行政及發展部為部門提供各種管理及支援服務。
職系管理
衞生督察職系、小販管理主任職系及管工職系是本署三個主要職系。兩名職系經理分別負責管理衞生督察職系和小販管理主任及管工職系人員，處理人力策劃、職業前途發展、職位調派、員工晉升及培訓等事宜。
衞生督察負責執行有關環境衞生及食物安全的職務，例如處理環境滋擾個案、在食物業處所進行衞生檢查、發牌、檢控、肉類檢驗、潔淨服務、服務外批、防治蟲鼠、小販管理、街市管理、墳場及火葬場管理、食物管制及衞生教育。
小販管理主任負責規管街上擺賣活動，管理小販認可區，以及對非法擺賣活動採取執法行動。他們亦負責檢控干犯潔淨罪行的人，例如亂拋垃圾和隨地吐痰者。
管工主要負責督導前線人員執行街市管理、街道潔淨、廢物收集和防治蟲鼠工作、處理車輛事務，以及監察本署承辦商的服務表現。他們亦會對干犯潔淨罪行的人採取法律行動 。
員工培訓
本署推行員工培訓及發展工作，以提升員工的整體工作能力和專業水平，為市民服務，以及加深員工對職業安全及健康的認識。本署舉辦課程主要包括職業訓練、管理、資訊科技、職業安全和傳意等，也會選派員工往外地受訓。
年內，本署共開辦和統籌了480個課程，受訓學員有11,287人次，受訓日數共47,742天。本署為587名新聘人員開辦不同的入職訓練課程，使他們具備所需的能力，以執行職務。此外，本署向37名人員提供全部或部分課程費用資助，讓他們在公餘時間修讀與職務相關的課程；並安排58名員工修讀40個在外地舉辦的課程，受訓日數共342天 。
管理參議
管理參議主要包括管理諮詢和統計服務，以協助部門提高公共服務水平，監察服務表現水準，制訂提供服務及員工管理的政策。管理參議、調查及統計組繼續提供諮詢服務，以協助部門實施各項研究的建議，以及向各組別提供技術意見，協助他們進行統計調查和分析所得數據。
年內，管理參議、調查及統計組完成五項管理研究。此外，該組又進行多項統計調查，以了解市民對本署服務或設施的滿意程度，以及市民對食物安全和營養標籤的態度。
財務管理
註：由於進位關係，各項目的百分比相加未必等於100%。
財務及物料供應科負責處理所有開支和採購事宜，包括支付款項、提供財務意見和進行監管。
年內，本署的開支總額為43.31億元，員工薪酬及津貼和與員工有關連的開支佔23.51億元，部門開支及其他費用佔18.43億元，資本及非經常開支則佔1.37億元。
按工作性質分類，本署大部分開支用於提供環境衞生服務(19.2億元)，其餘依次為街市及小販管理(12.42億元)、食物安全及公共衞生(6.98億元)、行政及發展(2.75億元)、食物業監管(1.77億元)、公眾教育及市民參與計劃(1,900萬元)。
年內，本署的收入為7.46億元，其中大部分來自本署轄下公眾街市攤檔的租金(3.48億元)及簽發牌照和許可證的收費(1.6億元)。其他收入來源包括墳場和火葬場服務收費(1.12億元)、肉類檢驗費(2,200萬元)及其他雜項服務收費(1.04億元) 。
建設工程
在二零零九年政府基本工程計劃資源分配工作中，與食物和環境衞生服務有關的建設工程所得的五年撥款估計為22.6億元，其中約15.58億元用以支付正在施工的工程開支或清繳已完竣的工程尚未繳付的帳目，其餘7.02億元則預留進行新工程。
街市
荃灣街市、榮芳街街市、上環街市、保安道街市及熟食中心、花園街街市及熟食中心、同益街市和西貢街市的改善工程已於年內完成，藍地街市的改善工程則正在進行。
垃圾收集站
為改善香港的居住環境，本署繼續在設有現代化除臭裝置的密封式建築物提供離街垃圾收集設施，以取代路旁的臨時垃圾收集站。
公廁
根據公廁翻新∕改善計劃，年內本署共完成18項工程，另有43項工程正在進行或在籌劃階段。
本署繼續進行旱廁改建計劃，以期在二零一三年或之前把所有旱廁改建為沖水式廁所。本署近年已完成76個旱廁改建，二零零八年十一月開始改建為數共80個旱廁，其中51個旱廁的改建工程已於年內完成。此外，本署也於二零零九年十一月開始改建另外90個旱廁，工程將於二零一一年年中或之前完成。
墳場及火葬場
鑽石山火葬場重建計劃(第二期)包括興建兩個儀式禮堂及附屬設施，並且在鑽石山增建一座設有18,500個靈灰龕的靈灰安置所，工程已於二零零九年年初竣工。和合石火葬場重建工程於7月展開，將於二零一一年年底或二零一二年年初完成。本署現正籌劃的項目，包括重建歌連臣角火葬場和重置鑽石山紀念花園，以及在和合石橋頭路興建新的靈灰安置所及紀念花園。
外批服務
截至二零零九年年底，本署與私人承辦商簽訂的服務合約共有130份，總值27.026億元。外批服務的目的，是提高服務的成本效益和效率。
批給私人承辦商負責的服務，包括街道潔淨、廢物收集、機械清掃街道、機械清渠、回收可循環再造物料、街市∕小販市場潔淨、街市管理及相關服務、防治蟲鼠、市政大廈潔淨、保安員、動物屍體收集、墳場和靈灰安置所潔淨及剪除雜草等。
本署批出的合約訂明可量度的服務表現標準，以確保承辦商的服務質素。此外，本署的標書載明保障非技術工人權益的條款。本署人員除每天巡查外，還進行監察查核，確保承辦商遵守合約條款。
投訴管理
投訴管理組負責制訂和檢討有關處理各類投訴的政策及程序。二零零九年，本署共收到172,900個尋求本署服務的要求或轉介個案，以及4,800宗涉及員工或運作有關的投訴個案。
服務質素檢定
本署的其中一項首要工作是不斷改善服務質素，確保為市民提供優質服務。
服務質素檢定組的主要目標是監察和改善本署的服務質素。為達到這個目標，服務質素檢定組每天巡查由本署及服務承辦商提供的各項服務，如發現現行工作制度、程序及指引有不足之處，便會提出改善建議。該組亦會提名表現出色的員工領受服務質素檢定獎和員工嘉許狀，以激勵表現優異、工作勤奮的前線人員。此外，該組負責以獨立、客觀和公正的方式，調查員工在工作上行為失當的個案和服務承辦商違反僱傭規定的投訴。服務質素檢定組亦會進行審核檢查和與僱傭規定有關的檢查，以核實服務承辦商有否履行與僱傭有關的承諾。
公眾教育及宣傳
公眾教育是確保食物安全和改善環境衞生不可或缺的一環。為推行公眾教育，本署舉辦宣傳及教育活動，並舉行展覽、外展計劃和研討會，以提高市民對食物安全和環境衞生的認識。
本署於花園街市政大廈設有傳達資源小組，並在九龍公園內設立衞生教育展覽及資料中心。
衞生教育展覽及資料中心為學校、老人中心、兒童及青少年中心、殘疾人士團體及市民安排團體參觀及導覽活動，又定期舉辦研討會、講座和外展活動。年內，中心的參觀人數達133,024人次。中心為幼稚園及中小學舉辦1,074次講座和活動，為老人中心和市民舉辦的講座則分別有1,024次和272次。另外，中心的流動教育中心(一輛宣傳車)在二零零九年曾到訪逾220所學校、屋邨及公園，推廣公眾健康和環境衞生的信息。
在食物安全方面，本署為食物業界和巿民推行多項宣傳和教育計劃，主題包括"食物安全五要點"、食物安全重點控制系統、風險認知，以及其他新訂的食物安全措施和規則。為配合2009東亞運動會在香港舉行，本署特別為酒店及餐飲供應商舉辦食物安全教育活動。本署並邀請食物業界簽署"食物安全'誠'諾2009"，以推廣和實踐"食物安全五要點"。
為配合實施《2008年食物及藥物(成分組合及標籤)(修訂：關於營養標籤及營養聲稱的規定)規例》，本署展開為期三年的宣傳及公眾教育運動，以鼓勵市民善用營養標籤，養成健康的飲食習慣。本署在七月十一日舉行"食物安全日2009"，以"轉轉看看 食得更健康"作為主題，加深消費者對營養資料標籤制度的認識，讓他們了解閱讀營養標籤的好處。
因應食物業界的需要，本署每兩個月舉辦一次"申請食肆牌照須知"講座，向申領食肆牌照或有意經營食肆業務的人士講解領牌事宜。
本署於二零零九年繼續舉辦宣傳活動，在電視和電台播放宣傳短片和聲帶、製作橫額、海報、小冊子和單張，傳遞環境衞生信息。此外，本署舉行滅鼠運動和滅蚊運動，推動市民支持和參與防治蟲鼠工作。非政府機構推行清潔活動∕工作時，本署亦會提供支援。