設計顧及兩性的需要，本署把男女廁格的規劃比率定為1比2。
本署在二零零九年繼續進行旱廁改建計劃，以期在二零一三年或之前分階段把所有旱廁改建為沖水式廁所。本署於二零零七年十一月開始改建50個旱廁，於二零零九年五月或之前完成，工程中餘下的26個旱廁已按計劃全部於年內改建為沖水式廁所。本署已於二零零八年十一月開始改建另外80個旱廁，工程預計於二零一零年年中或之前完成，其中51個旱廁已於年內改建為沖水式廁所。此外，本署亦已於二零零九年十一月展開下一期工程，以改建另外90個旱廁，這期工程將於二零一一年年中或之前完成。
至於仍待改建或因工地限制而無法進行改善工程的旱廁，本署會使用微生物除味劑減輕臭味，並為使用者免費提供廁紙和梘液。此外，本署積極推行計劃，在全港旱廁加裝電動乾手機。
環境衞生滋擾
本署負責處理環境衞生滋擾問題，包括樓宇滲水、冷氣機滴水和垃圾堆積，並會向有關人士發出勸誡信和法定妨擾事故通知，以確保滋擾問題獲得處理。二零零九年，本署就上述三類環境滋擾分別處理了約21,700宗、17,700宗及6,000宗投訴個案。
違反清潔法例的行為
本署的衞生督察、管工及小販管理職系人員均獲授權向干犯潔淨罪行的人發出傳票。除了日常執法工作外，本署亦會採取突擊行動，檢控亂拋垃圾者。年內，約有590宗違反清潔法例而被法庭定罪的個案。
《定額罰款(公眾地方潔淨罪行)條例》授權執法人員向干犯輕微潔淨罪行的人發出1,500元定額罰款通知書。輕微潔淨罪行包括在公眾地方亂拋垃圾、隨地吐痰、未經准許而展示招貼或海報，以及讓犬隻糞便弄污公眾地方。二零零九年，本署人員共發出約34,000份定額罰款通知書。
小販管理
本署一直採取減少街頭擺賣活動的政策。自七十年代起，本署在一般情況下不再簽發新的小販牌照，並把合資格的持牌小販遷置到公眾街市和熟食中心經營。此外，本署又向小販提供優惠，鼓勵他們放棄牌照或遷入公眾街市或熟食中心經營。這些措施實施後，持牌小販(包括固定攤位小販和流動小販)數目在二零零九年年底已減至7 048人。
近年越來越多社會人士希望保存本地文化傳統(包括擺賣活動和露天市集)。食物及衞生局聯同本署檢討小販發牌政策，包括研究可否在不影響環境衞生的前提下，再次簽發新的小販牌照，以及放寬小販牌照的繼承和轉讓規定。此外，有建議在小販發牌和地區層面的小販市集管理工作兩方面，加強區議會的角色。本署就初步建議諮詢立法會食物安全及環境衞生事務委員會、18個區議會、超過20個小販團體和持份者後，簽發新的流動小販(冰凍甜點)牌照讓公眾人士公開申請在街上擺賣雪糕，亦推出空置固定攤位供毗鄰的前排攤位持牌人租用，以及準備把餘下的空置攤位編配予有意加入小販行業的市民。如得到有關區議會支持，本署將會放寬大牌檔牌照的繼承和轉讓限制，以助保存本地文化傳統。此外，本署諮詢有關區議會後，已向八名在中區經營的擦鞋匠簽發小販牌照。
本署設有191支由受訓人員組成的小販事務隊，成員總數約為2,100人，負責小販管理和管制工作。如有需要，本署會在警署設立小販處理中心，方便辦理檢控被捕小販的手續。
小販管理人員定期巡視固定小販攤位，以及規管在街上擺賣的流動小販，確保小販遵守持牌條件和相關法例。此外，他們會採取執法行動，遏止持牌小販違例擺賣和取締非法擺賣活動。二零零九年，與擺賣有關而被法庭定罪的違例個案共有31,337宗。
年宵／新春市場
本署於二零零九年一月二十日至二月九日期間，在12個地區舉辦了16個年宵∕新春市場，共設有約2,000個攤位，售賣時花和植物、傳統食品、節日布置用品、乾貨和快餐等，並提供占卜和解籤服務。年宵∕新春市場不僅為市民和遊客增添消閒購物好去處，更令農曆新年倍添節慶氣氛。
公眾街市及熟食中心／市場
公眾街市及熟食中心或市場售賣新鮮糧食、熟食及乾貨，以滿足市民的需要。本港共有79個公眾街市，設有13,732個攤檔，售賣新鮮食物以至家居用品等貨品。此外，還有39個熟食中心和25個獨立熟食市場，共設有1,029個攤檔。二零零九年，有12,104個攤檔租出，1,827個攤檔空置及830個攤檔因遷置安排和改善工程等原因而凍結。攤檔以競投方式出租，承租人須與本署簽訂租約。
為了令公眾街市的服務更多元化，以及善用街市的空置攤檔，本署在六月於六個公眾街市推出八個小食及烘製包餅攤檔和33個服務行業攤檔。截至二零零九年年底，這些攤檔已租出約七成。此外，本署由三月起，以市值租金八折或六折的較優惠底價，把長期空置攤檔推出作公開競投。截至二零零九年年底，有超過一半的這些空置攤檔順利租出。另外，二零零九年四月，本署在油尖旺區議會支持下關閉人流疏落的金巴利街街市。
年內，本署的街市推廣小組在選定的公眾街市推行活動，包括舉辦應節活動、烹飪示範和節日裝飾、專題巡迴展覽，以及專題講座或工作坊。本署印製公眾街市和熟食市場資料小冊子，並出版《街市通訊》季刊，廣泛派發予市民。
街市管理人員每天巡視街市，確保攤檔承租人遵守有關法例及租約條款。衞生督察定期巡查肉檔、家禽檔、魚檔和熟食檔，確保檔戶遵守相關的法例和衞生守則，保持食物清潔衞生。如有需要，他們會採取執法行動，檢控違例者。二零零九年，本署檢控違例街市租戶的個案有949宗。此外，本署調查多宗懷疑分租個案，結果有一名租戶被終止租約，另有11名租戶退租。
加強預防禽流感病毒的措施
為防止病毒在零售點積聚，當局於二零零八年七月二日實施《食物業(修訂)規例》，禁止在零售處所存留活家禽過夜。為保障公眾健康，並進一步減低人類感染禽流感的風險，當局於二零零八年七月實施結業特惠補助金計劃，讓活家禽零售商可自願放棄售賣活家禽准許，以領取特惠補助金。這項計劃共有328名活家禽零售商參加。
加強預防人類豬型流感的措施
為防止人類豬型流感在社區蔓延，立法會財務委員會通過撥款9,900萬元，供本署推行一系列特別措施，改善環境衞生情況。有關措施包括：加強公眾街市的清潔和消毒服務；加強洗街服務，清洗位於持牌食物業處所、小販聚集地區和街市附近的後巷；在沒有廁所事務員的旱廁及公廁增加清洗和消毒的次數；為沒有成立管理組織的私人樓宇提供一次過的公用地方清潔服務；以及加強環境衞生黑點的清潔工作和繼續加強公共潔淨服務。本署自八月一日起陸續推行這些措施。
在宣傳及推廣方面，本署除了在大約40個公眾街市舉辦展覽、遊戲攤位、講座和烹飪示範外，並舉行了三場《保持衞生、健康人生》活動日，向公眾(包括家庭傭工及新來港人士)宣傳保持個人及家居衞生的信息，以及向居港的少數族裔人士派發10萬本以九種東南亞語文編寫的衞生小冊子，提高他們對個人、家居及環境衞生的意識。
此外，食物及衞生局、衞生署與本署聯合出版了《潔淨保健康》小冊子，並印製了300萬本派發予市民和全港所有住戶，以配合五月十日舉行的"全城清潔日"。
墳場、火葬場及靈灰安置所
本署轄下有六個火葬場和11個公眾墳場，提供火葬及土葬服務。此外，本署根據《私營墳場規例》，監察28個私營墳場的運作。在公眾墳場土葬的遺骸須於安葬六年後撿拾骨殖，然後火化或重新安葬於金塔墳場。
政府的一貫政策是鼓勵以火葬取代土葬。年內，共有36,486具遺體(約佔89%)火化。本署正在和合石火葬場和歌連臣角火葬場進行改進火葬設施工程，增加火化量及提高效率，以應付市民對火葬服務日益增加的需求。此外，本署亦會引進符合環保規定的火葬設施。
為方便市民預訂六個公眾火葬場(即歌連臣角、鑽石山、富山、和合石、葵涌和長洲火葬場)的火化時段，本署在灣仔胡忠大廈和九龍長沙灣政府合署設有辦事處，市民可親自前往辦理預訂手續。
本署轄下的八個公眾靈灰安置所設有約167,900個價格相宜的靈灰龕，當中包括鑽石山靈灰安置所於年內建成的約18,500個新靈灰龕。為紓緩公眾靈灰龕短缺的情況，政府鼓勵市民把先人骨灰撒海或撒放在紀念花園。二零零九年，本署處理了279宗骨灰撒海和650宗骨灰撒放紀念花園的申請，較二零零八年的申請（分別為243宗和383宗）為多。為推廣骨灰撒海的風氣，本署正籌辦於二零一零年初推出免費渡船服務先導計劃，方便市民將先人骨灰撒海。