行政及發展部為部門提供各種管理及支援服務。
職系管理
衞生督察職系、小販管理主任職系及管工職系是本署三個主要職系。兩名職系經理分別負責管理衞生督察職系和小販管理主任及管工職系人員，其工作涵蓋人力策劃、職業前途發展、職位調派、員工晉升及培訓等範疇。
衞生督察負責執行有關環境衞生及食物安全的職務，例如處理環境滋擾個案、在食物業處所進行衞生巡查、發牌、檢控、肉類檢驗、潔淨服務、服務外批、防治蟲鼠、小販管理、街市管理、墳場及火葬場管理、食物管制及衞生教育。
小販管理主任負責規管街上擺賣活動、管理小販認可區，以及對非法擺賣活動採取執法行動。他們亦負責檢控干犯潔淨罪行的人，例如亂拋垃圾和隨地吐痰者。
管工主要負責督導前線人員執行街道潔淨、廢物收集、防治蟲鼠，以及墳場、火葬場和街市管理工作。他們亦負責車輛事務，以及監察本署承辦商的服務表現，同時對干犯潔淨罪行的人採取法律行動，予以檢控。
員工培訓
本署推行員工培訓及發展工作，旨在提升個人和部門表現，為市民提供優質服務。這些培訓及發展項目為員工提供發展領導才能的機會、配合部門新措施提供所需訓練，以及發掘個人長處以令員工更專業地服務市民。此外，本署亦提供加深員工認識職業安全及健康的培訓及發展項目。
除了由署內人員擔任導師外，本署亦會邀請不同範疇的專家提供培訓，讓員工掌握相關範疇的最新發展，與時並進。本署大部分培訓課程於本地舉辦，亦會提名員工到海外受訓。
年內，本署共開辦了723個課程，受訓人數為14,842，學員受訓日數合共38,985。有關課程包括為897名新聘人員而設的入職訓練課程，使他們具備執行職務所需的知識與技能。此外，本署向八名人員提供資助，讓他們在公餘時間修讀與職務相關的課程，並安排17名員工修讀13個外地培訓課程，學員受訓日數合共104。
管理參議
管理參議、調查及統計組的工作主要包括管理諮詢和統計服務，協助部門提高公共服務水平、監察服務表現水準、制訂提供服務及員工管理的政策。該組持續提供諮詢服務，協助部門實施各項研究的建議，以及提供技術意見，協助部門進行統計調查和分析所得數據。
年內，管理參議、調查及統計組完成了四項管理研究。此外，該組亦已就所選定的街市及熟食中心完成統計調查，以了解其使用情況。
財務管理
財務及物料供應科負責處理所有開支和採購事宜，包括支付款項、提供財務意見和進行監管。
二零一六年，本署的開支總額為63.11億元，其中薪金和津貼及與員工有關連的開支佔33.56億元，部門開支及其他費用佔28.21億元，而非經營及非經常開支則佔1.34億元。
按工作性質分類，本署大部分開支用於提供環境衞生服務(28.47億元)，其餘依次為街市及小販管理(17.05億元)、食物安全及公共衞生(10.27億元)、行政及發展(3.64億元)、食物業監管(3.19億元)、公眾教育及市民參與計劃(4,900萬元)。
年內，本署的收入為8.59億元，其中大部分來自本署轄下公眾街市攤檔的租金(4.32億元)，以及簽發牌照和許可證的收費(1.45億元)。其他收入來源包括墳場和火葬場服務收費(8,000萬元)、法庭罰款和法定罰款(6,200萬元)、屠房及其他特許經營權的收費(8,500萬元)、肉類檢驗費(2,000萬元)，以及其他雜項服務收費(3,500萬元)。
建設工程
在二零一六年政府基本工程計劃資源分配工作中，與食物和環境衞生服務有關的建設工程所得的五年撥款估計為58.89億元。該筆撥款用以支付食環署的工程開支。
垃圾收集站
為改善香港的居住環境，本署繼續在設有現代化除臭裝置的密封式建築物提供離街垃圾收集設施，以取代路旁的臨時垃圾收集站。配合西鐵朗屏站(南)發展的屏信街垃圾收集站重置工程，已於二零一六年四月完成。
本署會於二零一七年把九龍城忠孝街的垃圾收集站重置至香港鐵路有限公司何文田站，並於二零一七年及二零一八年分別完成在港珠澳大橋香港口岸和啟德發展區IJ4工地興建兩個新垃圾收集站的工程。此外，深水埗福華街∕福榮街∕營盤街用地住宅發展項目內的營盤街臨時垃圾收集站重置工程，現正施工，預計於二零二零年完成。
公廁
根據公廁翻新／改善計劃，年內本署共完成11項工程，另有106項工程正在進行或在籌劃階段。春園街公廁重置至廈門街的工程已於二零一六年二月完成；書局街前北角渡海小輪碼頭公廁重置至新北角碼頭公共運輸交匯處的工程，則於二零一六年五月完成。此外，在屯門公路巴士轉乘站(往屯門方向)興建新公廁的工程已於二零一六年十一月完成。
墳場、火葬場及骨灰安置所
政府現正探討各種可行方法，以增加公眾骨灰安置所設施，包括推動地區為本的骨灰安置所發展計劃，並在現有墳場和骨灰安置所增建骨灰龕位。本署正擴建現有長洲靈灰安置所(在二零一八年年初額外提供約1,250個骨灰龕位)和坪洲靈灰安置所(在二零一七年年底額外提供約360個骨灰龕位)。此外，本署亦正就黃泥涌道骨灰安置所發展項目(在二零一八年年初提供約855個骨灰龕位)和哥連臣角道骨灰安置所發展項目(在二零二一年提供約25,000個骨灰龕位)進行詳細設計，以及就沙嶺墳場興建骨灰安置所、火葬場及相關設施(由二零二三年起分階段提供約200,000個骨灰龕位)的土地平整及相關基礎設施工程進行詳細設計及工地勘測。至於在曾咀建造骨灰安置所設施的工程(在二零一九年年底提供約160,000個骨灰龕位)，以及在和合石墳場建造骨灰安置所設施的第一期發展工程(在二零一九年年底提供約44,000個骨灰龕位)，亦已在二零一六年展開。當局會就其他新骨灰安置所項目諮詢有關區議會。
外批服務
總計：153份合約，總值44.974億元
截至二零一六年年底，本署與私人承辦商簽訂的服務合約共有153份，總金額為44.974億元。外批服務的目的，是提高服務的成本效益和靈活性。
批給私人承辦商負責的服務，包括街道潔淨、廢物收集、機械清掃街道、機械清渠、回收可循環再造物料、街市管理、潔淨、防治蟲鼠及相關服務、滅鼠、控蚊及其他防治蟲鼠服務、市政大廈潔淨、提供保安員、收集動物屍體、墳場和骨灰安置所的潔淨及園藝保養、樹木風險評估及樹藝服務等。
本署的合約訂明可量度的服務表現標準，確保承辦商的服務質素良好。此外，本署的合約載有關於勞工保護和職業安全的條款，以保障非技術工人的權益和促進他們的福祉。本署人員除每天審閱相關記錄外，還進行突擊實地巡查，以確保承辦商時刻遵守合約規定。
投訴管理
投訴管理組負責制訂和檢討有關處理各類投訴的政策及程序。二零一六年，本署共收到220,930宗市民要求提供服務或作出投訴的個案。
服務質素檢定
本署的其中一項首要工作是不斷改善服務質素，確保為市民提供優質服務。
服務質素檢定組的主要目標是監察和改善本署的服務質素。為達到這個目標，服務質素檢定組每天巡查由本署及服務承辦商提供的各項服務，如發現現行工作制度、程序及指引有不足之處，便會提出改善建議。該組亦會提名表現出色的員工以頒發服務質素檢定獎和員工嘉許狀，以表揚表現優異、工作勤奮的前線人員。此外，該組負責以獨立、客觀和公正的方式，調查員工在工作上行為失當的個案和服務承辦商違反僱傭規定的投訴。服務質素檢定組亦會進行審核檢查和與僱傭規定有關的檢查，以核實服務承辦商有否履行與僱傭有關的承諾。
公眾教育及宣傳
公眾教育是確保食物安全和改善環境衞生不可或缺的一環。為推行公眾教育，本署舉辦宣傳及教育活動，包括講座、展覽和外展計劃，以提高市民對食物安全和環境衞生的認識。
本署在九龍公園內設立衞生教育展覽及資料中心(中心)為市民服務。中心為學校、老人中心、其他非政府機構及市民安排團體參觀及導覽活動，又定期舉辦講座和外展活動。二零一六年三月，中心內的綠色殯葬展區已經更新，並增設及提升電子顯示設備。年內，中心的參觀訪客達102,567人次，中心並為幼稚園及中小學舉辦1,074場講座和活動，而為老人中心和市民舉辦的講座則分別有1,029場和283場。此外，中心的流動教育中心(一輛宣傳車)亦以外展形式推廣衞生教育，往訪學校、屋邨及公園達226次。
食物安全中心轄下設有傳達資源小組，因應市民和食物業界的需要，向其傳達食物安全風險資訊。該小組設於花園街市政大廈，提供大量有關推廣食物安全的資源材料，並在辦事處內附設配備視聽設施的展覽廳和資料角。小組接受學校、社區中心和有興趣的市民預約參觀或舉行食物安全講座，以及申請借用教材、展覽板和視聽資料。除支援食物安全風險傳達的工作和活動外，小組在年內亦舉辦多項定期的教育活動。二零一六年，小組舉辦了337場研討會、工作坊和不同類別的宣傳活動，當中包括食物安全巡迴展覽，對象是市民和選定的目標群體，包括食物處理人員、學生、長者和少數族裔人士。
年內，本署繼續通過電視和電台政府宣傳短片和聲帶、Facebook和YouTube等社交媒體、流動應用程式、橫額、海報、小冊子和單張，推行有關環境衞生和食物安全的宣傳工作。為加強宣傳清潔香港的信息，本署委任「清潔龍阿德」為清潔香港大使及開設Facebook專頁，透過專頁分享相片、影片和提供有關個人、家居及環境生的各類資訊，並讓「清潔龍阿德」在公眾活動及社區節目中亮相，呼籲市民合作和支持清潔香港的工作。此外，本署舉辦滅鼠運動和滅蚊運動，推動市民支持和參與防治蟲鼠工作，同時亦協助非政府機構推行清潔活動∕工作。