本署另一項主要職責，是保持香港的居住環境清潔衞生。有關服務包括清潔街道，收集廢物，管理公廁及旱廁、公眾街市、墳場、火葬場和骨灰安置所，以及管理小販。
清掃街道
本署及潔淨服務承辦商轄下共有約10,500名潔淨工人，提供多項潔淨服務，包括清掃和清洗街道、清理溝渠、收集廢物，以及管理公廁、旱廁和垃圾收集站。
清掃街道對保持市容整潔非常重要。視乎個別地區的需要，潔淨工人每天以人手清掃所有街道一至四次。行人眾多的地區或熱門旅遊點，則每天清掃多達八次。
除以人手清掃街道外，本署也會調配機動掃街車清掃公路、天橋、道路中央分隔欄和其他交通繁忙地點。如有需要，本署會調派特別潔淨隊清理衞生黑點。潔淨隊配備卸斗貨車，清理掃街工人無法處理的大件棄置物品和笨重廢物。遇有交通意外或天災，潔淨隊亦負責緊急清理工作。
為方便市民，本署在多處公眾地方(包括巴士站、主要路口、渡輪碼頭及公共運輸交匯處)均設置廢屑箱。由於試行減少廢屑箱計劃，廢屑箱的數目由約21,270個減至約19,100個。視乎個別地區的需要，廢屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供約450個狗廁所和1,770個狗糞收集箱。
清洗街道
本署定期清洗公眾地方，包括行人道、里巷、小販認可區、垃圾收集站及衞生黑點。本署人員和潔淨服務承辦商員工組成128支洗街隊，提供日間和晚間清洗街道服務，清洗次數視乎個別地區的需要，由按需要而定至每天清洗不等。至於交通繁忙的主幹道路，由於難以提供一般的清洗服務，潔淨工人會在非繁忙時間進行沖洗。
清理溝渠
路邊的溝渠每兩至四星期以人手清理一次。公路和天橋的集水溝氣隔每六星期以機械清渠車清理一次，清理工作會在午夜後車輛較少時進行。
本署把大約77%的街道潔淨服務外判，並設立監察和懲處機制，確保承辦商提供的服務符合要求。
收集垃圾
本署在全港設有2,955個垃圾收集站，包括157個永久離街垃圾收集站、15個臨時垃圾收集站、858個鄉村式／臨時構築垃圾收集站，以及1,925個放置垃圾桶的地點。永久離街垃圾收集站的開放時間一般由上午7時至下午3時30分，繁忙地區則至晚上11時30分。垃圾收集站採用不同的設計，因地制宜，配合實際需要。垃圾收集站用作暫時存放街道垃圾和家居廢物，以待收集處理。只要情況許可，本署會對垃圾收集站作出改善，以盡量減少收集站對附近居民可能造成的環境滋擾。垃圾收集站的廢物每天至少收集一次。本署每天收集約5,540公噸家居廢物，其中港島區佔1,050公噸、九龍區1,720公噸、新界和離島區2,770公噸。這些廢物會運往環境保護署轄下的廢物轉運站或堆填區處理。本署把大約75%的垃圾收集服務外判，並設立監察和懲處機制，確保廢物收集承辦商提供的服務符合要求。
減少廢物
為響應政府減少廢物的政策，本署提供可循環再造物料收集服務，為 2,855個分別設於公眾地方、學校、診所及政府場地的回收點收集廢紙、金屬和塑膠物料。年內，本署平均每月收集到的可循環再造物料，分別是44,901公斤廢紙、1,591公斤金屬和59,944公斤塑膠物料。
此外，本署的車隊盡量使用翻新輪胎。過去一年，使用新輪胎與翻新輪胎的比率為1比0.43。
公廁及旱廁
公廁主要設於旅遊點及繁忙地區，包括渡輪碼頭、巴士總站及郊遊地點。由本署管理的公廁合共787個，其中港島區有94個、九龍區62個、新界和離島區631個。此外，新界和離島區設有59個旱廁。
本署自二零零零年起推行公廁翻新計劃，改善公廁設計及設施，使公廁煥然一新。本署繼續致力使公廁更加衞生、安全和舒適，並已在多個公廁安裝新設施，例如紅外線自動感應水龍頭、乾手機、專為兒童而設的尿兜和洗手盆、嬰兒換尿片枱，以及廁格內供使用者掛放個人物品的衣帽鉤和置物架。現時所有公廁均已裝設空氣清新設備、淨手消毒器及梘液器，並供應廁紙。為確保公廁時刻保持清潔，本署在使用頻繁的公廁派駐廁所事務員，提供即時潔淨服務。
按照政府把性別觀點納入主流的政策，以及確保工程的設計顧及兩性的需要，本署把男女廁格的規劃比率一般定為1比2。
環境衞生滋擾
本署負責處理環境衞生滋擾問題(包括樓宇滲水、冷氣機滴水和垃圾堆積)，並會向有關人士發出勸諭信和法定妨擾事故通知，以確保滋擾問題獲得處理。二零一五年，本署處理上述三類環境滋擾投訴個案的數目，分別約為29,600宗、23,400宗和7,800宗。
違反清潔法例的行為
本署的衞生督察、管工及小販管理職系人員均獲授權向干犯潔淨罪行的人發出傳票。除了日常執法工作外，本署亦會採取突擊行動，檢控亂拋垃圾者。年內，違反清潔法例而被法庭定罪的個案約有840宗。
《定額罰款(公眾地方潔淨罪行)條例》授權執法人員向干犯輕微潔淨罪行的人發出1,500元定額罰款通知書。輕微潔淨罪行包括在公眾地方亂拋垃圾、隨地吐痰、未經准許而展示招貼或海報，以及讓犬隻糞便弄污公眾地方。二零一五年，本署人員共發出約36,100份定額罰款通知書。
小販管理
當局一貫的政策是妥善規管持牌擺賣活動，並對無牌小販採取執法行動。對於無牌售賣熟食或限制出售食物，或在主要通道、行人絡繹不絕的地方或市民經常投訴的地點擺賣，本署一律依例執法。然而，如非上述情況，本署執法人員採取"先警告、後檢控"的方針行事。本署會繼續按上述方針，監察街上擺賣活動。
持牌小販(包括固定攤位小販和流動小販)的數目逐年下降。截至二零一五年年底，本港共有5,703名持牌固定攤檔小販和430名持牌流動小販。當局在二零零八年至零九年就小販發牌政策進行檢討，並就提出的建議徵詢各相關持份者和立法會食物安全及環境衞生事務委員會的意見。其後，本署一直採取行動跟進，以落實有關建議。
本署設有190支受過訓練的小販事務隊小隊，成員約為2,100人，負責小販管理和管制工作。
小販管理人員定期巡視固定小販攤位，以及規管在街上擺賣的流動小販，確保小販遵守持牌條件和相關法例。此外，他們會採取執法行動，遏止持牌小販違例擺賣和取締非法擺賣活動。二零一五年，涉及擺賣而被法庭定罪的違例個案共有29,095宗。
自二零一三年六月起，本署推出"為固定小販排檔區小販推行的資助計劃"，為全港43個固定小販排檔區內4,300名小販提供財政資助，以減低小販區的火警風險。在這些小販排檔區中，有496名小販的攤檔位於樓宇逃生樓梯出口對出或是阻礙緊急車輛救援操作，須予搬遷，而本署已和所有相關小販商定搬遷方案，並於二零一五年十二月騰空所有有關攤位(包括66名自願交回小販牌照以申領特惠金的小販的攤位)。此外，2,205名小販亦已申請重建資助，當中有1,445個新攤檔構築物已落成。
至今，合共有481名小販已自願交回牌照以申領特惠金。
店鋪阻街問題
店鋪非法擴展營業範圍屬街道管理事宜，涉及多個政府部門的職權範圍，各部門各司其職。為配合跨部門聯合行動打擊店鋪阻街，本署已加強執法，嚴厲打擊有關非法活動。對於在店鋪阻街黑點屢犯不改者，本署直接作出檢控，不會每次都事先給予警告。本署亦在行動中檢取所涉貨物，以提升阻嚇力。二零一五年六月，本署成立了三支店鋪擴展管制特遣隊，在全港各店鋪阻街黑點加強執法行動。截至二零一五年年底，本署已就店鋪阻街提出逾18,700宗檢控。此外，政府於二零一五年十二月三十一日在憲報刊登《2015年定額罰款(公眾地方潔淨罪行)(修訂)條例草案》，以定額罰款制度作為處理店鋪阻街問題的額外法律工具。本署是獲賦權執行擬議定額罰款制度的部門之一。
年宵市場
本署於二零一五年二月十三日至十九日期間，在13個地區合共設立15個年宵市場，並在二月十九日至三月五日期間於兩區設立兩個新春市場。這些市場設有約2,000個攤位，售賣時花植物、傳統食品、節日布置用品、乾貨和快餐等，並提供命相占卜服務。年宵∕新春市場不僅為市民和遊客增添消閒購物好去處，更令農曆新年倍添節慶氣氛。
公眾街市及熟食場地
公眾街市和熟食中心∕市場具備滿足市民對新鮮糧食、熟食和乾貨需求的重要功能。本港共有76個公眾街市，設有約13,400個攤檔，售賣新鮮食物以至家居用品等貨品；此外，還有39個熟食中心和25個獨立熟食市場，共設有約1,020個攤檔。截至二零一五年年底，有13,149個攤檔租出、261個攤檔空置和1,029個攤檔因遷置安排和翻新工程等原因而被凍結。攤檔以競投方式出租，投得攤檔者須與本署簽訂租約。
為優化公眾街市的經營環境，本署於二零零九年年中開始在一些有空置攤檔的街市引入服務行業、小食和烘製包餅攤檔。截至二零一五年年底，已租出120個服務行業攤檔、七個小食攤檔和一個烘製包餅攤檔。
年內，本署在公眾街市和熟食中心∕市場舉辦多項推廣活動，以廣招徠。這些活動包括在農曆新年、端午節、中秋節和聖誕節∕元旦期間布置節日裝飾和舉辦慶祝活動；舉辦專題展覽、專題講座和烹飪示範；以及以中文、英文、菲律賓文和印尼文展示"今日買乜餸"的內容。此外，本署亦印製公眾街市和熟食市場資料小冊子，並出版《街市通訊》季刊，廣泛派發予市民。
街市管理人員每天巡視街市，確保攤檔經營者遵守有關法例和租約條款。衞生督察定期巡查肉檔、家禽檔、魚檔和熟食檔，確保攤檔符合相關法例和衞生守則，以及保持食物清潔衞生。如有需要，他們會採取執法行動，檢控違例者。二零一五年，本署檢控違例街市攤檔經營者的個案有1,658宗。
審計署在二零一五年四月發表第六十四號報告書，就食環署公眾熟食市場的管理提出建議。就此，本署已加大工作力度，因應個別熟食小販市場的經營能力、社區需要、所得資源和政策優次，積極為熟食小販市場制訂改善計劃或遷出計劃，確保珍貴的土地資源得以善用。本署亦已積極與相關部門跟進有關消防安全措施及研究提升電力供應的建議。我們會充分考慮公眾熟食市場的歷史背景和持份者的意見，繼續致力改善公眾熟食市場的整體管理。
加強預防禽流感的措施
為加強防範人類感染禽流感，本署增加巡查現有132個活家禽零售點的次數，防止有人在零售處所存留活家禽過夜。在中秋節、冬至和農曆新年等主要中國傳統節日期間，零售點囤積活家禽的情況普遍，本署會加強巡查。
本署繼續採取防範措施，包括：(1)在活家禽零售點收集糞便及食水樣本，作H1至H16禽流感病毒測試；(2)定期巡查活家禽零售點，確保零售商遵守預防禽流感的特定牌照或租約條件；(3)每天徹底清洗食環署街市的公用地方三次；(4)售賣活家禽的檔戶須在每日收市後清洗其攤檔，然後讓街市承辦商再徹底清洗其攤檔及消毒；(5)保持街市攤檔通風系統清潔；以及(6)定期巡查有野鳥聚集的公眾地方和清洗及消毒有關地點，並對餵飼野鳥而弄污公眾地方的人士嚴厲執法。
墳場、火葬場及骨灰安置所
本署轄下有六個政府火葬場、十個公眾墳場及八個公眾骨灰安置所，分別為市民提供火葬及土葬服務。此外，本署根據《私營墳場規例》，監察27個私營墳場的管理。市民在公眾墳場土葬的先人遺骸，須於安葬六年後撿拾骨殖，然後火化或重新安葬於金塔墳場。
政府的一貫政策是鼓勵以火葬取代土葬。年內，共有42,737具遺體(約佔91%)火化。本署已於二零一五年十二月完成哥連臣角火葬場(第二期)的重置工程，提高火化量及運作效率，以應付市民對火葬服務日益增加的需求。此外，本署亦不時引進符合環保規定的火葬設施。
為方便市民預訂六個公眾火葬場(即哥連臣角、鑽石山、富山、和合石、葵涌和長洲火葬場)的火化時段，本署在港島灣仔胡忠大廈和九龍長沙灣政府合署分別設有辦事處，市民可選擇親自前往該兩個辦事處或經由持牌殮葬商代辦預訂手續，或使用互聯網預訂。
本署轄下設有八個公眾骨灰安置所，合共提供約214,300個骨灰龕位，當中包括和合石橋頭路靈灰安置所、鑽石山靈灰安置所及長洲靈灰安置所的新骨灰龕位。
《私營骨灰安置所條例草案》已於二零一四年六月二十五日提交立法會審議。政府透過草案建議設立發牌制度，以規管私營骨灰安置所的營運。有關法案委員會已於二零一五年一月開始逐一審議條例草案各項條文。本署於二零一四年六月十八日推出通報計劃，邀請現時的私營骨灰安置所營辦人提供相關的龕位資料和營運詳情，證明其骨灰安置所屬草案前骨灰安置所。這有助日後成立的私營骨灰安置所發牌委員會審定其申領牌照、豁免書及暫免法律責任書的資格。約有140個私營骨灰安置所參加了通報計劃。
綠色殯葬
本署積極推動可持續的殯葬方式，鼓勵市民在轄下11個紀念花園或指定的香港水域撒放先人骨灰。二零一零年一月，本署推出先導計劃，提供免費渡輪服務，方便家屬出海撒放先人骨灰。鑑於愈來愈多市民採用這個方式處理先人骨灰，本署於二零一二年一月中旬提升"海上撒灰渡輪服務"，使用載客量逾300人的較大型渡輪，免費接載使用服務的市民，航程不但更為安穩舒適，亦可讓家屬和親友在較寬敞的地方為先人舉行悼念儀式。由於這項渡輪服務廣受市民歡迎，本署自二零一二年六月起增加渡輪的班次，由每月兩班增至三班，並由二零一三年一月起再增至每月四班。二零一五年，本署一共處理了877宗海上撒灰和3,196宗紀念花園撒灰的申請。
二零一零年六月，本署又推出網上追思服務，讓市民隨時隨地在特設網站(www.memorial.gov.hk)悼念逝去的摯愛親友。為進一步提升服務，本署於二零一一年推出"無盡思念"網站流動版(m.memorial.gov.hk)。截至二零一五年年底，該網站約有7,200名登記用戶，合共設立約8,100個紀念網頁。