食環署是香港食物業及一些行業的發牌當局。
發牌工作
食肆、食物製造廠、新鮮糧食店、烘製麵包餅食店、工廠食堂、燒味及鹵味店、冰凍甜點製造廠、奶品廠、凍房和綜合食物店均須向食環署申領牌照。
食環署又向店鋪簽發售賣限制出售食物的許可證，以供出售冰凍甜點、奶類、非瓶裝飲料、涼茶、切開的水果、壽司、刺身、生蠔和生吃的肉類，以及以售賣機出售的食物等。食肆內的卡拉OK場所亦由食環署簽發許可證。
食物業處所須符合有關部門所訂的衞生規定及安全標準，才會獲發牌照。
劇院、戲院和機動遊戲機中心等公眾娛樂場所、商營浴室、私家泳池、殯儀館、殮葬業務、屠房和厭惡性行業均須申領行業牌照。
自二零一三年一月一日起，本署接受網上提交食物業／行業牌照及許可證的申請。
暫准牌照
為方便食物業盡早開業，本署推行暫准牌照制度。申請牌照的處所如符合有關衞生、樓宇安全和消防安全的基本規定，會獲發暫准食物業牌照，有效期為六個月。在這段期間內，持牌人須履行所有尚未符合的規定，才可獲發正式牌照。
二零一三年，本署共接獲3,869宗食物業暫准牌照申請，並發出2,842個暫准牌照。牌照申請人如符合所有基本的發牌規定，可於一個工作天內在牌照簽發辦事處領取暫准牌照。
處理牌照申請及簽發牌照
本署設有三個牌照辦事處，分別位於港島、九龍和新界，負責處理牌照申請。
年內，本署共接獲和處理3,913宗食物業牌照申請（包括1,985宗食肆牌照申請）。此外，本署接獲885宗售賣限制出售食物許可證申請、1,752宗公眾娛樂場所牌照申請及55宗其他行業牌照申請。
因應食物業界的需要，本署每兩個月舉辦一次"申請食肆牌照須知"講座，向申領食肆牌照或有意經營食肆業務的人士講解領牌事宜。
酒牌
凡售賣酒類飲品以供在處所內飲用，均須向獨立法定機構酒牌局申領酒牌。
酒牌局通常每星期舉行一次會議，處理有爭議的申請個案。該局行使法定權力，定期檢討簽發酒牌和監管領有酒牌處所的政策。本署為酒牌局提供行政和文書服務支援。
年內，酒牌局接獲1,087宗新酒牌和會社酒牌申請，並簽發919個新牌照。此外，共有5,888個酒牌和會社酒牌獲准續期。
酒牌局定期舉辦酒牌事務研討會，協助申請人和持牌人了解其法律責任和妥善管理處所的責任。年內，該局舉辦了12個研討會，共有583名酒牌申請人和持牌人參加。
為提高透明度，酒牌局於二零一三年十二月一日公布審批酒牌申請的準則指引，以便業界及市民更了解酒牌局審批酒牌申請的考慮因素。
巡查工作
衞生督察定期巡查持牌食物業處所，確保持牌人遵守發牌及持牌條件，並符合法例訂明的衞生標準。除例行巡查外，高級人員會進行督導巡查。此外，衞生督察定期巡查獲發行業牌照的處所，例如戲院、商營浴室及私家泳池等。
本署採用按風險程度分類巡查制度，規管持牌食物業處所。本署根據持牌食物業處所的風險類別和衞生水平，訂定巡查次數。巡查時除檢查一般的衞生情況外，還着重食物安全及提供衞生教育。
執法工作
食物業經營者如違反公眾衞生法例，會被檢控。按照本署推行的違例記分制，屢犯者可能會被暫時吊銷或取消牌照。此外，根據警告信制度，多次違反發牌或持牌條件者可能會被取消牌照。
此外，本署採取嚴厲措施，對付無牌食物業處所，包括檢控違例者，即時拘捕屢犯者，以及向法庭申請封閉食物業處所。
二零一三年對持牌及無牌食物業處所採取執法行動的統計數字
| 持牌食物業處所 | |
|---|---|
| 持牌食物業處所數目 | 24,032個 |
| 巡查數目 | 203,007次 |
| 檢控數目 | 3,687宗 |
| 暫時吊銷牌照數目 | 242個 |
| 取消牌照數目 | 70個 |
| 無牌食物業處所 | |
| 檢控數目 | 6,295宗 |
| 封閉食物業處所 | |
| 發出封閉令數目 | 1份 |
衞生經理／衞生督導員計劃
實施衞生經理／衞生督導員計劃的目的，是促使食物業處所加強食物安全的監督工作。根據計劃，所有大型食店／食物工場及製造高風險食物的食店／食物工場均須委任衞生經理及衞生督導員各一名，其他食店／食物工場則須委任一名衞生經理或衞生督導員。至於屬同一持牌人並位於同一超級市場或美食廣場內的食物業處所，可就有關的個別牌照委任同一人為衞生經理或衞生督導員。
本港有多間院校和職業訓練中心提供本署認可的衞生經理或衞生督導員課程。衞生經理培訓課程的修讀時間約16至20小時，衞生督導員培訓課程則約六小時。自二零零一年十二月起，本署為持牌食物業處所的督導人員提供免費的衞生督導員培訓課程。截至二零一三年年底，本署共開辦了1,877個衞生督導員課程，培訓89,256名衞生督導員，各院校和職業訓練中心則培訓了33,301名衞生經理。
屠房
香港的鮮肉（即牛肉、豬肉和羊肉）由三間分別位於上水、荃灣和長洲的持牌屠房供應。本署監管持牌屠房的運作，確保符合環境和衞生標準，並打擊非法屠宰活動。
為保障公眾健康，由持牌屠房屠宰的食用牲口在屠宰前後均須接受檢驗，確保適宜供人食用，才可運往市場售賣。年內，本署對懷疑非法屠房採取了130次掃蕩行動和監察巡查，對新鮮糧食店和街市肉檔則進行了4,176次突擊巡查，以防止販商售賣由非認可來源提供的肉類。本署亦監察把冷藏或冰鮮肉類當作新鮮肉類出售的不當行為。